Bei den Ständeratswahlen ging es um die Besetzung von 40 der 46 Ratssitze. Die Kantone Graubünden, Zug, Appenzell-Innerrhoden und Obwalden hatten ihre Vertretungen bereits früher bestimmt. 17 amtierende Parlamentarier verzichteten auf eine Wiederwahl. Die Zahl der Rücktritte war damit gegenüber 1995 (11) stark angewachsen. Nur 28 der 40 zu bestellenden Ständeratsmandate konnten am ersten Wahltag vom 24. Oktober vergeben werden. Parteipolitisch hatte sich am 24. Oktober nicht viel verändert. Die SP verlor im Kanton Freiburg mit dem Abgewählten Aeby einen Sitz, den sie allerdings in Solothurn durch Leuenberger (sp) kompensieren konnte. Leuenbergers Sitz ging der CVP verlustig, die dagegen – auf Kosten des Widersachers SP – im Kanton Thurgau einen Sitz erobern konnte. Die Fraktionspräsidentin der SP, Ursula Hafner (SH), schaffte den Übertritt vom National- in den Ständerat nicht und schied aus dem Parlament aus.

In den neun Kantonen LU, BL, SG, AG, TG, TI, VS, VD und NE waren zweite Wahlgänge notwendig. Ende November standen die letzten Resultate fest. Parteipolitisch hat sich die Zusammensetzung auch nach den zweiten Wahlgängen nur gering verändert. Nachdem der LdU bereits 1998 nach dem Rücktritt von Monika Weber (ZH) in den Ersatzwahlen seinen Sitz verloren hatte, musste nun auch die LP ihre beiden Mandate hergeben. Die Bisherigen Rochat (lp, VD) und Cavadini (lp, NE) wurden durch zwei Sozialdemokraten ersetzt. Zu einem Intermezzo zwischen der CVP und der FDP kam es im Kanton St. Gallen. Der aus dem Nationalrat wechselnde CVP-Kandidat Eugen David schaffte im ersten Wahlgang das absolute Mehr nicht. Die FDP, die Erika Forster im ersten Wahlgang durchgebracht hatte, wollte vorerst David nicht unterstützen, weil er zu weit links stehen würde. Schliesslich beschlossen sie Stimmfreigabe und David wurde mit grossem Vorsprung auf den SVP-Kandidaten gewählt. Die FDP, zusammen mit dem Parteilosen Hess (OW), stellt neu 18 Mandate und bleibt weiterhin stärkste Kraft im Ständerat. Die CVP erreichte mit 15 Sitzen ihr schlechtestes Resultat seit 1896. Die SVP vermochte die im Verlauf der letzten Legislatur bei Ersatzwahlen in den Kantonen Zürich und Glarus gewonnenen zwei Sitze zu halten und kam insgesamt auf sieben Mandate. Dank einem Sitzgewinn steigerte die SP ihre Vertretung auf sechs. Die Regierungsparteien sind damit in der kleinen Kammer unter sich. Von 23 Ständeräten, die sich der Wiederwahl stellten, wurden 20 im Amt bestätigt. Der Ständerat zählte in der Wintersession 20 neue Gesichter und hat sich damit gegenüber 1995 (17 Neue) stärker erneuert. Unter den Neugewählten sind sieben ehemalige Nationalräte vertreten. Weitgehend stabil blieb die Frauenvertretung. Im Vergleich zu den Wahlen 1995 sitzt 1999 eine Frau mehr im Rat (9), wobei der Frauenanteil im Laufe der Legislatur durch den Rücktritt von Monika Weber (ldu, ZH) zwischenzeitlich auf sieben Frauen gefallen war.