Ende Mai 2016 überwies der Bundesrat dem Parlament das Stabilisierungsprogramm 2017-2019, das Entlastungen von CHF 800 Mio. bis zu CHF 1 Mrd. jährlich vorsah. Dieses sei nötig geworden, weil sich als Folge der Aufhebung des Euro-Mindestkurses die Einnahmen des Bundes wesentlich langsamer entwickelt hätten als angenommen worden war (Finanzplan 2016-2018). Trotz der bereits zuvor mit dem Voranschlag 2016 verabschiedeten Entlastungsmassnahmen im Umfang von rund CHF 1 Mrd. ging der Bundesrat davon aus, dass das Stabilisierungsprogramm nicht ausreichen werde, um in den kommenden Jahren die Vorgaben der Schuldenbremse einhalten zu können. Als Gründe für das drohende strukturelle Defizit gab der Bundesrat neben den steigenden Ausgaben im Asylbereich unter anderem auch die Reform der Altersvorsorge 2020 und die Unternehmenssteuerreform III an.

In der Herbstsession 2016 behandelte der Ständerat als Erstrat das Stabilisierungsprogramm 2017-2019. Roberto Zanetti (sp, SO) stellte einen Minderheitsantrag auf Rückweisung, der den Auftrag an den Bundesrat beinhaltete, die Berechnung des Konjunkturfaktors an die makroökonomischen Gegebenheiten anzupassen und entsprechend die Handhabung der Schuldenbremse zu überprüfen. Die kleine Kammer lehne diesen Antrag mit 31 zu 13 Stimmen und der Begründung ab, dass die Schuldenbremse nicht in Frage gestellt werden sollte. Bei der Behandlung des Programms reduzierte der Ständerat die Sparanstrengungen des Bundesrates deutlich. Während der Bundesrat Einsparungen von CHF 796 Mio. (2017), CHF 898 Mio. (2018) und CHF 978 Mio. (2019) vorgesehen hatte, verringerte die kleine Kammer diese auf CHF 652 Mio. (2017), 637 Mio. (2018) und 702 Mio. (2019). Insbesondere bezüglich der Landwirtschaft und der Bildung zeigte sich der Ständerat grosszügig: Bei der Landwirtschaft strich er sämtliche Sparmassnahmen bei den Direktzahlungen (CHF 62-69 Mio. jährlich), da die Einkommen der Bauern – wie Peter Hegglin (cvp, ZG) argumentierte – bereits sehr tief wären und sich Letztere gerade erst auf die neuen Zielsetzungen, Grundlagen und Rahmenbedingungen der Agrarpolitik 2014-2017 eingestellt hätten. Unverändert beliess der Ständerat die Vorlage des Bundesrates bezüglich der Investitionskredite und der landwirtschaftlichen Strukturverbesserungen. Bei den Bildungsausgaben reduzierte er den vom Bundesrat vorgeschlagenen Sparbetrag um CHF 74-108 Mio. und folgte damit dem Antrag Noser (fdp, ZH) als Sprecher der WBK-SR. Als Kantonsvertreter verzichtete der Ständerat zudem gegen den Willen des Bundesrates darauf, die Integrationsbeiträge an die Kantone sowie die Bundesanteile an den Krankenkassenprämien-Verbilligungen zu reduzieren, da dies zu einer Mehrbelastung der Kantone geführt hätte. Zusätzlich zu den vom Bundesrat vorgeschlagenen Sparanstrengungen wollte die FK-SR hingegen bei der Entwicklungshilfe sparen. Als Befürworter dieser zusätzlichen Reduktion um weitere CHF 100 Mio. argumentierte zum Beispiel Philipp Müller (fdp, AG), dass die diesbezüglichen Ausgaben in den letzten Jahren stetig angestiegen seien, ihre Wirkung hingegen fraglich sei. Werner Hösli (svp, GL) ergänzte, dass die bisherigen Zahlungen offensichtlich die steigenden Asylkosten nicht hatten verhindern können. Christian Levrat (sp, FR) rief dementgegen in Erinnerung, dass das Parlament die APD-Quote – also den prozentualen Anteil der öffentlichen Entwicklungshilfe am Bruttonationaleinkommen – im Februar 2011 auf 0,5 Prozent des Bruttonationaleinkommens (BNE) erhöht hatte. Zudem könne die zusätzliche Reduktion gemäss Bundesrat Burkhalter zur Streichung ganzer Projekte in Nordafrika, dem Mittleren Osten und Afghanistan führen. Knapp entschied sich der Ständerat mit 25 zu 19 Stimmen gegen seine Kommission und erhöhte den Sparbetrag bei der Entwicklungshilfe nicht zusätzlich. In der Wintersession 2016 befasste sich der Nationalrat mit diesem Geschäft.

In der Wintersession 2016 folgte die Beratung des Stabilisierungsprogramms 2017-2019 durch den Zweitrat, den Nationalrat. Wie bereits im Ständerat beantragte auch in der grossen Kammer eine Minderheit Meyer (sp, ZH) eine Rückweisung an den Bundesrat, der ebenso abgelehnt wurde wie der Nichteintretensantrag Hadorn (sp, SO). Ebenfalls in Übereinstimmung mit dem Ständerat reduzierte der Nationalrat das Sparvolumen im Vergleich zum Bundesrat, sprach sich aber für deutlich grössere Sparanstrengungen von CHF 658 Mio. (2017), 773 Mio. (2018) und 914 Mio. (2019) aus als der Ständerat. Dabei schuf der Nationalrat mehrere inhaltliche Differenzen zum Ständerat: So befürwortete er die vom Bundesrat vorgeschlagene Kürzung des Bundesanteils an den Krankenkassen-Prämienverbilligungen, welche der Ständerat zuvor abgelehnt hatte. Als Begründung wurde angeführt, dass diese Kürzung erst nach der Änderung des Bundesgesetzes über Ergänzungsleistungen zur Alters-, Hinterlassenen- und Invalidenversicherung (ELG) in Kraft treten und entsprechend erst 2019 wirksam werden solle. Die Änderung des ELG sollten bei Bund und Kantonen zu Entlastungen von rund CHF 150-170 Mio. führen, womit die in den Kantonen durch das Stabilisierungsprogramm anfallenden Mehrkosten kompensiert werden könnten. Erfolglos wies eine Minderheit um Marina Carobbio Guscetti (sp, TI) darauf hin, dass bisher noch unklar sei, wie diese Reform genau aussehen werde und ob sie die Kantone wirklich entlasten könne. Ebenfalls restriktiver als der Ständerat zeigte sich der Nationalrat im Integrationsbereich, in dem er den Sparvorschlägen des Bundesrates folgte, sowie bei der Regionalförderung, bei der er die Einlagen an den Fonds für Regionalentwicklung für die Jahre 2018 und 2019 um zusätzliche CHF 10 Mio. reduzierte. Auch bei den Ausgaben im Eigenbereich, also beim Bundespersonal, sieht die grosse Kammer grösseres Sparpotential als der Bundesrat – hier erhöht sie den vom Bundesrat vorgeschlagenen Sparbetrag um je CHF 100 Mio. für die Jahre 2018 und 2019. Der Ständerat hatte diesen Betrag im Herbst noch leicht reduziert. Bei den übrigen zentralen Diskussionspunkten wie der Landwirtschaft, der Bildung und der Entwicklungshilfe hingegen schloss sich der Nationalrat den Beschlüssen des Ständerates an.
In der ersten Runde des Differenzbereinigungsverfahrens bestätigte der Ständerat auf Anraten seiner FK-SR alle im Herbst gefassten Beschlüsse, Differenzen konnten somit keine abgebaut werden. Diskussionen gab es stattdessen hauptsächlich bezüglich der Schliessung von zivilen Zollstellen. So hatte Finanzminister Maurer im Vorfeld dieser Sitzung auf Anfrage von Nationalrätin Munz (sp, SH) erklärt, dass einzelne Schliessungen von Zollstellen bereits vor der Beratung im Parlament – in der sich sowohl National- als auch Ständerat gegen solche Schliessungen ausgesprochen hatten – vorgenommen, respektive in die Wege geleitet worden seien. Dies hatte zu einem grossen Aufschrei in der Ostschweiz geführt, die besonders stark von diesen Schliessungen betroffen gewesen wäre, und gleich mehrere Ständeräte dazu veranlasst, Bundesrat Maurer zu einer Revision dieses Entscheides aufzufordern. Dieser versicherte in der Folge, auf den Abbau der betroffenen Zollstellen zu verzichten, bei den nächsten Sparforderungen des Parlaments beim Bundespersonal jedoch auf dieses Beispiel zurückkommen zu wollen.
Bezüglich des Stabilisierungsprogramms gibt es folglich in der Frühjahrssession 2017 noch einige Differenzen zu klären – vorgängig hat jedoch auch die FK-NR beantragt, bei allen offenen Positionen an den Beschlüssen des Nationalrats festzuhalten.

In der Frühjahrssession 2017 gab es bezüglich des Stabilisierungsprogramms 2017-2019 noch vier Differenzen zu klären. Eine erste bereinigte der Nationalrat, indem er dem Minderheitsantrag Maire (sp, NE) folgte und auf die zusätzliche Kürzung der Beiträge an die Regionalpolitik um CHF 10 Mio. verzichtete. Maire hatte den Nationalrat zuvor aufgefordert, sich mit den wirtschaftlich weniger privilegierten Regionen solidarisch zu zeigen und diese Beiträge nicht zu kürzen. Die neue Regionalpolitik sei für diese Regionen sehr wichtig, da sie ihnen zum Beispiel erlaube, ihre Industrie mithilfe von Innovationsprojekten zu diversifizieren oder die Attraktivität ihrer Region durch Tourismusprojekte zu steigern. Demgegenüber übte zum Beispiel Albert Vitali (fdp, LU) allgemeine Kritik an der Regionalpolitik, da diese – als Anschubfinanzierung für Projekte gedacht – zunehmend zu deren Dauerfinanzierung verwendet würde. Entsprechend sei eine grundsätzliche Überarbeitung notwendig, welche man über die Finanzen steuern könne. Bundesrat Maurer entgegnete, dass es beim Stabilisierungsprogramm lediglich um die Speisung des Fonds und nicht um die Ausgestaltung der Regionalpolitik gehe. Der Fonds sei zwar gut bestückt und würde eine Reduktion verkraften, da es hier jedoch um einen vergleichsweise geringen Betrag gehe, wäre die geplante zusätzliche Reduktion ein unnötiges negatives Signal an die Randregionen. Mit 96 zu 93 Stimmen bei 3 Enthaltungen pflichtete der Nationalrat der Minderheit Maire knapp bei und lehnte die zusätzliche Reduktion ab.

Eine weitere Differenz bereinigte der Ständerat in der nächsten Runde des Differenzbereinigungsverfahrens. Die FK-SR hatte beantragt, dem Nationalrat bei den Sparanstrengungen im Eigenbereich entgegenzukommen, nachdem noch einmal klar gestellt worden war, dass die Zollstellen in Bargen, Ponte Tresa, Thônex-Vallard, St. Gallen und Buchs erhalten bleiben würden. Zudem hatte der Bundesrat am 22. Februar 2017 seinerseits für den Voranschlag 2018 Einsparungen im Eigenbereich von CHF 150 Mio. beschlossen – bat das Parlament bei dieser Gelegenheit jedoch darum, ihm die Freiheit zu geben, selbst zu entscheiden, wo diese Sparmassnahmen am ehesten möglich sind. Der Ständerat stimmte in der Folge dem Nationalrat in diesem Punkt mit 33 zu 9 Stimmen zu.

Da der Nationalrat in der letzten Sitzung des Differenzbereinigungsverfahrens die verbliebenen zwei Differenzen nicht klären konnte, musste eine Einigungskonferenz einberufen werden. Offen geblieben waren die zwei Differenzen, von denen der Ständerat in den vorangegangenen Beratungen befürchtet hatte, dass sich die Sparanstrengungen des Bundes negativ auf die Kantonsfinanzen auswirken könnten. So wollten Bundesrat und Nationalrat Integrationsbeiträge an die Kantone in der Höhe von CHF 23,3 Mio. streichen, die – so die Befürchtung einer Mehrheit des Ständerats – stattdessen durch die Kantone hätten aufgebracht werden müssen. Bundesrat Maurer betonte im Rahmen der Parlamentsdebatte jedoch, dass es sich dabei weniger um eine Ausgabenreduktion als um eine Ausgabenverschiebung handle. So schaffe der Bundesrat zwar Unterstützungsmassnahmen mit schlechtem Kosten-Nutzen-Verhältnis ab, erarbeite gleichzeitig aber auch neue, effizientere Projekte. Diese zielten insbesondere auf eine bessere Integration der neu angekommenen Asylbewerber durch Sprachkurse und eine Integrationsvorlehre ab. Auch die Reduktion des Bundesbeitrags an die Prämienverbilligung von 7,5 auf 7,3 Prozent sei gemäss Bundesrat Maurer keine Lastenverschiebung hin zu den Kantonen, da der Beitrag erst nach Annahme der Änderung des Ergänzungsleistungsgesetzes reduziert werden würde. Diese Änderung würde es den Kantonen erlauben, die dort eingesparten Gelder für die Prämienverbilligung einzusetzen. Als Kompromiss beschloss die Einigungskonferenz, dem Nationalrat bezüglich der Kürzung der Integrationskosten und dem Ständerat bezüglich den Kürzungen der Beiträge an die Prämienverbilligung zu folgen. Entsprechend werden einige bisherige Integrationsprogramme durch neue, effizientere Programme ersetzt. Gleichzeitig wird bezüglich des Bundesanteils an die Prämienverbilligung das Ergebnis der Ergänzungsleistungsreform abgewartet, in deren Rahmen diese Problematik nochmals besprochen werden soll. Die Einigungskonferenz nahm diesen Vorschlag mit 25 zu 1 Stimme an und die beiden Parlamentskammern folgten ihrem Votum: In der Schlussabstimmung sprachen sich der Ständerat mit 36 zu 8 Stimmen bei 1 Enthaltung und der Nationalrat mit 139 zu 55 Stimmen bei 3 Enthaltungen für die finale Version des Stabilisierungsprogrammes aus.