En vertu de la LPN, la Confédération a la compétence de s'occuper de la protection des biotopes d'importance nationale. A cet effet, le DFI a mis en consultation deux ordonnances sur la protection des zones alluviales et des marais d'altitude. Celles-ci devraient permettre de créer des inventaires fédéraux afin de recenser ces zones. Ces ordonnances, en inventoriant près de 500 hauts-marais et 165 zones alluviales (cela représente en tout une superficie de 11'500 hectares), pourront fournir aux cantons et aux organisations spécialisées une liste constituée de fiches signalétiques décrivant les caractéristiques des sites et donnant les objectifs de protection. Elles prescrivent, de plus, les activités agricoles et forestières appropriées à ces endroits. Les exploitants auront droit à un dédommagement s'ils doivent limiter leur utilisation du biotope ou s'ils doivent fournir une prestation pour le protéger. La Confédération devrait assurer le financement des mesures de protection dans une proportion d'environ 60%, le reste incombant aux cantons. Pour cela, elle déboursera CHF 20 millions jusqu'en 1995. Lors de la procédure de consultation, certains cantons ont demandé une participation plus importante de la Confédération, voire une prise en charge à 100%.

Tirant sa compétence de la disposition constitutionnelle provenant de l'initiative Rothenthurm et de la LPN, le Conseil fédéral a édicté ou mis en consultation plusieurs textes visant la protection des marais. En premier lieu, il a adopté l'ordonnance sur la protection des hauts-marais d'importance nationale, contenant une liste de 514 sites pour une surface totale de 15 km2. Ces biotopes sont principalement situés dans le nord des Alpes et le Jura romand. Ce texte est entré en vigueur le 1er février.

Le Conseil fédéral a mis en vigueur le 15 novembre l'ordonnance sur la protection des zones alluviales d'importance nationale visant à protéger 169 objets significatifs. Le but de ce texte est de garantir des conditions aptes au développement de la faune et de la flore typiques de ces régions. Il appartient aux cantons de délimiter précisément ces espaces ainsi que les zones tampons adéquates. Les seules possibilités de porter atteinte à ces endroits concernent des projets dont l'emplacement s'impose directement par leur destination, et qui servent la protection de l'homme ou un intérêt public prépondérant d'importance nationale.

Le Conseil fédéral a mis en vigueur, au 1er octobre, l'ordonnance sur la protection des bas-marais d'importance nationale. Ce texte comporte un inventaire de 728 objets protégés (environ 0,3% de la superficie de la Suisse) regroupant les deux tiers des 1'084 objets mis en consultation en 1990. Le solde devrait recevoir une base légale pour sa protection en 1995.

Peu avant la fin de l'année, le Conseil fédéral a par ailleurs décidé que 377 nouvelles zones humides figureraient dès le 1er mars 1997 dans l'inventaire fédéral des bas-marais d'importance nationale. Ces nouveaux sites dignes d'être protégés viendront ainsi compléter la liste des 723 objets déjà répertoriés en 1994.