Im Dezember 2019 forderte die SVP-Fraktion als Reaktion auf den Nachtragskredit IIa zum Voranschlag 2019 in einer parlamentarischen Initiative die Einsetzung einer parlamentarischen Untersuchungskommission (PUK) im Zusammenhang mit den Hochseeschifffahrt-Bürgschaften. Im Zentrum der Untersuchung der PUK solle die Kontrolle und Führung der Hochseeschifffahrt durch den Bundesrat sowie durch die Verwaltung, insbesondere durch das BWL und das SSA, seit 2002 sowie die Rolle der Geldinstitute und Revisionsgesellschaften stehen. Die Bürgschaften hätten für den Bund bereits Kosten in der Höhe von CHF 200 Mio. mit sich gebracht und es seien noch weitere Bürgschaften über CHF 500 Mio. offen, die ebenfalls noch gezogen werden könnten.
Im Juni 2020 veröffentlichte die GPK einstimmig einen Mitbericht zur Forderung der SVP-Fraktion, in dem sie die Einsetzung einer PUK als nicht gerechtfertigt ablehnte, da die genannten Punkte aktuell durch GPK, FinDel und andere Organe untersucht werden oder bereits untersucht worden seien. Eine PUK bringe daher keinen Mehrwert, aber hohe Kosten und grossen administrativen Aufwand.

Im Februar 2021 veröffentlichte das Büro-NR das Ergebnis seiner Vorprüfung der parlamentarischen Initiative der SVP-Fraktion, mit der diese die Einsetzung einer parlamentarischen Untersuchungskommission (PUK) in Zusammenhang mit den Hochseeschifffahrt-Bürgschaften gefordert hatte. Mit 7 zu 5 Stimmen beantragte es, der Initiative keine Folge zu geben, zumal die in der Initiative aufgeworfenen Fragen bereits mithilfe verschiedener Untersuchungen hätten geklärt werden können. Dies sah eine Kommissionsminderheit anders, insbesondere die Handlungen vor 2009 seien noch ungenügend untersucht worden. Dennoch sprach sich der Nationalrat in der Frühjahrssession 2021 mit 110 zu 77 Stimmen (bei 3 Enthaltungen) gegen Folgegeben aus. Die befürwortenden Stimmen stammten von der SVP- und der Mehrheit der Grünen-Fraktion.