Die Eidgenössische Kommission gegen Rassismus (EKR) sprach sich ebenfalls ganz vehement gegen eine längerdauernde schulische Trennung von einheimischen und ausländischen Kindern aus, da diese diskriminierend sei, die Ghettobildung fördere und zu einer Apartheid-Gesellschaft führe. Getrennter Schulunterricht würde die Integration der ausländischen Kinder erschweren und damit längerfristig auch das friedliche Zusammenleben von Schweizern und Ausländern gefährden. Die EKR betonte, sie nehme die Besorgnis vieler Eltern ernst, die Bildungschancen ihrer Kinder würden in Schulklassen mit hohem Ausländeranteil beeinträchtigt. Doch gehe es nicht an, deswegen eine willkürlich definierte Gruppe von Schulkindern zu benachteiligen; anzustreben seien vielmehr Verbesserungen
für alle. Dazu kann nach EKR auch ein pädagogisch begründeter und befristet getrennter Unterricht gehören, so etwa die Integrationsklassen, in denen ausländische Kinder intensiven Unterricht in der Landessprache erhalten, um dann nach spätestens einem Jahr in die Regelklasse zu wechseln.