Nachdem 1987 die Rothenthurm-Initiative angenommen und damit der Schutz der Moore und Moorlandschaften von besonderer Schönheit und nationaler Bedeutung in der Verfassung verankert worden war, wird eine erneute Revision des NHG nötig. Während die gesetzliche Grundlage für den Schutz einzelner Moore gegeben ist, muss das NHG in Bezug auf die Moorlandschaften noch angepasst werden. Zudem sind Ausführungsbestimmungen zum Vollzug der Rothenthurm-Initiative zu erlassen, da unter anderem unklar ist, inwiefern sich der Verfassungsauftrag an den Bund und inwiefern er sich an die Kantone richtet. Um die Probleme mit der Interpretation des neuen Verfassungsartikels zu klären und die damit verbundenen Rechtsunsicherheiten zu beheben, sollen die schützenswerten Moore und Moorlandschaften definiert und in einem Inventar verbindlich bezeichnet werden.

Le Conseil fédéral mettait en consultation un projet de révision de la loi sur la protection de la nature et du paysage (LPN); si la protection de la nature relève des cantons et que la protection des marais figure déjà dans la loi, le DFI estime que la définition de site marécageux doit être appliquée uniformément sur l'ensemble du territoire. La Confédération devrait donc définir dans la loi les sites à protéger et en dresser l'inventaire qui en compterait 50 à 70. Elle financera en partie les mesures de protection et d'entretien. F. Cotti a précisé que si ces biotopes devaient continuer à être détruits ou endommagés, il sera nécessaire de recourir à un arrêté fédéral urgent.

Le projet de révision de la loi sur la protection de la nature et du paysage, mis en consultation en 1989, a reçu un accueil favorable de la part des cantons, même si certains se sont opposés à des mesures prévoyant une participation financière relativement élevée de leur part pour la protection des biotopes. Globalement, ce texte vise à définir les sites marécageux d'importance nationale afin de permettre à la Confédération, de concert avec les cantons, de les préserver. Celle-ci entend donc non seulement fournir un appui financier, mais aussi assurer une application uniforme de la loi par une bonne coordination des mesures prises. Elle désire, d'autre part, se donner les moyens de promouvoir la conservation des monuments.

Le projet de révision de la LPN, présenté par le Conseil fédéral en août, se compose de deux volets. L'un concerne la conservation des monuments historiques et l'autre la protection des sites marécageux. Dans le premier cas, la Confédération devra se limiter, sauf intérêt supérieur de l'Etat, à soutenir financièrement et techniquement les cantons, selon leur capacité et l'importance de l'objet. Les organisations pour la conservation des monuments historiques seront également aidées, à l'instar de celles pour la protection de la nature et du paysage. Par ailleurs, la définition du monument historique est élargie et ne se limite plus à de simples critères esthétiques ou stylistiques; l'ancienneté, l'unité architecturale ou l'intérêt culturel sont désormais fondamentaux. La loi s'applique donc aussi bien à des sites archéologiques, qu'au mobilier ou à des groupes de bâtiments.

Dans le second cas, la révision de la LPN répond à la nécessité d'une réglementation fédérale concernant la protection des sites marécageux. Celle-ci découle des nouvelles dispositions constitutionnelles issues de l'initiative de Rothenthurm acceptée en 1987. Le conseil fédéral aura ainsi la tâche de déterminer les objets à protéger et de les préserver avec la collaboration des cantons. La révision vise, à ce sujet, une application uniforme de la loi par la mise en place de dispositions avec effets obligatoires. En ce qui concerne le financement des mesures de protection et d'entretien, la participation de la Confédération devra se monter à 60% au plus du montant total.

Ce projet accorde un droit de recours aux organisations de protection de la nature, ainsi qu'à celles pour la conservation des monuments historiques. Il donne également à l'office fédéral compétent le droit de recourir contre les décisions cantonales prises dans le cadre de l'exécution des tâches fédérales.

Dans le but notamment d'adapter la législation au mandat constitutionnel émanant de l'adoption par le peuple de l'initiative Rothenthurm en 1987, le Conseil des Etats a adopté à l'unanimité la révision de la loi sur la protection de la nature et du paysage. Sous la pression de certains cantons alpins possédant de nombreux sites marécageux, le projet du Conseil fédéral a été quelque peu assoupli. C'est ainsi que les sénateurs ont ajouté un article stipulant que l'aménagement et l'exploitation des sites marécageux étaient admissibles lorsqu'ils ne portaient pas atteinte à leurs éléments caractéristiques, ce qui élargit le champ des exceptions prévues précédemment. Par contre, la Chambre a rejeté les propositions visant à biffer les dispositions rétroactives prévues par l'article constitutionnel et à rendre possible l'agrandissement d'immeubles ou la construction de routes dans ces sites. Par ailleurs, elle a précisé que, concernant le droit de recours des organisations de protection de la nature, ces dernières devaient intervenir dès le premier stade de la procédure. En outre, s'il incombe au Conseil fédéral de définir le périmètre des sites protégés, la petite chambre a tenu à préciser que cela devait se faire en étroite collaboration avec les cantons, ceux-ci consultant eux-mêmes les propriétaires touchés.

Der Nationalrat befasste sich als Zweitrat mit der nach der Annahme der Rothenturm-Initiative erforderlich gewordenen Revision des NHG. Bei der Eingliederung des Bereichs Denkmalpflege stimmte die grosse Kammer den Beschlüssen des Ständerats zu. Beim zweiten Problemkreis, den Inventaren der Objekte von nationaler Bedeutung, hat der Nationalrat die Formulierung des Ständerats übernommen, wonach die Gestaltung und Nutzung der Moorlandschaften nur zulässig sind, wenn sie der Erhaltung der moorlandschaftstypischen Gegebenheiten nicht widersprechen. Ein Minderheitsantrag aus links-grünen Kreisen, welcher eine Gestaltung und Nutzung nur zulassen wollte, soweit diese zur Erhaltung der moorlandschaftstypischen Gegebenheiten beitragen, wurde abgelehnt. Die ständerätliche Formulierung, wonach die Perimeter der schützenswerten Moorlandschaften durch Bundesbehörden in enger Zusammenarbeit mit den Kantonen, die ihrerseits direkten Kontakt mit den betroffenen Landeigentümern pflegen, fand Zustimmung. Im dritten Problemkreis, der Beschränkung des Behörden- resp. Verbandsbeschwerderechts, ging der Nationalrat gegen eine starke Minderheit noch einen Schritt weiter als der Ständerat. Wie der Erstrat beschloss die grosse Kammer, dass die beschwerdelegitimierten Organisationen ihre Einwendungen schon in der allerersten Phase des Verfügungserlasses anbringen müssen, ansonsten sie ihre Beschwerdeberechtigung verlieren. Er stimmte aber zudem unter Namensaufruf mit 101 zu 86 Stimmen einer Teilföderalisierung zu, wonach das Verbandsbeschwerderecht gesamtschweizerischer Organisationen auf Objekte von nationaler Bedeutung oder auf solche, von denen mehrere Kantone betroffen sind, eingeschränkt wird. In allen übrigen Fällen können die Kantone die beschwerdeberechtigten Organisationen bezeichnen. Ausserdem nahm die grosse Kammer den Antrag Maître (cvp, GE) mit 83 zu 60 Stimmen an, wonach das Beschwerderecht bei Objekten von öffentlichem Interesse gemäss eidgenössischem oder kantonalem Recht ausgeschlossen sein soll. In der Gesamtabstimmung passierte die Vorlae relativ knapp mit 79 zu 68 Stimmen.

Dans la procédure d'élimination des divergences relative à la révision de la loi sur la protection de la nature et du paysage, le Conseil des Etats, sur proposition de sa commission, est revenu sur les décisions de la grande chambre dans le cadre du débat sur le droit de recours des organisations de protection de l'environnement (et des communes). La version du Conseil national, défendue en l'occurrence par E. Delalay (pdc, VS), entendait limiter le droit de recours des organisations nationales aux seuls objets de signification nationale ou concernant plusieurs cantons et, pour les autres cas, laisser la liberté aux cantons de définir eux-mêmes les organisations compétentes. Les sénateurs ont refusé de telles restrictions et ont en outre biffé une proposition Maître (pdc, GE) supprimant tout droit de recours contre des projets déclarés d'utilité publique. Ils ont en général estimé que le droit de recours ne saurait par trop être restreint, car il représente un des piliers de l'Etat de droit et qu'il est nécessaire que la nature puisse bénéficier de représentants pouvant défendre ses intérêts.

Malgré diverses vélléités d'en revenir à sa position initiale, le Conseil national s'est finalement rallié aux vues de la petite chambre. Il a néanmoins maintenu une divergence pour ce qui est du moment où un recours peut être intenté. Tandis que le Conseil des Etats avait situé cet instant immédiatement après la décision en première instance de l'autorité, la grande chambre a choisi une solution plus rapide en le plaçant avant. Les promoteurs de cette solution ont souligné que cela permettrait à l'autorité de prendre une décision en toute connaissance de cause. Les opposants ont souligné que cela risquait de provoquer un encombrement procédural, organisations et communes étant contraintes de s'opposer a priori à tout projet.

Après que le Conseil national eut maintenu, fin 1994, la dernière divergence avec la Chambre haute en ce qui concerne le moment auquel le droit de recours des organisations de protection de l'environnement et des communes doit être exercé, une conférence de conciliation s'est tenue au mois de février. Souhaitant introduire une précision à la solution retenue en septembre 1994 par le Conseil des Etats, celle-ci a alors adopté une disposition stipulant que lorsque le droit fédéral ou cantonal prévoit une procédure d'opposition antérieure à la prise de décision, les communes et les organisations n'ont qualité pour recourir que si elles sont intervenues dans la procédure d'opposition au titre de partie. Plus concrètement, cette disposition a pour effet que les communes et les organisations ne devront participer à la procédure préalable que lorsque le droit fédéral ou cantonal le prévoira. Se ralliant à la solution élaborée par la conférence de conciliation, les Chambres fédérales ont réglé le dernier point qui empêchait l'adoption de l'ensemble de la révision de la loi sur la protection de la nature et du paysage dont l'entrée en vigueur a été fixée au 1er février 1996.