Le Concordat suisse des caisses-maladie, pour sa part, a déposé son initiative en faveur «d'une assurance maladie financièrement supportable», laquelle demande notamment une limitation des tarifs médicaux ainsi qu'une élévation des subsides de la Confédération aux caisses maladie. Lancée en 1984, elle a obtenu un nombre de signatures (390'273) jamais atteint depuis l'introduction de ce droit populaire en 1891. Cette mobilisation reflète de manière significative le mécontentement des assurés face à l'augmentation continue de leurs cotisations. De son côté, le Conseil fédéral a d'ores et déjà chargé le DFI d'élaborer un message proposant au parlement de la rejeter sans lui opposer de contre-projet formel. Son refus paraît avant tout motivé par son souci de ménager les finances étatiques.

Le Conseil fédéral a proposé le rejet, sans lui opposer de contre-projet, de l'initiative populaire "Pour une assurance-maladie financièrement supportable" déposée en 1985 par le Concordat suisse des caisses-maladie. Pour justifier son renoncement à élaborer un contre-projet, le gouvernement a estimé inopportun de présenter un nouveau projet si rapidement après le rejet par le peuple de la révision de l'assurance-maladie et maternité en décembre 1987 . L'initiative entend lutter contre la hausse des coûts de la santé sans remettre toutefois en question le principe de l'assurance facultative. Elle demande que la Confédération et les cantons fixent des normes en matière de tarifs et que les cotisations des assurés à ressources modestes et des familles soient réduites. Ces exigences sont assorties d'une disposition transitoire qui contraint la Confédération à augmenter de manière substantielle ses subventions aux caisses dans l'année qui suit l'acceptation de l'initiative, puis de les adapter constamment à l'accroissement des coûts de l'assurance-maladie. En d'autres termes, cela pourrait signifier qu'en 1991 la Confédération serait tenue de verser 2,5 milliards de francs aux caisses-maladie au lieu des 984 millions dus selon le régime actuel.

C'est précisément cette disposition d'ordre financier qui a constitué la principale raison du rejet de l'initiative par le Conseil fédéral. Celui-ci a mis en évidence l'incompatibilité de cette exigence avec la situation des finances fédérales. A son avis, la mise à disposition de plus grands moyens financiers ne suffirait pas à résoudre les problèmes qui se posent à l'assurance-maladie et contribuerait même à perpétuer le système actuel de financement qui ne tient pas compte de la capacité économique de l'assuré. Qui plus est, a-t-il ajouté, l'initiative n'apporte pas de solution au problème crucial de l'explosion des coûts de la santé puisqu'elle s'attaque davantage au financement qu'à la cause des dépenses. Pour le gouvernement, c'est au niveau législatif que l'on doit résoudre les problèmes de l'assurance-maladie et non au niveau constitutionnel. Le Conseil fédéral a également tenu à rappeler qu'il a chargé quatre experts d'élaborer séparément des propositions concrètes et réalisables en vue de trouver une solution aux problèmes de l'assurance-maladie.

Présenté sous la forme d'une révision partielle de l'assurance-maladie, le contre-projet reprend de nombreuses dispositions du programme d'urgence, à l'exception du volet consacré à l'assurance maternité, refusé en votation populaire. La révision prévue oblige les caisses-maladie à accueillir toutes les demandes d'assurance, soutient des mesures de médecines préventives, instaure un contrôle économique des traitements, permet la constitution de nouveaux modèles d'assurance et augmente de 10 à 15% la participation des assurés aux frais. Par rapport à la révision soumise au souverain en 1987, le contre-projet prévoit une augmentation de 200 millions de francs des subventions fédérales aux caisses-maladie.

Une majorité du Conseil des Etats, composée de démocrates-chrétiens, de socialistes et de démocrates du centre, a soutenu le projet de sa commission en insistant sur la nécessité de lutter sans tarder contre l'explosion des coûts de la santé et la hausse des cotisations qui grèvent toujours plus lourdement le budget des plus défavorisés. Elle a aussi relevé que cette révision partielle n'était pas incompatible avec une refonte complète de la loi et a tenu à souligner qu'elle serait susceptible d'inciter les initiants à retirer leur initiative. Les détracteurs, radicaux et libéraux, ont dénoncé l'inopportunité de la démarche en rappelant que le peuple avait repoussé les solutions qui composent pour l'essentiel le contre-projet. Ils ont également souligné qu'il pouvait compromettre, ou tout au moins différer, les travaux du Conseil fédéral en la matière et qu'il était peu probable que l'initiative des caisses-maladie soit retirée.

A l'instar du Conseil fédéral, le Conseil des Etats a jugé insupportable pour les finances de la Confédération la disposition transitoire de l'initiative prévoyant une adaptation régulière des subventions fédérales et a estimé que le remède préconisé par les caisses-maladie était peu apte à enrayer l'inflation des coûts de la santé. La chambre haute a également fait valoir que l'initiative aboutirait à un monopole des caisses-maladie, mettant à l'écart l'assurance privée. Elle a donc décidé, à l'unanimité, de recommander son rejet. Mais, afin de sortir le dossier de l'assurance-maladie de l'impasse dans laquelle il se trouve, le Conseil des Etats a, contre l'avis du Conseil fédéral, souscrit au contre-projet indirect au niveau législatif élaboré par sa commission.