Le Conseil fédéral a présenté son message quant à la modification de la loi sur le génie génétique, ayant pour but de prolonger le moratoire sur les OGM jusqu'à fin 2025. Depuis 2005 et l'acceptation de l'initiative demandant la mise en place d'un moratoire sur ces organismes, le Parlement a renouvelé par trois fois l'interdiction limitée dans le temps de la mise en circulation d'organismes génétiquement modifiés. Le Conseil fédéral estime qu'aucun consensus politique sur la question n'existe pour l'heure, légitimant ainsi la poursuite du statut quo. Ce laps de temps permettra aux autorités d'éclaircir certaines questions, notamment par le biais du rapport demandé par Isabelle Chevalley (pvl, VD) en la matière. Il s'agira, entre autres, de se pencher sur les nouvelles techniques de modifications génétiques.
La commission de la science, de l'éducation et de la culture (CSEC-CN) s'est largement ralliée au projet du Conseil fédéral (par 20 voix contre 1 et 2 abstentions), confirmant ainsi une position déjà adoptée par la chambre du peuple lors de la session d'été 2021. Par ailleurs, la commission a déposé un postulat (Po. 21.3980) chargeant le Conseil fédéral d'examiner certains aspects touchant aux OGM, tels que la coexistence entre différents types d'agriculture, les risques liés aux nouvelles techniques et le choix laissé aux consommateurs et consommatrices.

Le Conseil national a décidé de soutenir la modification de la loi sur le génie génétique telle que proposée par le Conseil fédéral. Deux propositions de minorités auraient voulu ouvrir la porte aux nouvelles techniques génomiques. D'un côté, la minorité Bäumle (pvl, ZH) proposait d'exclure du moratoire les plantes issues de nouvelles techniques génomiques qui ne font pas recours à l'ajout de matériel génétique étranger. De l'autre côté, la minorité défendue par Christian Wasserfallen (plr, BE) souhaitait inclure une exception à ces techniques dans une acceptation assez large. Les deux propositions ont, tout d'abord, été confrontées, débouchant sur un large soutien de la minorité Bäumle (160 voix contre 28 et 2 abstentions). Par la suite, c'est par 147 voix contre 42 et 2 abstentions que les député.e.s ont choisi de soutenir la proposition de la majorité de la CSEC-CN – à savoir, suivre le Conseil fédéral – au détriment de la minorité Bäumle. Les groupes PLR et vert'libéral ont fait front commun contre le reste du Parlement. Toutefois, les députés et députées ont décidé de soutenir le postulat 21.3980 de la CSEC-CN mandatant le Conseil fédéral d'analyser les risques posés par ces nouvelles technologies de génie génétique.

Contrairement au Conseil national, une majorité de la CSEC-CE souhaite mettre en place des exceptions pour les nouvelles techniques génétiques dans le cadre de la modification de la loi sur le génie génétique. Par 6 voix contre 6 et la voix prépondérante du président de commission, Hannes Germann (udc, SH), les sénatrices.teurs sont invité.e.s à reprendre une proposition refusée par le Conseil national, à savoir, autoriser les «organismes génétiquement modifiés auxquels aucun matériel génétique transgénique n'a été ajouté». A cet égard, la CSEC-CE en a profité pour déposer un postulat (21.4345) qui mandate le Conseil fédéral d'évaluer les possibilités d'exempter ces nouvelles techniques du moratoire.

Alors que la prolongation du moratoire concernant les OGM dits classiques n'a pas été source de débats parmi les sénatrices et sénateurs, l'ajout d'un alinéa dans la loi sur le génie génétique (LGG), autorisant la mise en circulation d'organismes ne possédant pas de matériel génétique transgénique, a divisé la chambre haute. Comme expliqué par le rapporteur de la commission, Hannes Germann (udc, SH), cette exception s'accompagnerait d'une obligation de prouver les différences avec les techniques classiques ainsi que de démontrer l'utilité de leur mise en circulation. Ces demandes d'exception seraient analysées par la Commission fédérale d'experts pour la sécurité biologique (CFSB) et la Commission fédérale d'éthique pour la biotechnologie dans le domaine non humain (CENH). Selon le sénateur Germann, cette ouverture pour le moins modeste est nécessaire pour suivre l'évolution à l'internationale dans ce domaine de recherche et pour ne pas rendre la Suisse encore plus dépendante de l'étranger à l'avenir. Pour avoir une vue plus exacte sur ces nouvelles techniques de génie génétique, il a également appelé à accepter le postulat 21.4345 de la CER-CE «Procédés de sélection par édition génomique». S'opposant à une telle ouverture, la sénatrice jurassienne Elisabeth Baume-Schneider (ps, JU) a appelé ses collègues à faire preuve d'humilité face à ces nouvelles technologies et à prendre le temps d'analyser leur bien-fondé. Elle a donc plaidé pour une acceptation tant du postulat que du projet tel que soumis par le Conseil fédéral, rappelant que la recherche n'était pas touchée par ce moratoire.
Pour le Conseil fédéral, Simonetta Sommaruga a défendu la prolongation du moratoire, sans modification, faisant remarquer que les nouvelles techniques d'édition génomique étaient très diverses, allant de modifications très légères à des procédés très complexes de modifications du génome. Selon elle, il n'est pas logique d'introduire des exceptions sur ces nouvelles techniques, alors même qu'on a bien moins de recul que sur les méthodes classiques. De plus, la ministre socialiste a rappelé qu'il n'existe, pour l'heure, pas encore de méthodes fiables pour déterminer si un produit a été modifié grâce aux nouvelles techniques génomiques, ce qui représente un problème en ce qui concerne la transparence envers les consommatrices et consommateurs. Les autorités, qui ont mandaté l'Université de Neuchâtel de se pencher sur ce problème, souhaitent donc attendre qu'une telle traçabilité soit possible avant d'autoriser une mise en circulation de ces organismes. De plus, la proposition de la commission est formulée de telle sorte que d'autres organismes modifiés, autres que végétaux, mais dont aucun matériel étranger n'a été ajouté, pourraient être autorisés. Simonetta Sommaruga a regretté que cette discussion-là ait été lacunaire lors des débats en commission, alors que des insectes, des bactéries ou encore des virus employés dans la lutte contre les nuisibles pourraient être autorisés si le Parlement acceptait la proposition de commission.
Ainsi, les sénatrices et sénateurs n'ont pu être départagés sur la proposition de la CER-CE que par la voix prépondérante du président de la chambre haute, Thomas Hefti (plr, GL), qui s'est rangé du côté d'une ouverture du moratoire (21 voix contre 21 et 2 abstentions). Les partisan.ne.s de cette ouverture ont pu compter sur la voix de la bâloise Eva Herzog (ps, BS) qui, seule socialiste à adopter cette position, aura également contribué à faire la différence. Au vote sur l'ensemble, la modification de la loi a été acceptée par 42 voix contre 1 et 1 abstention.
Deux autres objets ont été débattus dans ce cadre: la motion 19.4225 Aebi (udc, BE) «Moratoire sur les OGM. Prolongation» ainsi que l'initiative 21.308 du canton du Vaud «Pour une Suisse sans OGM!».

La question de l'ouverture du moratoire aux nouvelles techniques génétiques a motivé la création d'une association regroupant des grands groupes agroalimentaires (Migros, Coop, Denner) et des organisations agricoles (Légumes suisses, Fruit-Union Suisse, IP-Suisse, Fenaco, etc), association nommée «Les variétés de demain». Elle voit dans ces nouvelles technologies une possibilité de développer une agriculture plus durable. La Fédération romande des consommateurs continue, elle, à s'opposer à ces techniques qui devraient tout d'abord être soumises à plus de recherches avant de pouvoir être disséminées dans la nature, comme l'a défendu Sophie Michaud Gigon (verts, VD), conseillère nationale et secrétaire générale de l'organisation de protection de consommatrices et consommateurs. Elle dit espérer pouvoir compter sur le soutien de paysan.ne.s au Conseil national, alors que le président de l'USP Markus Ritter (centre, SG) considère qu'une telle ouverture serait prématurée. Cet avis n'est pas partagé par la responsable d'Agroscope, Eva Reinhard, qui souhaiterait que le Parlement ose faire ce pas. Dans une longue interview accordée à l'Aargauer Zeitung, elle a rappelé que les OGM représentent une chance pour une agriculture plus durable, ces techniques étant prometteuses à bien des égards. Citant quelques exemples d'application des anciennes et nouvelles méthodes de génie génétique, elle est revenue sur celui de la betterave sucrière qui souffre en Suisse de la prolifération d'un insecte dont il est difficile de venir à bout sans l'utilisation de certains néonicotinoïdes interdits par le Conseil fédéral. Il serait relativement simple, selon la chercheuse, de développer une nouvelle sorte de betterave, grâce aux techniques de génie génétique, qui puisse résister à ce nuisible sans utilisation de pesticide. Eva Reinhard est persuadée que la population est prête pour une ouverture du moratoire, citant une récente enquête menée par l'EPFZ en 2021 qui montrent que les lignes sont peut-être en train de bouger. En effet, à la question de savoir quelles techniques ils et elles privilégieraient pour lutter contre le mildiou de la pomme de terre (pourriture), une majorité de répondant.e.s se sont prononcé.e.s pour les techniques classiques de génie génétique (ajout d'un gène étranger de patate sauvage), les autres options étant l'utilisation de fongicides synthétiques, de cuivre ou l'édition génomique.
A voir si le Conseil national change de position pour se rallier au Conseil des Etats. Cela dépendra principalement de la position des député.e.s du Centre et de l'UDC, alors que les Verts'libéraux ont d'ores et déjà affirmé être ouverts à une telle modification.

La majorité de la CER-CN a proposé à sa chambre d'adapter la décision émanant du Conseil des Etats. Pour cela, elle a formulé une proposition de compromis chargeant le Conseil fédéral de présenter d'ici à 2024 un projet d'acte afin de clarifier les modalités pour une autorisation des nouvelles techniques de sélection. Il s'agirait de soumettre les produits à une homologation évaluant les risques de leur mise en circulation, tout en tenant compte de la plus-value pour l'agriculture, l'environnement et les consommatrices et consommateurs par rapport aux techniques de sélection usuelles. Une minorité de la commission a souhaité rajouter des exigences plus strictes pour permettre la mise en circulation de tels produits tandis qu'une seconde minorité de la commission ne veut, pour l'instant, pas entendre parler d'une telle ouverture, préférant attendre le rapport des autorités en réponse aux postulats 20.4211 et 21.3980.

À une majorité assez nette, le Conseil national a suivi la proposition de compromis de sa commission sur la question des nouvelles techniques de sélection. La minorité, qui s'est vainement opposée à ce changement de cap, n'a pas réussi à introduire de critères plus poussés pour le système d'homologation.
Alors que le Conseil national refusait d'entrer en matière sur une possible autorisation de ces nouvelles techniques il y a quelques mois encore, c'est le changement de position de l'UDC et du Centre qui explique qu'une majorité a pu se dégager ; un changement de position qui coïncide avec celui de l'USP qui s'est dit ouverte à la discussion et un positionnement favorable de certains grands distributeurs (Migros, Coop et Fenaco en tête). Alois Huber (AG), pour l'UDC, a tenu à rappeler que les vieilles technologies génétiques ne sont pas concernées, faisant une distinction claire avec l'édition génomique, dont il est question ici. Il estime que cette dernière permettra de trouver des solutions à un certain nombre de problèmes, alors que les changements climatiques, la sécheresse, la réduction des pesticides et l'augmentation de la population globale font pression sur l'agriculture. De plus, il n'est, selon l'élu agrarien, pas possible de distinguer les plantes obtenues par l'intermédiaire de ces nouveaux procédés, des plantes ayant subi naturellement des mutations. Le groupe vert'libéral s'est également prononcé pour cette solution de compromis, Thomas Brunner (SG) la justifiant par la nécessité d'adopter des idées de régulation intelligentes, alors que ces technologies connaissent un essor fulgurant. Le groupe PLR s'est rallié, sans surprise, à la proposition de la majorité, Christian Wasserfallen (BE), s'appuyant sur les prises de position de différents organes scientifiques et entités concernées par le sujet. Une majorité du groupe du Centre a aussi décidé de suivre cette position, souhaitant une autorisation, à moyen terme, de ces nouvelles technologies. Seuls les partis de gauche n'ont pas voulu du projet tel que présenté par la commission, déposant trois propositions de minorité. L'une d'entre elle proposait de ne pas entrer en matière sur une ouverture aux nouvelles techniques de sélection, tandis que les deux autres visaient à renforcer les critères de contrôle (notamment s'agissant de la propagation des nouvelles variétés et de la protection des consommateurs et consommatrices). Le Conseil fédéral, quant à lui, s'est positionné en faveur du statu quo, et a demandé, par la voix de la ministre de l'environnement, Simonetta Sommaruga, de ne pas entrer en matière sur ce nouveau paragraphe et ainsi de soutenir la minorité allant en ce sens. Les sept sages auraient préféré attendre les études en réponse aux trois postulats traitant de ce sujet (Po. 20.4211, Po. 21.3980, Po. 21.4345) avant d'aller de l'avant.
Au final, les trois propositions de minorité ont été rejetées à proportion égale. Celle souhaitant en rester au projet d'origine – à savoir, pas d'entrée en matière sur ces nouveaux procédés – l'a été par 112 voix contre 74. La répartition des forces montre un bloc formé par le PLR et une large majorité des membres de l'UDC, du Centre et des Vert'libéraux contre la gauche et le PEV. Le moratoire sur les OGM dits classiques a, quant à lui, été tacitement prolongé jusqu'à fin 2025.

Le Conseil des Etats a tacitement suivi la chambre basse en acceptant le compromis qui charge le Conseil fédéral d'élaborer. d'ici à 2024, un projet d'acte concernant les nouvelles techniques de sélection génétique. Pour la Commission de la science, de l'éducation et de la culture du Conseil des Etats CSEC-CE), cette solution permettra, d'une part, de mener une procédure de consultation en bonne et due forme et, d'autre part, de prendre en compte une décision de l'Union européenne (UE) encore en suspens à ce sujet – en Europe, les nouveaux procédés sont à l'heure actuelle inscrits dans la loi sur les OGM –, comme précisé par Hannes Germann (udc, SH). Pour le Conseil fédéral, Simonetta Sommaruga s'est également exprimée en faveur d'une acceptation de la proposition du Conseil national, un travail de l'Administration fédérale étant de toute manière prévue d'ici à 2024 sur ces questions.
Au vote final, tant le Conseil des Etats que le Conseil national ont accepté à l'unanimité le projet de loi modifié. Toutefois, 69 élu.e.s se sont abstenu.e.s au Conseil national et 3 au Conseil des Etats. Les membres des groupes socialistes et verts ont constitué la majorité des abstentionnistes, celles et ceux-ci étant en faveur d'une prolongation du moratoire mais critiquant l'ouverture faite aux nouvelles techniques de sélection.