In der Detailberatung konnten die eher gentechkritische Kommission, die Linke und die Grünen allerdings nur gerade zwei Erfolge verbuchen. Auf Vorschlag der Kommission wurde ganz knapp mit 84 zu 83 Stimmen ein Artikel angenommen, der die biologische und konventionelle IP-Landwirtschaft vor den Auswirkungen der GVO schützen soll. Anstatt dem vom Ständerat im Vorjahr eingeführten zehnjährigen Moratorium für die Freisetzung gentechnisch veränderter Wirbeltiere wurde ein Verbot festgeschrieben. Ansonsten setzten sich aber die von den Freisinnigen angeführten Gentech-Befürworter in allen Punkten durch. In den Zweckartikel des Gesetzes wurde nicht nur der Schutz von Mensch, Tier und Umwelt aufgenommen, sondern auch die Förderung der Gentechnologieforschung. Das vom Bauernverband und den Konsumentenschutzorganisationen gemeinsam geforderte fünfjährige Moratorium für die Freisetzung gentechnisch veränderter Pflanzen, das nur den kommerziellen Anbau, nicht aber die Forschung betroffen hätte, wurde mit 90 zu 83 Stimmen knapp abgelehnt. Den Ausschlag gaben vier Bauernvertreter, die Nein stimmten respektive sich der Stimme enthielten sowie die CVP, deren Fraktion sich von ihrem erst ein Jahr zuvor verlangten Moratorium verabschiedete und mehrheitlich dagegen votierte. Mit 118 zu 64 Stimmen wurde zudem ein Antrag Kathy Ricklin angenommen, wonach GVO selbst dann freigesetzt werden dürfen, wenn die angestrebten Erkenntnisse auch ohne Gentechnologie gewonnen werden könnten. Der Nationalrat war zwar wie der Ständerat der Ansicht, antibiotika-resistente Markergene seien zu verbieten, doch wurde der Forschung eine Übergangsfrist bis 2008 gewährt. Eine weitere Niederlage mussten Kommission, Linke und Grüne bei der Diskussion um die Trennung des Warenflusses hinnehmen. Eine Mehrheit der WBK-NR wollte alle jene, die GVO-Produkte in Verkehr setzen, dazu verpflichten, von Anfang an für die Trennung des Warenflusses zu sorgen. Nach Meinung von Johannes Randegger wäre dies aber reines Bio-Marketing, das die Gentech-Industrie diskriminiere und den Wirtschaftsstandort Schweiz schwäche. Obgleich Ruedi Aeschbacher geltend machte, hier gehe es nicht um Werbung, sondern darum, die Befürchtungen der Bevölkerung vor GVO-kontaminierten Lebensmitteln ernst zu nehmen, setzte sich Johannes Randegger durch. Mit 89 zu 80 Stimmen entschied sich der Rat für die Fassung der Kommissionsminderheit und überliess es dem Bundesrat, Bestimmungen zum Warenfluss zu erlassen.

Keine Gefolgschaft fand die Kommissionsmehrheit auch beim Verbandsbeschwerderecht. Sie hatte dieses ausweiten und nicht nur Umweltschutz-, sondern auch Konsumentinnenorganisationen und bäuerliche Körperschaften zulassen wollen. Eine derart sensible Materie brauche Sicherungsmechanismen, argumentierte Ruedi Aeschbacher: Liliane Chappuis meinte, besonders die Bauern müssten eigentlich ein Interesse am Vorschlag der WBK haben. Das war aber offenbar nicht so. Zum Erstaunen vieler plädierte der Luzerner Landwirt Josef Kunz, der in der Kommission noch für die Ausweitung votiert hatte, für die ersatzlose Streichung des Verbandsbeschwerderechts und unterstützte einen entsprechenden Antrag seines Bauernkollegen Marcel Scherer, der mit 84 zu 75 Stimmen angenommen wurde. Auch bei der Haftung wich der Rat mit 87 zu 81 Stimmen von der von der Kommission vorgeschlagenen durchgehenden Kanalisierung auf die bewilligungs- oder meldepflichtige Person ab. So soll beim zugelassenen In-Verkehr-Bringen von GVO die Produktehaftung zum Zug kommen. Die strengere Gefährdungshaftung gilt nur noch für Freisetzungsversuche, in geschlossenen Systemen und bei unerlaubter Anwendung. Trix Heberlein warnte mit Erfolg, sonst würden die Schweizer Firmen gegenüber ihren ausländischen Konkurrenten diskriminiert. In der Gesamtabstimmung wurde die Gen-Lex mit 67 zu 48 Stimmen angenommen.