Die Grüne Fraktion forderte mit einer im Juni 2017 eingereichten parlamentarischen Initiative die Einsetzung einer PUK für die Aufklärung der Spionageaffäre um Daniel M. Die PUK sollte die Rollen von mutmasslich in den Fall involvierten Akteuren und Institutionen (Nachrichtendienst, Bundesrat, Bundeskriminalpolizei/Fedpol, Bundesanwaltschaft, GPDel) gründlich durchleuchten. Im Mai 2017 hatte die GPDel angekündigt, den Fall «Daniel M.» im Rahmen einer Inspektion vertiefter zu untersuchen. Die Grüne Fraktion war jedoch der Meinung, die GPDel könne eine Aufklärung der Affäre nicht mehr glaubwürdig vornehmen, nachdem einzelne Mitglieder der GPDel sich öffentlich mit widersprüchlichen Angaben zur Affäre positioniert hätten und nachdem gemäss verschiedenen Medienquellen die GPDel den Einsatz von Daniel M. selber gutgeheissen habe. Stattdessen müsse die GPDel selbst kritisch untersucht werden, forderten die Initianten.
Das Büro des Nationalrates sprach im Rahmen der Prüfung der Initiative mit dem Präsidenten der GPDel, Ständerat Alex Kuprecht (svp, SZ). Dieser habe laut dem Büro glaubhaft aufzeigen können, dass die GPDel sowohl über den notwendigen Sachverstand als auch die Kompetenzen verfüge, um die Untersuchung zügig und seriös zu führen. Der im März 2018 veröffentlichte Bericht der GPDel bestätigte diesen Eindruck in den Augen des Büros und es empfahl deshalb die Ablehnung der parlamentarischen Initiative. Auch der Fraktionspräsident der Grünen, Balthasar Glättli (ZH), zeigte sich zufrieden ob der Arbeit der GPDel, die entgegen der Befürchtungen der Grünen sehr gute Arbeit geleistet habe. Die Grünen zogen ihre Initiative daraufhin im Sommer 2018 zurück.