Anfangs Jahr legte der Bundesrat dem Parlament den von diesem 2005 mit einer Motion geforderten Bericht über die schweizerischen Nachrichtendienste zur Kenntnisnahme vor. Er beschreibt darin die Aufgaben, die Kompetenzen und vor allem die Kooperation und Kontrolle der vier Dienste, von denen drei beim VBS (Strategischer Nachrichtendienst, Militärischer Nachrichtendienst und Luftwaffennachrichtendienst) und einer (Dienst für Analyse und Prävention, DAP) beim EJPD untergebracht sind. Die Delegation der GPK der beiden Parlamentskammern kritisierte in einem eigenen Bericht, dass sich die Führung der zivilen und militärischen Geheimdienste auch 2006 kaum verbessert habe. Insbesondere bemängelte sie, dass auch mit den neu geschaffenen „Informationsplattformen“ keine echte Koordination stattfinde. Der Bundesrat war mit dieser negativen Einschätzung überhaupt nicht einverstanden. Die Sicherheitspolitische Kommission des Ständerats reichte im Frühjahr eine Motion ein, welche die Zusammenfassung aller sicherheitsrelevanten Dienste und Ämter, und dazu gehören insbesondere auch die vier Nachrichtendienste, in einem einzigen Departement fordert. Beide Kammern überwiesen diesen auch vom Bundesrat unterstützten, von der Linken allerdings bekämpften Vorstoss noch im Berichtsjahr.