FDP-Generalsekretär Guido Schommer kündigte im September seinen Rücktritt per Ende Februar 2008 an. Er war seit 2001 im Amt gewesen. Die Partei betonte, er trete nicht aufgrund eines schlecht laufenden Wahlkampfes von seinem Posten zurück. Der Jurist und Ökonom Stefan Brupbacher, tätig bei der Economiesuisse und Wunschkandidat des wirtschaftsliberalen Flügels der FDP, wurde zum neuen Generalsekretär gewählt. Zu einer personellen Veränderung kam es auch in der FDP-Bundeshausfraktion. Die Urner Nationalrätin Gabi Huber wurde als Nachfolgerin von Felix Gutzwiller (ZH) zur Fraktionspräsidentin gewählt. Sie trat als Vizepräsidentin der FDP Schweiz zurück. Auch Léonard Bender, ebenfalls Vizepräsident der FDP, kündigte seinen Rücktritt aus der Parteileitung an.

Der Generalsekretär der FDP Schweiz, Guido Schommer, trat auf den 1. März zurück. Sein Nachfolger Stefan Brupbacher, Jurist und Ökonom und zuletzt bei Economiesuisse tätig, nannte folgende Ziele für seine Tätigkeit: die Beschleunigung der internen Prozesse, die Verbesserung des Informationsflusses und die Intensivierung des Austausches mit den Kantonalparteien. Brupbacher möchte zudem eine zentrale Mitgliederdatenbank aufbauen.