Der Bundesrat veröffentlichte im September 2020 seine Botschaft betreffend die Weiterentwicklung des Schengen-Besitzstands zur Errichtung eines Rahmens für die Interoperabilität zwischen den verschiedenen EU-Informationssystemen. Diese Verbesserung der Interoperabilität wurde als Reaktion auf die seit 2015 verübten Terroranschläge im Schengen-Raum und auf die grossen Herausforderungen im Migrationsbereich vorgenommen. Zu den betroffenen Systemen gehören das Schengener Informationssystem SIS, das Visa-Informationssystem VIS, die Eurodac-Datenbank, das Einreise-Ausreisesystem EES und das Europäische Reiseinformations- und -genehmigungssystem (ETIAS).
Laut Bundesrat könnten Grenzkontroll-, Migrations- und Strafverfolgungsbehörden bei Annahme der vorgeschlagenen Gesetzesänderungen in Zukunft mit einer einzigen Abfrage Informationen aus allen diesen Informationssystemen erhalten und damit deren Synergien nutzen. Die erforderlichen Zugriffsrechte der Behörden auf die jeweiligen Systeme sollten durch die Interoperabilität jedoch nicht verändert werden und es würden auch keine zusätzlichen Daten erhoben. Die Interoperabilität vereinfache die Identifizierung von Personen, da biometrische Daten aus unterschiedlichen Systemen verglichen werden können, erklärte der Bundesrat. Damit könne man auch Personen identifizieren, die Mehrfachidentitäten besässen oder unter falschen Identitäten verzeichnet seien. Dadurch werde die Sicherheit im Schengen-Raum verbessert und die Migrationssteuerung effizienter gemacht, was den Jahreszielen des Bundesrats im Bereich Sicherheit und Migration entspreche. Um die beiden dafür notwendigen EU-Verordnungen umsetzen zu können, müsse die Schweiz das AIG, das BGIAA, das Verantwortlichkeitsgesetz und das Bundesgesetz über die polizeilichen Informationssysteme des Bundes anpassen. Damit einher gingen auch finanzielle und personelle Zusatzaufwände für Verwaltung und Kantone, weil die Schweizer Informationssysteme und Prozesse ebenfalls abgeändert werden müssten. Aufgrund der Motion Eichenberger (fdp, AG; Mo. 18.3592) werde die Interoperabilität zwischen kantonalen und nationalen Informationssystemen aber sowieso bereits angestrebt. Die Kosten beliefen sich von 2020 bis 2025 auf rund CHF 21 Mio. und seien Bestandteil eines Verpflichtungskredits zur Weiterentwicklung des Schengen/Dublin-Besitzstands, welche die Räte bereits freigegeben hätten.

Die Vorlage zur Weiterentwicklung des Schengen-Besitzstands zur Errichtung eines Rahmens für die Interoperabilität zwischen den verschiedenen EU-Informationssystemen gelangte in der Herbstsession 2020 in den Nationalrat. Die Vorlage beinhaltete zwei EU-Verordnungen zur Vernetzung der europäischen Informationssysteme. Einerseits ging es um das Europäische Suchportal, welches die parallele Abfrage unterschiedlicher Informationssysteme ermöglicht. Andererseits ging es um einen gemeinsamen Dienst für den Abgleich biometrischer Daten, einen Speicher für Identitätsdaten und einen Detektor für Mehrfachidentitäten. Die vorberatende SiK-NR hatte vorgeschlagen, auch das ETIAS-System in die Vorlage aufzunehmen, da die ETIAS-Vorlage bei der Verabschiedung des vorliegenden Geschäfts durch den Bundesrat noch nicht vom Parlament beschlossen worden war und deshalb nicht hatte aufgeführt werden können. Kommissionssprecherin Doris Fiala (fdp, ZH) betonte in der Ratsdebatte die Wichtigkeit der Interoperabilität zwischen den EU-Informationssystemen für die innere Sicherheit der Schweiz. Durch die dadurch möglichen vernetzten Abfragen würden die Informationssysteme der Polizei, der Grenzkontrolle und der Migrationsbehörden verbessert. Bundesrätin Keller-Sutter habe gegenüber der Kommission überzeugend dargelegt, dass Schwerstkriminalität und Terrorismus global sind und die Schweiz daher ein Teil der europäischen Sicherheitsarchitektur sein müsse. Mauro Tuena (svp, ZH) äusserte sich zur Ambivalenz der SVP-Fraktion in ihrer Entscheidungsfindung. Einerseits befürworte die SVP Sicherheit, andererseits lehne sie die Weiterentwicklung des Schengen-Besitzstandes – also die automatische Rechtsübernahme – ab. Eine Minderheit Marti (sp, ZH) wollte den Diskriminierungsschutz in der Vorlage stärken. Zwar gebe es einen Verweis darauf, dass in der nationalen Gesetzgebung Massnahmen zur Vorbeugung von Diskriminierung beschlossen werden müssten, doch ein blosser Verweis habe nicht den gleichen Stellenwert wie eine explizite Verankerung, bemängelte Marti. Sie merkte darüber hinaus an, dass für die SP Grund- und Menschenrechte im Zentrum stünden und dass die Bekämpfung illegaler Migration gleichzeitig auch reguläre Migration ermöglichen und das Recht auf Asyl gewährleisten müsse. Zudem kritisierte sie «die Entwicklung Europas zu einer Festung», wo doch die EU «nicht als eine Festung, sondern als Friedensprojekt entstanden» sei. Die Fraktion der Grünen beschloss, den Minderheitsantrag von Nationalrätin Marti zu unterstützen, sich in der Gesamtabstimmung aber zu enthalten, insbesondere wegen Bedenken hinsichtlich des Datenschutzes und des Grundrechtschutzes. Die anwesende Bundesrätin Karin Keller-Sutter versuchte die Befürchtungen bezüglich Datenschutz zu zerstreuen und erklärte, dass durch die Vernetzung der Informationssysteme nicht mehr Daten erhoben oder gespeichert würden als bisher. Auch die Zugriffsrechte der nationalen Behörden blieben unverändert, nur die Datenverfügbarkeit werde verbessert, stellte die Bundesrätin klar. Das Anliegen der Minderheit Marti begrüsste die Bundesrätin zwar inhaltlich, doch sie argumentierte, dass es durch die EU-Verordnungen bereits erfüllt werde. Der Minderheitsantrag wurde in der Folge mit 124 zu 64 Stimmen abgelehnt. Den Entwurf nahm der Nationalrat in der Gesamtabstimmung mit 156 zu 5 Stimmen (bei 27 Enthaltungen der Grünen) an. Die ablehnenden Stimmen stammten von Mitgliedern der SVP-Fraktion. Da die grosse Kammer, wie von der SiK-NR vorgeschlagen, auch das ETIAS in die Vorlage aufnahm, wich der Beschluss geringfügig vom Entwurf des Bundesrats ab.

In der Frühjahrssession 2021 befasste sich die kleine Kammer als Zweitrat mit der Weiterentwicklung des Schengen-Besitzstands zur Errichtung eines Rahmens für die Interoperabilität zwischen den verschiedenen EU-Informationssystemen. Die SiK-SR hatte im Vorfeld der Session einstimmig die Zustimmung zum Nationalratsbeschluss beantragt. Deren Sprecher Charles Juillard (mitte, JU) appellierte an den Ständerat, die Vorlage anzunehmen. Schliesslich handle es sich dabei um eine Weiterentwicklung des Schengen-Besitzstandes, zu deren Übernahme sich die Schweiz verpflichtet habe. Die Frist für die Schaffung der notwendigen Rechtsgrundlagen ende am 21. Mai 2021. Bundesrätin Karin Keller-Sutter hob die Bedeutung des Faktors «Zeit» in der Kriminalitätsbekämpfung hervor. Das jetzige System sei ineffizient, umständlich und koste zu viel Zeit. In Zukunft könnten sich die Polizei-, Grenzkontroll- und Migrationsbehörden «zeitgerecht ein vollständiges Bild einer Person» machen. Der personelle Mehraufwand läge hauptsächlich beim Bund, weil man die Kantone mit einem Kompetenzzentrum unterstützen werde. Der Ständerat nahm die Vorlage einstimmig an.
Auch in der Schlussabstimmung wenige Wochen später nahm der Ständerat das Geschäft einstimmig an. Im Nationalrat fiel das Ergebnis mit 153 zu 11 Stimmen (bei 31 Enthaltungen der Grünen) ebenfalls deutlich aus.