Ende Mai 2016 überwies der Bundesrat dem Parlament das Stabilisierungsprogramm 2017-2019, das Entlastungen von CHF 800 Mio. bis zu CHF 1 Mrd. jährlich vorsah. Dieses sei nötig geworden, weil sich als Folge der Aufhebung des Euro-Mindestkurses die Einnahmen des Bundes wesentlich langsamer entwickelt hätten als angenommen worden war (Finanzplan 2016-2018). Trotz der bereits zuvor mit dem Voranschlag 2016 verabschiedeten Entlastungsmassnahmen im Umfang von rund CHF 1 Mrd. ging der Bundesrat davon aus, dass das Stabilisierungsprogramm nicht ausreichen werde, um in den kommenden Jahren die Vorgaben der Schuldenbremse einhalten zu können. Als Gründe für das drohende strukturelle Defizit gab der Bundesrat neben den steigenden Ausgaben im Asylbereich unter anderem auch die Reform der Altersvorsorge 2020 und die Unternehmenssteuerreform III an.

In der Herbstsession 2016 behandelte der Ständerat als Erstrat das Stabilisierungsprogramm 2017-2019. Roberto Zanetti (sp, SO) stellte einen Minderheitsantrag auf Rückweisung, der den Auftrag an den Bundesrat beinhaltete, die Berechnung des Konjunkturfaktors an die makroökonomischen Gegebenheiten anzupassen und entsprechend die Handhabung der Schuldenbremse zu überprüfen. Die kleine Kammer lehne diesen Antrag mit 31 zu 13 Stimmen und der Begründung ab, dass die Schuldenbremse nicht in Frage gestellt werden sollte. Bei der Behandlung des Programms reduzierte der Ständerat die Sparanstrengungen des Bundesrates deutlich. Während der Bundesrat Einsparungen von CHF 796 Mio. (2017), CHF 898 Mio. (2018) und CHF 978 Mio. (2019) vorgesehen hatte, verringerte die kleine Kammer diese auf CHF 652 Mio. (2017), 637 Mio. (2018) und 702 Mio. (2019). Insbesondere bezüglich der Landwirtschaft und der Bildung zeigte sich der Ständerat grosszügig: Bei der Landwirtschaft strich er sämtliche Sparmassnahmen bei den Direktzahlungen (CHF 62-69 Mio. jährlich), da die Einkommen der Bauern – wie Peter Hegglin (cvp, ZG) argumentierte – bereits sehr tief wären und sich Letztere gerade erst auf die neuen Zielsetzungen, Grundlagen und Rahmenbedingungen der Agrarpolitik 2014-2017 eingestellt hätten. Unverändert beliess der Ständerat die Vorlage des Bundesrates bezüglich der Investitionskredite und der landwirtschaftlichen Strukturverbesserungen. Bei den Bildungsausgaben reduzierte er den vom Bundesrat vorgeschlagenen Sparbetrag um CHF 74-108 Mio. und folgte damit dem Antrag Noser (fdp, ZH) als Sprecher der WBK-SR. Als Kantonsvertreter verzichtete der Ständerat zudem gegen den Willen des Bundesrates darauf, die Integrationsbeiträge an die Kantone sowie die Bundesanteile an den Krankenkassenprämien-Verbilligungen zu reduzieren, da dies zu einer Mehrbelastung der Kantone geführt hätte. Zusätzlich zu den vom Bundesrat vorgeschlagenen Sparanstrengungen wollte die FK-SR hingegen bei der Entwicklungshilfe sparen. Als Befürworter dieser zusätzlichen Reduktion um weitere CHF 100 Mio. argumentierte zum Beispiel Philipp Müller (fdp, AG), dass die diesbezüglichen Ausgaben in den letzten Jahren stetig angestiegen seien, ihre Wirkung hingegen fraglich sei. Werner Hösli (svp, GL) ergänzte, dass die bisherigen Zahlungen offensichtlich die steigenden Asylkosten nicht hatten verhindern können. Christian Levrat (sp, FR) rief dementgegen in Erinnerung, dass das Parlament die APD-Quote – also den prozentualen Anteil der öffentlichen Entwicklungshilfe am Bruttonationaleinkommen – im Februar 2011 auf 0,5 Prozent des Bruttonationaleinkommens (BNE) erhöht hatte. Zudem könne die zusätzliche Reduktion gemäss Bundesrat Burkhalter zur Streichung ganzer Projekte in Nordafrika, dem Mittleren Osten und Afghanistan führen. Knapp entschied sich der Ständerat mit 25 zu 19 Stimmen gegen seine Kommission und erhöhte den Sparbetrag bei der Entwicklungshilfe nicht zusätzlich. In der Wintersession 2016 befasste sich der Nationalrat mit diesem Geschäft.

In der Wintersession 2016 folgte die Beratung des Stabilisierungsprogramms 2017-2019 durch den Zweitrat, den Nationalrat. Wie bereits im Ständerat beantragte auch in der grossen Kammer eine Minderheit Meyer (sp, ZH) eine Rückweisung an den Bundesrat, der ebenso abgelehnt wurde wie der Nichteintretensantrag Hadorn (sp, SO). Ebenfalls in Übereinstimmung mit dem Ständerat reduzierte der Nationalrat das Sparvolumen im Vergleich zum Bundesrat, sprach sich aber für deutlich grössere Sparanstrengungen von CHF 658 Mio. (2017), 773 Mio. (2018) und 914 Mio. (2019) aus als der Ständerat. Dabei schuf der Nationalrat mehrere inhaltliche Differenzen zum Ständerat: So befürwortete er die vom Bundesrat vorgeschlagene Kürzung des Bundesanteils an den Krankenkassen-Prämienverbilligungen, welche der Ständerat zuvor abgelehnt hatte. Als Begründung wurde angeführt, dass diese Kürzung erst nach der Änderung des Bundesgesetzes über Ergänzungsleistungen zur Alters-, Hinterlassenen- und Invalidenversicherung (ELG) in Kraft treten und entsprechend erst 2019 wirksam werden solle. Die Änderung des ELG sollten bei Bund und Kantonen zu Entlastungen von rund CHF 150-170 Mio. führen, womit die in den Kantonen durch das Stabilisierungsprogramm anfallenden Mehrkosten kompensiert werden könnten. Erfolglos wies eine Minderheit um Marina Carobbio Guscetti (sp, TI) darauf hin, dass bisher noch unklar sei, wie diese Reform genau aussehen werde und ob sie die Kantone wirklich entlasten könne. Ebenfalls restriktiver als der Ständerat zeigte sich der Nationalrat im Integrationsbereich, in dem er den Sparvorschlägen des Bundesrates folgte, sowie bei der Regionalförderung, bei der er die Einlagen an den Fonds für Regionalentwicklung für die Jahre 2018 und 2019 um zusätzliche CHF 10 Mio. reduzierte. Auch bei den Ausgaben im Eigenbereich, also beim Bundespersonal, sieht die grosse Kammer grösseres Sparpotential als der Bundesrat – hier erhöht sie den vom Bundesrat vorgeschlagenen Sparbetrag um je CHF 100 Mio. für die Jahre 2018 und 2019. Der Ständerat hatte diesen Betrag im Herbst noch leicht reduziert. Bei den übrigen zentralen Diskussionspunkten wie der Landwirtschaft, der Bildung und der Entwicklungshilfe hingegen schloss sich der Nationalrat den Beschlüssen des Ständerates an.
In der ersten Runde des Differenzbereinigungsverfahrens bestätigte der Ständerat auf Anraten seiner FK-SR alle im Herbst gefassten Beschlüsse, Differenzen konnten somit keine abgebaut werden. Diskussionen gab es stattdessen hauptsächlich bezüglich der Schliessung von zivilen Zollstellen. So hatte Finanzminister Maurer im Vorfeld dieser Sitzung auf Anfrage von Nationalrätin Munz (sp, SH) erklärt, dass einzelne Schliessungen von Zollstellen bereits vor der Beratung im Parlament – in der sich sowohl National- als auch Ständerat gegen solche Schliessungen ausgesprochen hatten – vorgenommen, respektive in die Wege geleitet worden seien. Dies hatte zu einem grossen Aufschrei in der Ostschweiz geführt, die besonders stark von diesen Schliessungen betroffen gewesen wäre, und gleich mehrere Ständeräte dazu veranlasst, Bundesrat Maurer zu einer Revision dieses Entscheides aufzufordern. Dieser versicherte in der Folge, auf den Abbau der betroffenen Zollstellen zu verzichten, bei den nächsten Sparforderungen des Parlaments beim Bundespersonal jedoch auf dieses Beispiel zurückkommen zu wollen.
Bezüglich des Stabilisierungsprogramms gibt es folglich in der Frühjahrssession 2017 noch einige Differenzen zu klären – vorgängig hat jedoch auch die FK-NR beantragt, bei allen offenen Positionen an den Beschlüssen des Nationalrats festzuhalten.