Au début de l’année, les maîtres d’œuvre des Nouvelles transversales ferroviaires alpines (NLFA), BLS Alptransit SA et Alptransit Gothard SA, ont annoncé des surcoûts inattendus de CHF 500 millions au Gothard et CHF 200 millions au Lötschberg. Surpris par l’ampleur des montants, l’OFT les a auditionnés afin de comprendre la hausse des coûts. Au Gothard, les problèmes géologiques rencontrés à Faido et Bodio (TI), ainsi que le raccordement au tracé de la variante montagne à Uri, sont à la base des surcoûts. Au Lötschberg, les surprises géologiques, les nouvelles techniques ferroviaires et des adjudications à des prix plus élevés sont en cause. Les maîtres d’ouvrage ont aussi évoqué des exigences supplémentaires demandées par l’OFT, notamment en termes de sécurité. L’annonce de ces frais supplémentaires a eu pour conséquence que la Commission des transports du National a renvoyé les délibérations sur le crédit additionnel de CHF 900 millions et a demandé au Conseil fédéral un rapport complémentaire sur les surcoûts de CHF 700 millions, ainsi qu’une prise de position de principe sur d’éventuels renoncement à des projets dans le cadre des NLFA. A l’instar de son homologue du National, la Commission des transports des Etats a aussi exigé des comptes et des possibilités de compensation et d’abandon. La Commission des finances des Etats a également demandé des explications et des modifications au Conseil fédéral dans sa façon de gérer le crédit global octroyé aux NLFA.

Devant la Délégation de surveillance parlementaire (DSN), la hausse de CHF 700 millions a été expliquée dans le détail et confirmée par les maîtres d’ouvrage. Celle-ci aurait dû être couverte par les réserves. Or, l’argent a servi à autre chose, comme le doublement du tunnel du Monte Ceneri ou le raccordement à la variante montagne à Uri. Estimant qu’un déficit de communication et la gestion des réserves étaient en cause, la DSN a également exigé un rapport complémentaire au Conseil fédéral. Lors de la présentation de son rapport semestriel, l’OFT a révisé les surcoûts à la hausse, passant de CHF 700 millions à CHF 800 millions. En incluant cette somme, la nouvelle facture des NLFA atteint CHF 15,8 milliards, soit CHF 1,1 milliard de plus que le crédit initialement approuvé.

La facture des NLFA a été alourdie par des surcoûts de CHF 440 millions. Cette hausse est due à des conditions géologiques difficiles (zone carbonifère de Mitholz (BE), zones de Faido et Bodio (TI)), aux mesures prises au Lötschberg afin de respecter le délai d’ouverture, ainsi qu’aux développements de la technique ferroviaire pour le tunnel de base du Gothard. Les surcoûts liés à ce dernier axe s’élèvent à CHF 370 millions contre CHF 70 millions au Lötschberg. La fourchette de risques avancée par l’OFT articule un écart possible de CHF 1,1 milliard par rapport aux coûts finaux prévus. En rajoutant les surcoûts de CHF 56 millions du premier semestre 2005, la facture serait de CHF 16,402 milliards.