Im August präsentierte der Bundesrat seinen Voranschlag 2001. Aufgrund der guten Konjunkturlage hatte er einen ausgeglichenen Haushalt angepeilt und dieses Ziel bei einem kleinen Defizit von 100 Mio Fr. beinahe erreicht. Das von den eidgenössischen Räten im Dezember verabschiedete Budget 2001 sah bei veranschlagten Ausgaben von 48 906 Mio Fr. und Einnahmen von 48 924 Mio einen Einnahmenüberschuss von 18 Mio Fr. vor. Damit wurde die verfassungsrechtliche Vorgabe des Haushaltsziels 2001 (zulässiges Defizit von 2%) deutlich unterschritten. Die veranschlagten Ausgaben übertrafen das Budget des Vorjahres um 1,5 Mia Fr. oder 3,1%. Dieser Zuwachs wurde mit einem erwarteten Anstieg bei den Passivzinsen (+397 Mio) als Folge der höheren Zinssätze sowie mit höheren Anteilen Dritter (+684 Mio) an den Bundeseinnahmen, insbesondere bei der direkten Bundessteuer, begründet. Die Soziale Wohlfahrt fiel mit einem Ausgabenzuwachs von 140 Mio ins Gewicht, wobei ein erwarteter Zuwachs bei der AHV/IV durch Rückgänge im Asylbereich und bei der Arbeitslosenversicherung aufgewogen wurde. Bei den Einnahmen wurde im Vergleich zum Vorjahr ein Zuwachs von 3,3 Mia Fr. oder 7,3% veranschlagt. Ein Anstieg der Einnahmen wurde bei der LSVA und beim Anteil des Bundes am zusätzlichen Mehrwertsteuerprozent zu Gunsten des öffentlichen Verkehrs sowie bei der erhöhten Tabaksteuer erwartet. Die dringliche Inkraftsetzung des Bundesgesetzes über die Stempelabgabe dürfte andererseits die Einnahmen um rund 220 Mio schmälern.

Bei den Beratungen im Parlament waren vor allem die Budgetposten Entwicklungszusammenarbeit, Nationalstrassenunterhalt und Förderung des Energiesparens umstritten. Die vorberatenden Kommissionen (FK-NR und FK-SR) waren sich uneinig darüber, welche Folgen das Volks-Nein zu den Energievorlagen vom September haben werde. Die Mehrheit der Kommissionsmitglieder sprach sich dafür aus, die im Voranschlag enthaltenen Einnahmen von 70 Mio Fr. aus der Förderabgabe ganz zu streichen oder auf ein Minimum von 5 Mio zu reduzieren. Relativ starke Minderheiten beantragten dagegen ein Aufstocken der Kredite im Energiesektor um 35 Mio Fr. Ausserdem wurde über eine Kürzung des Nationalstrassenunterhalts um 30 Mio verhandelt. Die Kommission des Ständerates erachtete diese Mittel für den Unterhalt von Tunnels und Brücken als unentbehrlich. Eine starke Kommissionsminderheit im Nationalrat und die Kommissionsmehrheit im Ständerat wollten zudem die vom Bundesrat veranschlagte Kürzung von 16,5 Mio im Bereich der Entwicklungszusammenarbeit nicht akzeptieren und die Ausgaben auf dem letztjährigen Niveau belassen. Dagegen erhofften sich beide Kommissionen grosse Einsparungen im Asylbereich: Aufgrund des Rückgangs bei den Asylgesuchen beantragten sie deshalb eine Kürzung des Postens um 90 Mio. Bürgerlich dominierte Mehrheiten beider Kommissionen reichten ausserdem Motionen zur Reduktion der Staatsquote für die Jahre 2002 bis 2005 ein (FK-NR: Mo. 00.3600; FK-SR: Mo. 00.3611); Beide Motionen wurden in der Folge als Postulate überwiesen.

Kurz vor Weihnachten gab das EDI seinen Entscheid hinsichtlich der Auswahl von Nationalen Forschungsschwerpunkten (NFS) als neues Instrument für die langfristige Forschungsförderung bekannt. Aus den ursprünglich 238 beim Nationalfonds eingereichten Vorschlägen waren dem EDI nach einem strengen Auswahlverfahren nur noch 18 vorselektierte Gesuche vorgelegt worden. Neun davon betrafen die Naturwissenschaften und die Medizin, sechs die Gesellschaftswissenschaften sowie die Geographie und drei weitere die technischen Wissenschaften. Zehn Gesuche wurden schliesslich bewilligt, vier definitiv abgelehnt und vier vorläufig zurückgestellt. Obwohl in der Vorauswahl unter den 18 Projekten noch vertreten, schaffte kein einziger sozial- oder geisteswissenschaftlicher Vorschlag die letzte Hürde. Die zehn bewilligten NFS stammten ausschliesslich aus den Lebens- und Umweltwissenschaften, der Kommunikations- und Materialtechnologie sowie der Physik. Innenministerin Ruth Dreifuss und Staatssekretär Charles Kleiber mussten sich aufgrund dieses wissenschaftspolitisch heiklen Entscheids geharnischte Proteste und Kritik gefallen lassen. In einem offenen Brief an Ruth Dreifuss gaben Vertreterinnen und Vertreter der Geistes- und Sozialwissenschaften aus der ganzen Schweiz ihrer Enttäuschung Ausdruck, wiesen das von Charles Kleiber vorgebrachte Argument, es fehlten Kriterien zur Beurteilung sozialwissenschaftlicher Forschung im internationalen Wettbewerb, scharf zurück und verlangten Vorschläge für eine nachhaltige Förderung der Geistes- und Sozialwissenschaften. Die zehn Schwerpunkte, auf welche die für 2001 bis 2003 bereitgestellte Summe von CHF 126 Mio. verteilt werden soll, laufen über zehn Jahre. Der Versuch des Nationalrats, einen Zusatzkredit von CHF 60 Mio. zur Finanzierung der vier zurückgestellten Gesuche durchzubringen, scheiterte. Mit 93 zu 77 Stimmen hatte zwar die grosse Kammer im Rahmen der Beratungen zum Voranschlag 2001 den einander identischen Anträgen der liberalen Fraktion (00.3358) und der SP-Fraktion sowie der Ratsmitglieder Brigitta Gadient (svp, GR) und Jacques Neirynck (cvp, VD) auf Erhöhung des Budgets des Nationalfonds für den Zeitraum von 2001 bis 2003 um CHF 60 Mio. auf CHF 365 Mio. zugestimmt. Die Antragstellerinnen und Antragsteller hatten auf den drohenden Verlust an Energie und Know-how hingewiesen, die in die Erarbeitung der 18 Vorschläge investiert worden waren. Doch der Ständerat lehnte die Erhöhung des Budgetpostens ab, nachdem sich Finanzminister Kaspar Villiger heftig dagegen gewehrt hatte, einem Betrag in dieser Höhe ohne vorherige Prüfung durch Bundesrat und zuständige Kommission (WBK-SR) zuzustimmen.

Im Voranschlag 2001 hatte das EDI 500'000 Fr. für diverse Forschungsarbeiten im Bereich der Gesundheitsprävention beantragt. Die Mehrheit der Finanzkommission des Nationalrates wollte diesen Betrag ganz streichen. Eine links-grüne Minderheit Fässler (sp, SG) beantragte Zustimmung zum Bundesrat, eine Minderheit Maillard (sp, VD) zumindest die Beibehaltung eines Kredits von 50'000 Fr. für die Entwicklung eines Tests zur Erfassung der Creutzfeldt-Jakob-Krankheit und von 120 000 Fr. für die Suche nach einem sicheren und umfassenden Impfstoff gegen die Grippe. Bundesrat Villiger bat den Nationalrat, auf die Streichung ganz zu verzichten oder wenigstens dem Antrag Maillard zuzustimmen, da die WHO für die nächsten Jahre eine Grippe-Pandemie in der Grössenordnung der „Spanischen Grippe“ nach dem 1. Weltkrieg nicht ausschliesse. Trotz dieser eindringlichen Warnung verwarf das Plenum mit 99 zu 69 Stimmen den Antrag Fässler und mit 95 zu 75 Stimmen den Antrag Maillard. Der Ständerat liess sich hingegen von Villiger überzeugen und stimmte der mittleren Variante (gemäss Antrag Maillard) zu. In der Differenzbereinigung schloss sich der Nationalrat mit 91 zu 48 Stimmen der kleinen Kammer an. (Zum Rinderwahnsinn (BSE), dessen menschliche Variante die Creutzfeldt-Jakob-Krankheit sein könnte, siehe hier)

Entgegen dem ursprünglichen Vorhaben, 500 Mio Fr. zusätzlich einzusparen, unterbreitete die Finanzkommission des Nationalrates ihrem Rat schliesslich einen Mehrheitsantrag, der einen Überschuss von 71 Mio Fr. auswies. SVP-Vertreter warnten, die strukturellen Defizite seien noch immer virulent, und forderten deshalb weitere Ausgabenkürzungen. Gekürzt werden sollte unter anderem bei der Swisscoy. Dieser Antrag wurde aber vom Rat nicht unterstützt. Zudem widersetzte sich das Plenum einer Kürzung bei humanitären Aktionen und bei der Nahrungsmittelhilfe. Beim Budget des Volkswirtschaftsdepartements bekämpfte Cuche (gp, NE) vergeblich die vorgesehene Kürzung von 30 Mio bei den Direktzahlungen an die Landwirtschaft. Die Volkskammer verzichtete ferner auf die Einsparungen beim Nationalstrassenunterhalt. Aufgestockt wurde schliesslich beim Schweizerischen Nationalfonds. Dem erhöhten Nationalfondskredit stand jedoch der Ständerat im Weg. Er lehnte einen entsprechenden Antrag der FDP-Ständerätin Berger (NE) ab. Die Ständekammer lehnte auch einen von Epiney (cvp, VS) angeführten Minderheitenantrag zur Förderung der Forschung im Bereich der erneuerbaren Energien ab. Bei der letzten Differenz, einer vom Nationalrat beschlossenen Streichung der VBS-Kredite um 100 Mio Fr., fügte sich der Nationalrat schliesslich dem Beschluss des Ständerates.