Enfin, le Conseil fédéral a également mis en consultation l'ordonnance sur la protection des sites marécageux d'une beauté particulière et d'importance nationale. Elle concerne 91 sites sur les 329 étudiés, qui forment une superficie de 926 km2. Les cantons seront chargés de la mise en oeuvre de ce texte, la Confédération prenant en charge une partie du financement. Ce texte entend conserver et entretenir ces biotopes en sauvegardant notamment la faune et la flore spécifique à ces lieux, et en garantissant qu'ils restent reliés à leur environnement. Il vise aussi à éloigner les menaces que les activités humaines peuvent faire peser sur eux et à rétablir la situation lorsque le marais a été endommagé par une installation ou une construction.