Am 21. Juni legte die Geschäftsprüfungskommission der eidgenössischen Räte (GPDel) einen Bericht über die Inspektion der Datenbank ISIS vor. In ISIS werden die Karteien des Staatsschutzes elektronisch abgelegt. Die GPDel wies auf substanzielle Defizite in der Qualitätskontrolle hin. Seit Anfang 2005 waren 16'000 Eingangskontrollen und 40'000 vorgeschriebene periodische Überprüfungen nicht vorgenommen worden. Die GPDel wies zahlreiche Fehleinträge nach und zeigte auf, dass das gesetzlich vorgeschriebene Löschen nicht relevanter Daten unterlassen wurde. Ende 2009 wurden mehr als 200'000 Personennamen im Staatsschutz-Register geführt. Die GPDel empfahl, einen externen Datenbeauftragten zuzuziehen, der die rechtlich verlangte Kontrolle der Daten durchsetzen soll. Der Bericht verursachte einigen Wirbel in der Presse, die einen Bezug zur Fichenaffäre in den 1990er-Jahren herstellte. Bundesrat Maurer teilte die Kritik der GPDel, wies aber darauf hin, dass bereits Anfang 2009 mit der internen Qualitätskontrolle begonnen worden sei und dass die Zahl der fichierten Personennamen abgebaut werde. Im August passte der Bundesrat die Verordnung über den Nachrichtendienst an, mit welcher auch die Staatsschutzaufsicht durch die Kantone verbessert werden soll. Kantonsorgane nahmen nämlich bis anhin im Auftrag des Bundes Staatsschutzaufgaben wahr, ohne dass eine Kontrolle durch kantonale Instanzen selbst erfolgen konnte. Für Neueinträge sollen zudem strengere Richtlinien gelten und Daten, die älter als fünf Jahre sind, müssen überprüft und allenfalls gelöscht werden. Der Bundesrat machte aber auch deutlich, dass ein effizienter Nachrichtendienst unabdingbar sei für den Schutz des Rechtsstaats und der Demokratie vor Bedrohungen. Die Bewahrung staatstragender Grundsätze solle auch für den auf Ende 2012 geplanten Entwurf eines neuen Nachrichtendienstgesetzes leitend sein.