Le Conseil fédéral a mis en consultation un projet d'échelonnement des crédits prévus pour le raccordement de la Suisse orientale et occidentale au réseau ferroviaire européen à grande vitesse (raccordements LGV). Le projet global, qui nécessite des investissements de CHF 1,3 milliard, se fera en deux phases. Seul, le crédit d'engagement de la première phase (2004-2010), d'un montant de CHF 590 millions, sera libéré. Il comprend les contributions de la Suisse aux projets bilatéraux « prêts à construire » en France: à savoir l’aménagement de la ligne Genève-Mâcon (Haut Bugey) et l'alimentation électrique de la ligne Vallorbe/Pontarlier – Dôle (axe Lausanne – Paris). Malgré la rigueur budgétaire, le Conseil fédéral ne voulait pas retarder la participation de la Suisse au raccordement du réseau français à grande vitesse. La Suisse financera aussi sur territoire français le projet TGV Rhin-Rhône à hauteur de CHF 125 millions (6% des coûts). Toujours dans la première phase, le raccordement de la Suisse orientale est au programme: aménagement sur le territoire suisse entre Zurich – Munich et Saint-Gall – Stuttgart. De légers aménagements sur les nœuds de Genève et de Lausanne sont également prévus. La deuxième phase subira un retard d'au moins une dizaine d'années: réaffectation de la ligne Delle – Belfort (raccordement du Jura au futur TGV Rhin-Rhône) et raccordement avec l'aéroport de Bâle-Mulhouse. Les projets en Suisse orientale, moins avancés, seront aussi retardés, notamment Zurich – Stuttgart et Saint-Gall – Munich. Pour cette deuxième phase, le Conseil fédéral soumettra un second arrêté fédéral aux Chambres en temps utile.

Le projet de raccordement LGV mis en consultation par le Conseil fédéral n'a pas complètement satisfait les cantons de la Conférence des transports de Suisse occidentale (CTSO). Ils ont admis sa division en deux phases, mais pas sans critiques. La première phase nécessitait des compléments. La liaison Bienne-Belfort devait s'y inscrire, moyennant un supplément de CHF 40 millions. Autre exigence, la CTSO réclamait la pérennité d'un troisième accès au réseau TGV dans la première phase, comprenant deux branches, une vers Lausanne et une vers Neuchâtel-Berne. Ces suppléments se monteraient à CHF 100 millions. Quant à la deuxième phase, elle était jugée trop floue et nécessitait des engagements sur le contenu et le délai de réalisation. Les directeurs cantonaux des transports des cantons du Nord-Ouest (BS, BL, AG, SO et JU) ont défendu le raccordement du réseau ferré suisse au TGV Rhin-Rhône comme prioritaire. Ils ont demandé au Conseil fédéral de mettre à disposition l'intégralité des CHF 1,35 milliard voté par le peuple pour relier le réseau suisse aux trains européens à grande vitesse. Ils ont également sollicité l'amélioration de la ligne Berne-Pontarlier-Dijon, la réactivation de la ligne Boncourt-Delle-Belfort et la liaison de l'aéroport de Bâle-Mulhouse au réseau ferroviaire européen. Prenant position, les sept cantons de Suisse orientale (GL, SH, SG, TG, GR, AI et AR) se sont estimés défavorisés et ont revendiqué le même traitement que la Suisse romande concernant le raccordement au réseau ferroviaire européen. Ils ont exigé CHF 415 millions pour le raccordement avec les pays limitrophes. La priorité devait aussi être donnée aux tracés ICE Zurich-Stuttgart et Zurich-Munich, de même qu'aux lignes secondaires permettant d'y accéder, en particulier celle de Coire-Sargans-St-Margrethen. De plus, les directeurs sollicitaient CHF 200 millions pour améliorer la liaison Zurich-Winterthour, point névralgique du trafic en direction du lac de Constance et de Munich.

Adoptant le message sur le raccordement de la Suisse orientale et occidentale au réseau ferroviaire à grande vitesse (raccordement aux lignes à grande vitesse LGV) à l’intention du parlement, le Conseil fédéral a maintenu les deux étapes et a demandé un crédit d’engagement de CHF 665 millions pour la première phase du raccordement. Compte tenu des restrictions budgétaires, certaines lignes ont été redimensionnées. La première phase concerne les cinq axes à destination de Paris, Stuttgart et Munich. Le crédit global sera investi : 1) sur la liaison Suisse – Munich dans les aménagements St-Gall – St.Margrethen (CHF 80 millions) et dans l’électrification de la ligne Lindau – Geltendorf (CHF 75 millions) ; 2) sur la liaison Suisse – Stuttgart, dans les aménagements Bülach – Schaffhouse (CHF 130 millions) ; 3) sur la relation Nord-Ouest de la Suisse – Paris/Lyon dans les contributions pour la construction de la nouvelle ligne Belfort – Dijon (ligne à grande vitesse Rhin-Rhône) (CHF 100 millions) ; 4) sur la relation Espace Mittelland – Arc jurassien – Paris dans les contributions aux aménagement Vallorbe/Pontarlier – Dole – Dijon (CHF 40 millions) ; 5) sur la ligne Genève – Paris dans les contribution à l’aménagement/revitalisation de la ligne Bellgarde – Nurieux – Bourg en Bresse (Haut-Bugey/ligne des Carpates) (CHF 165 millions) et dans l’aménagement du nœud de Genève (CHF 40 millions). CHF 10 millions sont également prévu pour la réserve et 25 pour la surveillance du projet. Il est à noter que la Confédération a pris en compte les demandes de la Suisse orientale issues de la consultation en incluant les lignes Bülach – Schaffhouse et Lindau – Geltendorf. Les projets non encore prêts en France et les projets en Suisse qui nécessitent une coordination approfondie avec la planification à long terme sont attribués à la deuxième phase du raccordement. Le Conseil fédéral propose de les revoir dans le cadre d’une vérification des grands projets ferroviaires non encore décidés ou financés (voir ici).

La Commission des finances du Conseil national (CdF-N) a désavoué le Conseil fédéral en réhabilitant, par 15 voix contre 9, six des huit projets LGV qui avaient été écartés. Ce « sauvetage » représente une augmentation de l’ardoise de CHF 330 millions, soit un total de CHF 995 millions. La décision de la CdF-N est le fruit du lobbysme de dix-huit cantons romands, de Suisse orientale et du nord-ouest de la Suisse. La Commission des transports du National (CTT-N) a également donné tort au Conseil fédéral en recommandant de débloquer CHF 1,3 milliards pour les raccordements LGV au lieu des CHF 665 millions proposés. En repêchant toute une série d’aménagements, la commission a repris l’intégralité du concept accepté en 1998 par la population lorsqu’elle avait donné son aval au fonds FTP destiné à financer les grands projets ferroviaires. Parmi toutes les variantes proposées, le Conseil national a suivi sa CTT et a approuvé à une seule voix de majorité (92 contre 91 et 6 abstentions) celle au montant maximum de CHF 1,3 milliard pour les raccordements LGV. La variante du Conseil fédéral (CHF 665 millions) n’a pas trouvé grâce aux yeux des conseillers nationaux, ceux-ci lui ont préféré l’intégralité des projets LGV, tels que votés en 1998, à la rigueur budgétaire. Lors de ce vote, les socialistes et les Verts ont reçu le renfort de radicaux et de démocrates du centre. Les tronçons Lausanne – Vallorbe (CHF 130 millions), Berne – Neuchâtel – Pontarlier (CHF 100 millions), Genève – Lyon inclu l’aménagement du nœud de Genève (CHF 80 millions), Bienne – Belfort (CHF 40 millions), Bâle – Mulhouse (CHF 25 millions), Sargans – St.Margrethen (CHF 70 millions), St-Gall – Constance (CHF 60 millions) et Zurich – Winthertour (CHF 100 millions) ont été rajoutés aux projets contenus dans le message du Conseil fédéral. En plus de cela, le crédit pour la surveillance du projet a été augmenté à CHF 50 millions.

Désavouant la variante du Conseil fédéral, pourtant soutenue par sa commission des transports (CTT-CE), le Conseil des Etats a accepté par 30 voix contre 10 de suivre le Conseil national en votant un crédit de CHF 1,09 milliard pour le raccordement aux lignes à grande vitesse (LGV). Les sénateurs n’ont toutefois pas repris l’intégralité de la variante votée par le National et ont opté pour celle proposée en 2004 par dix-huit cantons (CHF 990 millions). Ils y ont ajouté CHF 100 millions afin d’améliorer le tracé ferroviaire entre Zurich, l’aéroport de Kloten et Winterthur. Cet ajout répondait à une proposition Bürgi (udc, TG), avalisée par 17 voix contre 13. Se ralliant à la variante du Conseil des Etats, le Conseil national a accepté, par 95 voix contre 71, de reporter l’amélioration des gares de Genève et Lausanne. En vote final, la loi fédérale sur le raccordement de la Suisse orientale et occidentale au réseau européen des trains à haute performance a été approuvé par 112 voix contre 64 au Conseil national, et par 26 voix contre 12 au Conseil des Etats.