L'Office fédéral de l'environnement, des forêts et du paysage a estimé que parmi les 50'000 décharges et sites industriels ou commerciaux potentiellement contaminés par des substances polluantes, 3'000 à 4'000 d'entre eux doivent faire l'objet d'un assainissement. Les chiffres de l'OFEFP ont ainsi été revus à la hausse, puisqu'en 1991 une première enquête auprès des cantons avait conclu à la nécessité de n'assainir environ que 2'000 des 40'000 sites potentiellement pollués alors répertoriés. Selon les expériences faites durant la dernière décennie, l'OFEFP a chiffré à environ CHF 160 millions par année pendant trente ans (soit près de cinq milliards au total) la somme nécessaire à l'assainissement de ces 3'000 à 4'000 sites contaminés.

Le Conseil fédéral a arrêté une nouvelle ordonnance sur l'assainissement des sites pollués. Désormais, une investigation préalable des sites sera effectuée afin d'apprécier les besoins de surveillance et d'assainissement et de les évaluer du point de vue de la mise en danger de l'environnement. Les mesures d'investigation, de surveillance et d'assainissement devront être exécutées par le détenteur du site pollué. Si le responsable de la pollution est un tiers, l'autorité pourra obliger ce dernier à se charger des différentes mesures nécessaires. Si les pollueurs ne peuvent pas être désignés, les frais seront imputés à la collectivité. L'ordonnance définit aussi la manière d'établir et de gérer le cadastre cantonal des sites pollués. Le but de l'opération est d'éliminer le flou qui entourait jusqu'ici les sites contaminés, lors de projets de construction, sur le marché immobilier ou dans le cadre de l'octroi de crédits. Finalement, pour l'exécution de l'ordonnance, les autorités collaboreront avec les personnes directement concernées et tenteront d'appliquer les mesures prévues dans les accords conclus par les secteurs économiques.

Par la suite, un projet d’ordonnance sur une taxe pour l’assainissement des sites contaminés a été mis en consultation par le DETEC. La Confédération souhaite taxer le stockage définitif des déchets pour faciliter l’assainissement de plus de 3000 sites contaminés. La taxe sera prélevée lors du stockage définitif de déchets en Suisse ou lors de leur exportation en vue d’un stockage définitif à l’étranger. Son montant variera selon le type de décharge, mais ne dépassera pas 20% des coûts de stockage moyens. Les recettes de la taxe, quelque 30 millions de francs par an, seront utilisées pour soutenir financièrement les cantons et les communes lors de l’assainissement des sites pollués. Seront soumis à la taxe les propriétaires de décharges et les exportateurs de déchets. Le projet prévoit de verser des indemnités aux cantons quand le responsable de la pollution ne pourra être identifié ou sera insolvable, ou lorsqu’il s’agira de décharges contenant en majorité des déchets urbains. Ces indemnités couvriront l’assainissement des sites contaminés à raison de 40% des coûts imputables.

Pour financer l'assainissement des sites contaminés, le Conseil fédéral a décidé de prélever une taxe sur le stockage définitif des déchets en Suisse et sur leur exportation. Il a fixé au 1er janvier 2001 l'entrée en vigueur de l'ordonnance sur la taxe. Celle-ci visait à accélérer la réfection d'anciennes décharges ou d'aires industrielles dont la pollution constituait une menace pour la population et l'environnement. Le montant de la taxe atteindra au maximum 20% des coûts de stockage et variera selon le type de décharge. Elle sera de 15 francs par tonne pour les décharges contrôlées pour résidus stabilisés, de 20 francs par tonne pour les décharges contrôlées bioactives et de 50 francs pour les exportations en vue d'un stockage dans des décharges souterraines. Les décharges contrôlées pour matériaux inertes et déchets de chantier ne seront pas soumises à la taxe, car l'OFEFP considérait que le contrôle serait trop difficile et les frais administratifs disproportionnés. Ainsi la principale critique exprimée par les cantons et les milieux économiques consultés a été prise en compte. Selon l'OFEFP, l'assainissement d'un site contaminé coûte généralement plusieurs centaines de milliers de francs voir jusqu'à 100 millions de francs dans certains cas. Ces frais doivent être pris en charge par le responsable de la pollution. S'il est inconnu ou insolvable, la facture revient au canton. Dans de tels cas et pour l'assainissement de déchets ménagers, la Confédération prend en charge 40% des coûts, soit environ 30 millions de francs par an.