Schwere Niederlagen musste die FDP im Berichtjahr auch bei den kantonalen Regierungswahlen einstecken. In Genf verlor der Freisinn eines und in Neuenburg gleich zwei der jeweils ursprünglich drei Exekutivmandate. Während die FDP in Neuenburg für verschiedene politische Skandale richtiggehend abgestraft wurde, konnte der Verlust der Regierungsbeteiligung im Kanton Wallis mit der „Steinaffäre“ um Christian Varone und mit der erstarkten SVP erklärt werden. Bei Ersatzwahlen im Kanton Basel-Landschaft verzichtete die FDP darauf, ihren zurücktretenden Regierungsvertreter zu Gunsten einer Regierungsbeteiligung der SVP zu ersetzen. Einzig im Kanton Appenzell Ausserrhoden, wo die FDP eine politische Macht ist, konnte auf Kosten der SVP ein sechster von sieben Regierungssitzen erobert werden. Ohrfeigen musste die FDP auch bei kommunalen Exekutivwahlen einstecken. So wurde der langjährige FDP-Sindaco von Lugano abgewählt und durch einen Lega-Politiker ersetzt und bei Ersatzwahlen in der bereits stark links gefärbten Stadt Zürich verlor die FDP ihren Sitz an die Alternative Linke. Die Verluste bei den Exekutivwahlen wurden in der Presse auch auf einen Mangel an überzeugenden Köpfen zurückgeführt. Der Freisinn müsse mehr in den Nachwuchs investieren. Die Personalpolitik in den Kantonalsektionen wurde von Präsident Philipp Müller im Hinblick auf die Wahlen 2015 als zentrales Projekt forciert. Trotz der Niederlagen blieb die FDP Ende Berichtjahr die stärkste Regierungskraft in den Kantonen. 26,9% der Exekutivsitze (42 von total 156 Sitzen) waren in freisinniger Hand.

Resultate der wichtigsten Parteien bei kantonalen Wahlen 2013