Die Geschäftsprüfungskommissionen beider Räte (GPK-NR und GPK-SR) üben die parlamentarische Oberaufsicht über den Bundesrat, die Bundesverwaltung und die Bundesgerichte aus. Über die Aktivitäten (Inspektionen, Evaluationen, Prüfung von Geschäftsberichten, Behandeln von Aufsichtseingaben) des ablaufenden Jahres berichteten die GPK sowie die GPDel im Jahresbericht 2020. Seit 2017 verfolgen die GPK die Massnahmen im Rahmen der Hochseeschifffahrts-Bürgschaften, die dem Bund hohe Verluste beschert hatte. Auch das elektronische Patientendossier bzw. die Verzögerungen bei dessen Einführung stand im Fokus der Aufsichtsbehörden. Nicht nur aufgrund der Covid-19-Krise beschäftigten sich die GPK mit dem Problem des Impfstoffmangels. Insbesondere bei Säuglingsimpfstoffen bestehe die Gefahr von problematischen Lieferengpässen. Der Frage nach der Transparenz von Gesetzesrevisionen gingen die Kommissionen am Beispiel der Transplantationsverordnung nach. Geschlossen wurde hingegen das Dossier zur Vergabepraxis im BAG, die aufgrund eines Auftrags an die «Schweizerische Koordinations- und Fachstelle Sucht» in die Kritik geraten war. Keine Massnahmen ergriff die GPK nach ihrer Anhörung des Swiss Investment Fund for Emerging Marklets (SIFEM) im Juni, eine sich im Besitz des Bundes befindende Aktiengesellschaft, die die Entwicklungsfinanzierung des Bundes regelt. Auch der Dienststellenbesuch beim Institut für geistiges Eigentum verlief zur Zufriedenheit der Aufsichtskommissionen. Die 2018 aufgedeckten Schwächen der Strategie des Integrated Border Managements (IBM), mit dem die Zusammenarbeit zwischen Bund und Kantonen gegen grenzüberschreitende Kriminalität koordiniert werden soll, seien laut Bericht mit der neu entwickelten Strategie behoben worden und auch das Thema «Internationale Rechtshilfe» konnte vorläufig abgeschlossen werden – hier waren 2017 knappe Ressourcen im Direktionsbereich als Problem ausgemacht worden. Die Massnahmen des SEM gegen Gewalt gegen Frauen in Bundesasylzentren wurden von den GPK als genügend eingestuft. Man werde deren Umsetzung zu gegebener Zeit überprüfen. Auch die 2019 von der GPK geforderten Massnahmen, welche die BK gegen «Fehler in Abstimmungsbüchlein» unternommen hätten, wurden im Bericht begrüsst.
2020 nahmen sich die GPK zudem dem Problem von Sponsoringaktivitäten durch die öffentliche Verwaltung an. Insbesondere im VBS sollen Leitlinien für aktives Sponsoring (Verwaltungseinheiten als Sponsor) wie für passives Sponsoring (Verwaltungseinheit ist Sponsoringnehmer) erarbeitet werden. Im Bericht Erwähnung fanden auch die internen Probleme am Bundesstrafgericht bzw. der Bericht der bundesgerichtlichen Aufsichtskommission über diese Probleme. Die GPK will die Vorkommnisse weiterverfolgen. Damit einher geht auch die nach wie vor sehr schleppenden Planung und der Aufbau einer Berufungskammer am Gericht in Bellinzona und die Frage, wie der weiterhin bestehende Handlungsbedarf nach dem Scheitern der Bundesgerichtsgesetzesrevision rasch befriedigt werden könnte. Im Fokus standen auch 2020 weiterhin die Cybersicherheit bzw. die Organisation des nationalen Zentrums für Cybersicherheit (NCSC) sowie die Gefahreneinschätzung belasteter Standorte (Mitholz). Drei Arbeitsbereiche der GPK betrafen Verkehr und Infrastruktur: Abgeschlossen wurde das Dossier zur Frage der Zustelltarife für abonnierte Zeitungen und Zeitschriften, über die sich die Post und mehrere Verlegerverbände streiten und für die das BAKOM eine Lösung finden sollte. Eine Begleitung durch die GPK benötigt hingegen weiterhin das nach wie vor nicht gelöste Problem der Doppelstockzüge der SBB von Bombardier sowie die Störungen im Swisscom-Netz. Nach wie vor auf dem Radar der GPK bleiben auch die «Postauto-Affäre» und das Aufsichtsverhältnis zwischen der AB-BA und der Bundesanwaltschaft.
Ein eigenes Berichtskapitel war der «Inspektion Covid-19-Pandemie» gewidmet. Die GPK hatten im Mai 2020 beschlossen, die Massnahmen des Bundesrats zur Bewältigung der Pandemie zu untersuchen. Im Fokus standen die Organisation des EDI und des BAG bei der Krisenbewältigung; konkret die Zusammenarbeit mit den Kantonen, die internationale Zusammenarbeit, die wissenschaftlichen Informationsgrundlagen des BAG, das Management des medizinischen Materials, die Angemessenheit des Epidemiengesetzes und die Massnahmen im Bereich der Sozialversicherungen. Aber auch die Covid-19-bedingten Massnahmen im öffentlichen Verkehr und den bundesnahen Unternehmen und deren Auswirkungen auf das Bundespersonal und auf den Grenzverkehr wurden genauer untersucht. Auch für die Organisation der Covid-19-Kredite und der Kurzarbeitsentschädigung, für die Zweckmässigkeit der wirtschaftlichen Landesversorgung oder für die Informationsbeschaffung durch das EDA-Aussennetz wurden Untersuchungen eingeleitet. Die Mobilmachung der Armee, die Rolle der Armeeapotheke, die Grenzschliessungen und die Rechtmässigkeit der Anwendung von Notrecht wurden von der GPK ebenso als untersuchungswürdig erachtet wie das Krisenmanagement des Bundesrats. Die Covid-Krise dürfte also durch die GPK in ziemlich umfassender Weise aufgearbeitet werden. Erste Berichte seien für 2021 zu erwarten.

Im Bericht wurden auch die Tätigkeiten der GPDel aufgeführt, welche die Oberaufsicht der Bundesaktivitäten im Bereich «Nachrichtendienst» inne hat. Im Fokus standen hier insbesondere die Crypto-AG, aber auch verschiedene Steuerungsinstrumente. Im Berichtsanhang wurden zudem die Aktivitäten der PVK, dem «Evaluationsdienst der Bundesversammlung» aufgeführt. 2020 wurden Evaluationen zum Expertenbeizug in der Bundesverwaltung (Kurzevaluation mit der Nachkontrolle einer 2007 veröffentlichten Evaluation) sowie zur Geschäftsverteilung bei den eidgenössischen Gerichten verfasst, die nun bei den GPK diskutiert werden. Noch laufend waren Evaluationen zum Controlling von Offset-Geschäften (Kompensationsgeschäfte bei Rüstungsgütern; z.B. beim Kauf neuer Kampfflugzeuge), zum Grundwasserschutz in der Schweiz und zur Mitwirkung des Parlaments im Bereich von Soft-Law.