Der Bundesrat veröffentlichte im September 2020 seine Botschaft betreffend die Weiterentwicklung des Schengen-Besitzstands zur Errichtung eines Rahmens für die Interoperabilität zwischen den verschiedenen EU-Informationssystemen. Diese Verbesserung der Interoperabilität wurde als Reaktion auf die seit 2015 verübten Terroranschläge im Schengen-Raum und auf die grossen Herausforderungen im Migrationsbereich vorgenommen. Zu den betroffenen Systemen gehören das Schengener Informationssystem SIS, das Visa-Informationssystem VIS, die Eurodac-Datenbank, das Einreise-Ausreisesystem EES und das Europäische Reiseinformations- und -genehmigungssystem (ETIAS).
Laut Bundesrat könnten Grenzkontroll-, Migrations- und Strafverfolgungsbehörden bei Annahme der vorgeschlagenen Gesetzesänderungen in Zukunft mit einer einzigen Abfrage Informationen aus allen diesen Informationssystemen erhalten und damit deren Synergien nutzen. Die erforderlichen Zugriffsrechte der Behörden auf die jeweiligen Systeme sollten durch die Interoperabilität jedoch nicht verändert werden und es würden auch keine zusätzlichen Daten erhoben. Die Interoperabilität vereinfache die Identifizierung von Personen, da biometrische Daten aus unterschiedlichen Systemen verglichen werden können, erklärte der Bundesrat. Damit könne man auch Personen identifizieren, die Mehrfachidentitäten besässen oder unter falschen Identitäten verzeichnet seien. Dadurch werde die Sicherheit im Schengen-Raum verbessert und die Migrationssteuerung effizienter gemacht, was den Jahreszielen des Bundesrats im Bereich Sicherheit und Migration entspreche. Um die beiden dafür notwendigen EU-Verordnungen umsetzen zu können, müsse die Schweiz das AIG, das BGIAA, das Verantwortlichkeitsgesetz und das Bundesgesetz über die polizeilichen Informationssysteme des Bundes anpassen. Damit einher gingen auch finanzielle und personelle Zusatzaufwände für Verwaltung und Kantone, weil die Schweizer Informationssysteme und Prozesse ebenfalls abgeändert werden müssten. Aufgrund der Motion Eichenberger (fdp, AG; Mo. 18.3592) werde die Interoperabilität zwischen kantonalen und nationalen Informationssystemen aber sowieso bereits angestrebt. Die Kosten beliefen sich von 2020 bis 2025 auf rund CHF 21 Mio. und seien Bestandteil eines Verpflichtungskredits zur Weiterentwicklung des Schengen/Dublin-Besitzstands, welche die Räte bereits freigegeben hätten.