Einen ersten Corona-bedingten ausserordentlichen Nachtrag Ia zum Voranschlag 2021 reichte der Bundesrat im Februar 2021 ein. Dieser beinhaltete acht Nachtragskredite in der Höhe von CHF 14.3 Mrd. und diente der Finanzierung weiterer Massnahmen zur Bewältigung der Corona-Pandemie. Zwar hatte das Parlament im Voranschlag 2021 bereits Ausgaben in der Höhe von CHF 6.6 Mrd. zur Bewältigung der Pandemie gutgeheissen, wegen der neuen Schliessungen seit Mitte Dezember 2020 seien aber «weitere wirtschaftliche Abfederungsmassnahmen» nötig, erklärte der Bundesrat. Den Grossteil dieser Nachtragskredite machten die Erhöhung des Bundesbeitrags für die kantonalen Härtefallmassnahmen (CHF 6.3 Mrd.) sowie der Beitrag an die Arbeitslosenversicherung zur Deckung der Kurzarbeitsentschädigungen im Jahr 2021 (CHF 6.0 Mrd.) aus. Bei den Härtefallmassnahmen sei zwar der vom Parlament im Dezember 2020 gutgeheissene Bundesanteil von CHF 1.9 Mrd. bereits im Voranschlag 2021 erfasst, dieser solle aber auf CHF 8.2 Mrd. erhöht werden – die Differenz müsse entsprechend per Nachtragskredit genehmigt werden. Zudem hatte der Bundesrat bezüglich der Arbeitslosenversicherung entschieden, die Corona-bedingten Mehrausgaben für die Kurzarbeitsentschädigungen auch im Jahr 2021 zu übernehmen und entsprechend von der ordentlichen ALV-Finanzierung auszunehmen. Knapp je eine Milliarde Franken veranschlagte der Bundesrat auch für die Beschaffung von Corona-Tests (CHF 990 Mrd.), deren Kosten er basierend auf der Verordnung 3 übernehmen werde, sowie für die Kosten des Corona-Erwerbsersatzes (CHF 940 Mio.), deren Vergabevoraussetzungen das Parlament im Dezember 2020 weiter gelockert hatte. Darüber hinaus beantragte der Bundesrat einen Verpflichtungskredit über CHF 500 Mio. für die Beschaffung von Covid-19-Impfstoffen. Der überwiegende Teil dieses Nachtrags Ia (CHF 13.2 Mrd.) solle ausserordentlich verbucht werden, beantragte der Bundesrat. Einzig die Testkosten und weitere kleine Beträge sollen im ordentlichen Budget untergebracht werden.

In der Frühjahrssession 2021 setzten sich National- und Ständerat mit dem Nachtrag Ia zum Voranschlag 2021 auseinander.
Der Ständerat machte den Anfang, wobei Kommissionssprecher Hegglin (cvp, ZG) die Grundzüge der Vorlage noch einmal skizzierte: In acht Nachtragskrediten gehe es um CHF 14.3 Mrd. – eine Grössenordnung, die für das Parlament in der Zwischenzeit an der Tagesordnung war – «für weitere Massnahmen zur Bewältigung der Pandemie». Damit erhöhten sich die Corona-bedingten Ausgaben des Bundes für das Jahr 2021 auf CHF 20.9 Mrd. Die FK-SR hatte zuvor alle bundesrätlichen Anträge gutgeheissen, beantragte aber mit 6 zu 5 Stimmen bei 1 Enthaltung eine Aufstockung der Covid-Finanzhilfen um CHF 50 Mio., mit denen das Stabilisierungspaket für Sportvereine im Hinblick auf Finanzbedarf des Nachwuchs- und Breitensports unterstützt werden sollte. Stillschweigend nahm der Ständerat diesen Antrag an.
Hannes Germann (svp, SH) beantragte überdies in einem Einzelantrag, den Betrag für die Härtefallhilfe um CHF 600 Mio. aufzustocken, zumal der Ständerat in seiner Beratung der Revision des Covid-19-Gesetzes, die direkt vor der Beratung des Nachtrags angestanden hatte, entschieden hatte, dass der Bund 80 Prozent der Kosten der Härtefallhilfen – anstelle der vom Bundesrat vorgeschlagenen 70 Prozent – übernehmen soll. Mit 34 zu 1 Stimme und in Übereinstimmung mit seinem vorgängigen Entscheid zum Covid-19-Gesetz nahm der Ständerat den Antrag Germann deutlich an. Mit 38 zu 0 Stimmen hiess er in der Folge den Entwurf auch in der Gesamtabstimmung gut.

Wesentlich ausführlicher war die Beratung des Geschäfts im Nationalrat – hier lagen drei Minderheitsanträge von Mitgliedern der SVP vor. Eine Minderheit Lars Guggisberg (svp, BE) wehrte sich gegen die Aufstockung des Globalbudgets des BAG. Diese Aufstockung war gemäss Kommissionssprecherin Barbara Gysi (sp, SG) nötig geworden, weil das BAG neben der Alltagsarbeit viel Zusatzarbeit zur Bewältigung der Pandemie leisten müsse. Guggisberg verwies hingegen auf die bereits erfolgte Aufstockung des Globalbudgets im Rahmen des Voranschlags 2021, erachtete eine höhere Aufstockung aber insbesondere aufgrund der vermeintlichen Fehler des Bundesamtes als verfrüht. Zu den Fehlern zählte er unter anderem die einseitige Fokussierung auf und die Dramatisierung von Covid-19, die fehlende Lieferung von Zahlen zu negativen Auswirkungen der Lockdown-Massnahmen, die geänderte Einstellung des BAG gegenüber Masken, die zu späte Beschaffung von Impfstoffen oder die zu langsame Zulassung von Schnelltests. Zuerst müssten grundlegende Verbesserungen in Organisation und Abläufen vorgenommen werden, bevor mehr Geld gesprochen werden könne. Mit 130 zu 51 Stimmen – Letztere stammten allesamt von der geschlossen stimmenden SVP-Fraktion – folgte der Nationalrat hingegen der Kommissionsmehrheit. Auch die zweite Minderheit Guggisberg, die den Nachtragskredit für das BFS streichen wollte, fand über die SVP hinaus keine Zustimmung. Auch das BFS machte unter anderem zusätzliche Corona-bedingte Arbeiten geltend, insbesondere die wöchentliche Aktualisierung verschiedener Gesundheitsstatistiken.
Zur Begründung seiner Minderheit, die einen Verzicht auf die Aufstockung des Kredits für die Sportvereine forderte, wies Manuel Strupler (svp, TG) zwar auf die Relevanz von Sportvereinen – insbesondere für das Sozialleben – hin, bezweifelte aber deren finanzielle Probleme. Ohne Spielbetrieb entfielen auch die meisten Kosten bei ehrenamtlich geführten Vereinen, zudem erhielten die Vereine weiterhin Mitgliederbeiträge und Unterstützungsbeiträge etwa durch J+S. Was die Vereine hingegen deutlich stärker belaste, seien die «vielen Einschränkungen und Verbote bei den Trainings- und Vereinsaktivitäten», die gestrichen werden müssten. Auch Finanzminister Maurer erachtete den vom Bundesrat vorgeschlagenen Betrag als ausreichend. Das BASPO habe aber aufgezeigt, dass es dieses Jahr mehr als die geplanten Mittel benötigen werde, verteidigte Gysi die Position der Kommissionsmehrheit. Mit 121 zu 54 Stimmen folgte der Nationalrat auch in dieser Frage der Mehrheit der FK-NR und somit auch dem Ständerat. Neben der Mehrheit der Mitglieder der SVP-Fraktion lehnten auch 6 Mitglieder der Grünen die Erhöhung ab. In der Gesamtabstimmung fand der Entwurf einzig bei einer Mehrheit der SVP-Fraktion keine Zustimmung, der Entwurf wurde mit 138 zu 41 (bei 3 Enthaltungen) angenommen.

Der Ständerat benötigte in der Folge kaum noch Zeit für die verbliebene Differenz, nämlich die von Hannes Germann eingebrachte Aufstockung des Betrags für die Härtefallhilfen um CHF 600 Mio. Wie Kommissionssprecher Hegglin erklärte, hatte der Nationalrat die Erhöhung des Bundesanteils an den Härtefallhilfen auf 80 Prozent abgelehnt, entsprechend empfahl die FK-SR, auch auf die Aufstockung im Rahmen des Nachtrags zu verzichten. Stillschweigend stimmte der Ständerat diesem Antrag zu und bereinigte damit den Nachtrag Ia zum Voranschlag 2021.

Am 31. März 2021 folgte der erste ordentliche Nachtrag I zum Voranschlag 2021, der elf Nachtragskredite in der Höhe von CHF 2.6 Mrd. beinhaltete. Der Grossteil davon, CHF 2.4 Mrd., sollten für die Finanzierung der Corona-Tests verwendet werden. Von diesem Betrag war die Hälfte bereits als ordentlicher Kredit verbucht worden, der Bundesrat hatte sich nun aber nachträglich entschieden, diese Hälfte zusammen mit den neu anfallenden Kosten von CHF 1.2 Mrd zur Ausweitung der Teststrategie gemeinsam als ausserordentliche Kredite zu behandeln. Hinzu kamen weitere Corona-bedingte Beträge in der Höhe von CHF 64 Mio. zur Unterstützung der Kantone beim Aufbau der Infrastruktur für die wiederholte Testung der Bevölkerung sowie für den touristischen Verkehr (CHF 25 Mio.) und für Zivilschutz-Einsätze (CHF 9 Mio.).
In deutlich geringerer Kostenhöhe fielen auch Nachträge ohne Corona-Bezug an, etwa beim Schweizer Beitrag an die Budgeterhöhung der europäischen Satellitennavigationsprogramme Galileo und EGNOS (GNSS-Programme; CHF 5.6 Mio.), beim aufgrund der Anpassung der Datengrundlage erhöhten Budgetbedarf beim Ressourcenausgleich zwischen Bund und Kantonen (CHF 5.2 Mio.), bei einem weiteren Verlust aus den Solidarbürgschaften für die Hochseeschifffahrt (CHF 3.0 Mio.), beim schneller als geplant voranschreitenden Programm DaziT (CHF 17 Mio.) sowie bei den neuen Finanzhilfen für familienergänzende Kinderbetreuung. Letztere erfreuten sich einer hohen Nachfrage, weshalb der Bundesrat hier eine Erhöhung des Verpflichtungskredits um CHF 80 Mio. beantragte.
Zudem kündigte der Bundesrat bereits einen neuen ausserordentlichen Nachtrag an, mit dem er die Unterstützung für Veranstalter von Publikumsanlässen mit überkantonaler Bedeutung, die das Parlament in der Frühjahrssession 2021 angenommen hatte, finanzieren wollte.

Ende April 2021 veröffentlichte der Bundesrat zwei Nachmeldungen zum ordentlichen Nachtrag I zum Voranschlag 2021 über CHF 614 Mio., die er für die globale Initiative «Access to Covid-19 Tools Accelerator», mit der die Forschung zur Bekämpfung von Covid-19 finanziert werden soll (CHF 226 Mio.), für die Beschaffung von Arzneimitteln gegen Covid-19 (CHF 100 Mio.) sowie für Investitionen in deren Herstellung und Entwicklung (CHF 50 Mio.), für die Deckung des finanziellen Mehraufwands für Massnahmen im Kulturbereich (CHF 148 Mio.) und für den angekündigten Schutzschirm für die Eventbranche (CHF 90 Mio.) einsetzen wollte.
CHF 90 Mio. davon genehmigte die FinDel kurz darauf auf Antrag des Bundesrates dringlich als Vorschuss, wobei CHF 60 Mio. für die Arzneimittelbeschaffung und CHF 30 Mio. für die Arzneimittelherstellung gedacht waren. Die Kompetenz zu Letzterem hatte das Parlament dem Bundesrat im Rahmen der zweiten Revision des Covid-19-Gesetzes zugesprochen.

In der Sommersession 2021 setzten sich Ständerat und Nationalrat mit dem ordentlichen Nachtrag I zum Voranschlag 2021 sowie mit den Nachmeldungen auseinander. Kurz zuvor, Mitte Mai 2021, hatte der Bundesrat eine weitere Nachmeldung eingereicht, mit der er CHF 600 Mio. zur Erhöhung des Verpflichtungskredits zur Beschaffung von Sanitätsmaterial verlangte. Damit wollte er sich «Handlungsspielraum zum Kauf von Impfstoff[en]» schaffen, wie Kommissionssprecher Hegglin (mitte, ZG) im Rahmen der Ständeratsdebatte erklärte. Hegglin störte sich jedoch an dem Vorgehen des Bundesrates, der Kommission auch weiterhin «immer noch fast über Nacht Anträge» zu unterbreiten. Im Krisenjahr 2020 sei dies verständlich gewesen, jetzt solle man aber «wieder zum ordentlichen Verfahren zurückkehren». Mit den beantragten Nachtragskrediten würden sich die für das Jahr 2021 bewilligten Mittel zur Bekämpfung der Covid-19-Pandemie auf CHF 24.6 Mrd. belaufen – also um CHF 3.2 Mrd. zunehmen. Dennoch sprach sich die FK-SR einstimmig für die entsprechenden Bundesbeschlüsse aus, verlangte aber vom Bundesrat einen haushälterischen Umgang mit den Finanzmitteln. Stillschweigend hiess der Ständerat sämtliche Ausgaben gut und nahm den Entwurf einstimmig (mit 43 zu 0 Stimmen) an.

Deutlich grössere Diskussionen folgten hingegen im Nationalrat, in dem auch mehrere Minderheitsanträge vorlagen. Eine Aufstockung der Kredite forderte lediglich eine Minderheit Friedl (sp, SG), die den Schweizer Beitrag an die globale Initiative «Access to Covid-19 Tools Accelerator» um CHF 600 Mio. auf CHF 826 Mio. erhöhen wollte. Claudia Friedl verwies auf die Bedrohung durch Virusmutationen, wie sie vor allem an menschenreichen Orten mit ungenügenden sanitären Anlagen und fehlenden Abständen entstünden. Darum setze ein erfolgreicher Kampf gegen Covid-19 die Unterstützung der ärmeren Staaten voraus, getreu dem Motto der WHO: «Niemand ist sicher, bis alle sicher sind.» Lars Guggisberg (svp, BE) sprach sich gegen eine Erhöhung des Kredits aus und beantragte zugleich, den vom Bundesrat verlangten Kredit im Budget des EDA zu kompensieren. So nähmen die Ausgaben bei der internationalen Zusammenarbeit jährlich deutlich zu, insbesondere auch Corona-bedingt, etwa bei der humanitären Hilfe. Der Nationalrat lehnte beide Minderheitsanträge ab.
Besonders umstritten war im Nationalrat die Frage der Covid-19-Tests. Einerseits lehnte eine weitere Minderheit Guggisberg die Anschubfinanzierung an die Kantone für eine repetitive Testung ab und wollte den entsprechenden Kredit über CHF 64 Mio. streichen. Guggisberg wehrte sich jedoch nicht gegen die repetitive Testung an sich, sondern dagegen, dass der Bund, der bisher bereits 90 Prozent der Covid-19-Sonderausgaben trage, die Kantone auch in diesem Bereich noch zusätzlich unterstütze. So hätten zahlreiche Kantone – anders als der Bund – im Jahr 2020 Ertragsüberschüsse verzeichnet und sollten nun die entsprechenden Kosten selbst tragen. Andererseits beantragte eine Minderheit Nicolet (svp, VD), den Kredit für die Bundesfinanzierung der Covid-19-Tests von CHF 2.4 Mrd. um CHF 112 Mio. zu reduzieren und dabei auf die Finanzierung der Selbsttests zu verzichten, da diese zu wenig zuverlässig seien. Auch diese beiden Minderheitsanträge fanden keine Mehrheit im Rat.
Zudem wollte eine Minderheit Sollberger (svp, BL) auf die Erhöhung des Verpflichtungskredits zur Beschaffung von Sanitätsmaterial und Impfstoffen über CHF 600 Mio., wie sie der Bundesrat in der dritten Nachmeldung beantragt hatte, verzichten. Es seien bereits 20 Mio. Impfdosen bestellt, das genüge für die Grundimmunisierung der Schweizer Bevölkerung. Folglich brauche es keinen Kredit für zusätzliche 15 Mio. Impfdosen, insbesondere da dieser Kredit in kürzester Zeit ohne seriöse Abklärungen gesprochen worden sei. Man müsse später diskutieren, wer für die Kosten der Auffrischimpfungen aufkommen solle. Auch in dieser Frage folgte der Nationalrat jedoch seiner Kommissionsmehrheit und damit dem Bundesrat.
Schliesslich legte Martina Munz (sp, SH) noch einen Minderheitsantrag ohne Corona-Bezug vor: Sie beantragte, den Finanzierungsbeitrag von CHF 5 Mio. für die Renovierung der Kaserne der Schweizer Garde an Auflagen zur Nachhaltigkeit und zur Nutzung von erneuerbaren Energien zu knüpfen. So könne als Rechtsgrundlage für diese Finanzierung nur mit viel Goodwill eine Verbindung zur Bundesverfassung gezogen werden, wie zahlreiche Sprechende kritisierten. Wenn der Kredit aber schon gesprochen werde, um die positive Wahrnehmung der Schweiz zu fördern, solle dabei vor allem die Nachhaltigkeit des Projekts unterstrichen werden. Auch diesen Minderheitsantrag lehnte die grosse Kammer jedoch ab und beliess dies Vorlage damit unverändert. Nach dem Ständerat hiess schliesslich auch der Nationalrat den Bundesbeschluss über den Nachtrag I zum Voranschlag 2021 mit 146 zu 44 Stimmen (bei 3 Enthaltungen) gegen den Willen der Mehrheit der SVP-Fraktion gut.