Le Conseil fédéral a entériné les plans de restructuration d'Agroscope, avec, toutefois, des modifications substantielles en comparaison aux premières propositions émises par les autorités. Alors qu'il était initialement prévu de centraliser l'entier du centre de recherche agricole à Posieux, dans le canton de Fribourg, les nombreuses interventions déposées au Parlement ainsi que les véhémences exprimées par les cantons concernés ont finalement dissuadé le Conseil fédéral d'abandonner le fonctionnement décentralisé qui prévaut actuellement.
Posieux sera la colonne vertébrale du nouveau fonctionnement, alors que deux centres régionaux – à Changins (Vaud) et à Reckenholz (Zurich) – ainsi que plusieurs stations d'essai décentralisées – dont huit seront nouvellement créées – compléteront le réseau. Ces dernières permettront de poursuivre la recherche appliquée à des contextes locaux. Le Conseil fédéral veut ainsi réduire les coûts liés aux infrastructures et à l'exploitation des sites actuels, afin de pouvoir utiliser cet argent pour la recherche. A terme, 25 à 30 emplois liés au infrastructures seront supprimés.
Malgré tout, quelques critiques ont émergé dans les médias, les autorités n'ayant pas prévu de réaffecter l'ensemble des gains d'efficacité à la recherche agricole, préférant en économiser une partie. L'USP a déploré cette décision, estimant que l'argent dégagé devrait être pleinement réinvesti dans la recherche agricole afin de préparer au mieux l'agriculture aux défis qui l'attendent (réchauffement climatique, etc.). De plus, une partie des emplois actuellement situés en Suisse orientale seront relocalisés en Romandie, certains redoutant donc une perte de «Know how», à l'instar de la conseillère nationale saint-galloise Barbara Gysi (PS) et du conseiller d'Etat thurgovien Walter Schönholzer (TG, plr).