Der Ständerat befasste sich in der Sommersession 2015 erstmals mit dem bundesrätlichen Entwurf zur Teilrevision des Zollgesetzes, mit der die Regierung gewisse Mängel und Lücken, die sich in der Anwendung des 2007 eingeführten Zollgesetztes gezeigt hatten, beheben wollte. Die Strategie Zollfreilager, die der Bundesrat in der gleichen Botschaft definiert hatte und der in den Medien viel Aufmerksamkeit zuteil wurde, war indes nicht Gegenstand der Gesetzesvorlage. Der Ständerat folgte in sämtlichen Punkten seiner vorberatenden Sicherheitspolitischen Kommissionen (SiK-SR), deren Anträge nur gering vom Entwurf des Bundesrates abwichen. In seiner wichtigsten Änderung entschied sich der Ständert dafür, eine Bestimmung zu streichen, die es der Eidgenössischen Zollverwaltung (EZV) erlaubt hätte, im Rahmen der Amtshilfe direkt Daten und Informationen an eine ersuchende Behörde zu übermitteln. Die kleine Kammer wollte damit verhindern, dass sensible Daten, die bei der Deklaration bekanntgegeben werden, in die Hände der wirtschaftlichen Konkurrenz geraten.

Im Dezember 2015 schuf der Nationalrat bei der Beratung der Teilrevision des Zollgesetzes drei Differenzen zur vorbehandelnden kleinen Kammer. Er folgte dabei in allen Punkten seiner Sicherheitspolitischen Kommission (SiK-NR). Einzig bei der Frage, ob der im Bundesbeschluss über die Umsetzung von Schengen und Dublin festgeschriebene Mindestbestand des Grenzwachtkorps ins Zollgesetz gehört, kam es zu Diskussionen. Ein Minderheitsantrag Graf-Litscher (sp, TG), der wie Bundes- und Ständerat auf eine Festschreibung verzichten wollte, da seit der Festlegung im Jahre 2003 der Mindestbestand als Referenz an Bedeutung verloren habe, wurde mit 56 zu 127 Stimmen abgelehnt. SP, Grüne und Grünliberale standen, auf sich alleine gestellt, auf verlorenem Posten. Die zweite Differenz betraf eine Bestimmung, welche Kommandanten von Luftfahrzeugen zur Übermittlung von Unterlagen an die Eidgenössische Zollverwaltung (EZV) verplichtet. Diese führe, so die SiK-NR, zu grossen Unklarheiten und vermische Bereiche der privaten und kommerziellen Fliegerei. Eine letzte Differenz beinhaltete eine Präzisierung, die die Ermächtigung des Bundesrates zum Abschluss von völkerrechtlichen Verträgen explizit nur auf den Bereich der gegenseitigen Anerkennung des Status der zugelassenen Wirtschaftsbeteiligten beschränkt. Der Ständerat stimmte im Januar 2016 bei der zweiten Lesung den nationalrätlichen Anpassungen diskussionslos zu. In der Schlussabstimmung wurde die Teilrevision des Zollgesetzes in beiden Räten einstimmig angenommen.