Im September 2021 gab das ARE bekannt, dass im Rahmen der vierten Generation des Programms «Agglomerationsverkehr» insgesamt 32 Agglomerationen ihre Projekte eingereicht haben. An diesen Projekten seien 70 Prozent der Agglomerationen und 20 Kantone beteiligt. Das Programm «Agglomerationsverkehr» verfolge als wichtigstes Ziel die Konzeption von Verkehr, Siedlung und Landschaft in den Agglomerationen. Mit der vierten Generation dieses Programms werde es den Kantonen und den entsprechenden Agglomerationen ermöglicht, aufgrund des NAF mit einer langfristig gesicherten Finanzierung zu planen. Der Bundesrat werde bis 2023 eine entsprechende Botschaft zuhanden des Parlaments erarbeiten.

Im Februar 2023 beschloss der Bundesrat die Botschaft zum vierten Programm des Agglomerationsverkehrs – zum sogenannten «Bundesbeschluss über die Verpflichtungskredite ab 2024 für Beiträge an Massnahmen im Rahmen des Programms Agglomerationsverkehr». Mit insgesamt CHF 1.6 Mrd. will der Bund alle 32 Agglomerationen, die Projekte eingereicht hatten, unterstützen. Die Bundesbeiträge belaufen sich dabei auf 30 bis 45 Prozent der totalen Projektkosten. Von dem Gesamtbetrag sollen je rund 30 Prozent dem öffentlichen Verkehr, dem motorisierten Individualverkehr, dem Velo- und Fussverkehr sowie gut 10 Prozent den Verkehrsdrehscheiben zugutekommen. Unterstützt werden sollen im Rahmen des vorliegenden Programms beispielsweise Batterie-Bus-Infrastrukturen in diversen Städten, die Verlängerung von Tramlinien oder die Umgestaltung von Strassen und Plätzen zur Steigerung der Standortattraktivität oder Sicherheit.
Die Vernehmlassung, welche von Juni 2022 bis September 2022 durchgeführt worden war, hatte zur Folge, dass gut dreissig Projekte zusätzlich ins Programm aufgenommen wurden. Die überwiegende Mehrheit der Vernehmlassungsteilnehmenden habe sich mit den Grundzügen der Vorlage aber einverstanden gezeigt, so der Bundesrat in seiner Botschaft.
Agglomerationsprogramme beinhalten Projekte, um den Verkehr in mehreren Gemeinden in Agglomerations- und Stadtgebieten aufeinander abzustimmen und beispielsweise an urbane Entwicklungen anzupassen. Die finanziellen Mittel des Bundes für die Beteiligung an den Agglomerationsprogrammen stammen aus dem NAF und die entsprechenden Ausschreibungen finden alle vier Jahre statt.

Die Reaktionen auf die Botschaft zum vierten Programm des Agglomerationsverkehrs fielen in der FK-NR und in der KVF-NR positiv aus. Beide Kommissionen beantragten im Frühling 2023 einstimmig, auf die Vorlage einzutreten. Die FK-NR war der Ansicht, das vom Bundesrat präsentierte Programm entspreche dem vom Nationalstrassen- und Agglomerationsverkehrs-Fonds (NAF) vorgesehenen Rahmen und erziele die gewünschte Wirkung in den Agglomerationen. Die federführende KVF-NR befürwortete sämtliche vorgeschlagenen Agglomerationsprogramme und beantragte zusätzlich mit 12 zu 10 Stimmen bei 2 Enthaltungen, den Strassentunnel Moscia-Acapulco (TI) als «integralen Bestandteil des Agglomerationsprogramms ‹Locarnese› anzuerkennen» und den Kredit von CHF 1.6 Mrd. entsprechend um CHF 38 Mio. zu erhöhen. Zwei Minderheiten beantragten zum einen eine Änderung bei den Abzügen vom Bundesbeitragssatz an die Projekte und zum anderen eine Koppelung des Inkrafttretens dieser Vorlage mit jener des Ausbauschritts 2023 der Nationalstrassen, damit «verschiedene Projekte und Verkehrsträger [nicht] gegeneinander ausgespielt werden».

In der Sommersession 2023 befasste sich der Nationalrat mit dem bundesrätlichen Entwurf. Für Diskussionen gesorgt hatte in der grossen Kammer dabei erstens der von der KVF-NR zusätzlich beantragte Strassentunnel Moscia-Acapulco im Tessin und die dazugehörige Krediterhöhung von rund CHF 38 Mio. Während die mitberichtende FK-NR auf diesen Tunnel verzichten wollte, stimmte der Rat für die zusätzliche Finanzierungsbeteiligung. Zwar sei dieses Projekt «sozusagen hineingeschmuggelt» und nicht nach dem üblichen Verfahren in das Programm aufgenommen worden, wie Kommissionssprecher Kurt Fluri (fdp, SO) im Rat erklärte. Da es wohl aber keine präjudizielle Wirkung für zukünftige Projektaufnahmen entfalte, solle sich doch die ständerätliche Kommission dieser Sache nochmals annehmen.
Zweitens diskutierte die grosse Kammer über die Höhe der Beitragszahlungen des Bundes an die Projekte. Grundsätzlich war vorgesehen, dass sich der Bund mit Zahlungen in der Höhe von 30 bis 45 Prozent der Gesamtkosten an den Projekten beteiligt. Die bundesrätliche Regelung sah jedoch auch Kürzungen der Beiträge in der vierten Generation um fünf Prozent vor, wenn in vorherigen Programmen (jenen aus der ersten und zweiten Generation) Massnahmen in der entsprechenden Agglomeration ungenügend umgesetzt worden waren. Eine Minderheit Pasquier-Eichenberger (gp, GE) wollte auf solche Bestrafungen (in den Regionen Burgdorf, Chablais, Chur, Grand Genève, Réseau Urbain Neuchâtelois und Agglo Y) verzichten und den Kredit entsprechend um CHF 35 Mio. erhöhen, damit die Projekte schnell realisiert werden könnten. Die Kommissionsmehrheit wollte mit dieser Massnahme hingegen sicherstellen, dass die Mittel zukünftig effektiv eingesetzt werden. Die Kürzungen fänden dort statt, wo die «Verzögerungen auf ein Selbstverschulden der Trägerschaft zurückzuführen» seien, erklärte Kurt Fluri. Der Rat folgte in diesem Anliegen ebenfalls der Mehrheit und behielt die Kürzungen bei.
Drittens beriet der Nationalrat einen Minderheitsantrag Wasserfallen (fdp, BE) zur Koppelung der Vorlage mit jener zum Ausbauschritt 2023 der Nationalstrassen. Wasserfallen wollte im Namen der FDP-Fraktion eine solche Verbindung vornehmen, da die beiden Vorlagen als Gesamtsystem betrachtet werden müssten. Die Gegenseite warf der Fraktion hingegen vor, das Agglomerationsprogramm in «Geiselhaft» zu nehmen, um dem umstrittenen Ausbau der Nationalstrassen unter die Arme zu greifen, wie etwa Barbara Schaffner (glp, ZH) kritisierte. Die Verknüpfung der beiden Vorlagen wurde schliesslich mit 109 zu 87 Stimmen abgelehnt, wobei die geschlossen stimmende SVP-Fraktion zusammen mit Teilen der FDP- und der Mitte-Fraktionen erfolglos für eine Verknüpfung votierten.
Zum Schluss stellte sich die grosse Kammer klar hinter die Vorlage: Einstimmig mit 196 Stimmen und ohne Enthaltungen erteilte der Nationalrat den rund 1200 Massnahmen in 32 Agglomerationen im Umfang von CHF 1.6 Mrd. grünes Licht. Die finanziellen Mittel zur Beteiligung des Bundes an diesen Projekten stammten aus dem entsprechenden Topf der zweckgebundenen Mineralölsteuer (NAF). Verkehrsminister Albert Rösti zeigte sich im Rat zufrieden und bezeichnete die Agglomerationsprogramme als «zukunftsgerichtete Verkehrspolitik, denn sie berücksichtigen alle Verkehrsträger, vom Auto über Bus, Tram, Velo letztlich bis hin zum Zu-Fuss-Gehen». Das Geschäft ging damit mit einer Anpassung am bundesrätlichen Entwurf (dem Strassentunnel Moscia-Acapulco) an den Ständerat.

Wie bereits ihre Schwesterkommissionen im Nationalrat sprachen sich auch die KVF-SR und die FK-SR für das vierte Programm des Agglomerationsverkehrs aus. Während die FK-SR der Vorlage des Bundesrats vorbehaltlos zustimmte, gab es in der KVF-SR aber Uneinigkeiten bezüglich der Aufnahme des Strassentunnels Moscia-Acapulco in das Programm und bezüglich des Abzugs von fünf Prozent auf dem Beitragssatz für Projekte, welche ihre Eingaben in den vorherigen Programmen des Agglomerationsverkehrs ungenügend umgesetzt hatten. Die Kommission empfahl ihrem Rat, den Strassentunnel nicht in das Programm aufzunehmen und den Malus beizubehalten.

Im Ständerat wurde Eintreten auf das Geschäft ohne Gegenantrag beschlossen. In der Detailberatung zeichneten sich jedoch dieselben Debatten ab wie bereits in der Vorberatung der KVF-SR. Gegen den Abzug von fünf Prozent auf dem Beitragssatz für zuvor unzureichend umgesetzte Projekte meldete sich Lisa Mazzone (gps, GE) als Sprecherin der Kommissionsminderheit zu Wort. Sie erachtete es nicht als angemessen, aktuelle Projekte für Umsetzungsprobleme in der Vergangenheit abzustrafen. Kommissionssprecher Hans Wicki (fdp, NW) hingegen erachtete den Strafabzug als angemessen. In früheren Projekten habe es etliche selbstverschuldete Verzögerungen gegeben, welchen so entgegengewirkt werden solle. Bundesrat Albert Rösti ergänzte, dass das Parlament einen Anreiz für die beschleunigte Umsetzung der Projekte gewünscht habe, welcher nun in Form des Strafabzugs gesetzt werden solle. Der Ständerat sprach sich schliesslich mit 22 zu 17 Stimmen für Beibehalten des Strafabzugs aus.
Weiter gab auch die Aufnahme des Strassentunnels Moscia-Acapulco als Bestandteil des Agglomerationsprogramms «Locarnese» Anlass zu Diskussionen. Wie Hans Wicki für die KVF-SR verlauten liess, sei das Projekt nicht von der entsprechenden Agglomeration eingereicht worden, zudem könne eine nachträgliche Aufnahme ausserhalb der Projektausschreibung ein gefährliches Präjudiz schaffen. Für die Aufnahme des Strassentunnels lagen zwei Einzelanträge vor. Marco Chiesa (svp, TI) forderte, dass der Tunnel gemäss dem Vorschlag des Nationalrats in das Programm aufgenommen wird. Der Tunnel sei für die Gewährleistung der Verkehrssicherheit sowie für den Pendler- und Transitverkehr unerlässlich. Auch Eva Herzog (sp, BS) betonte die Wichtigkeit des Strassentunnels. Angelehnt an die nachträgliche Aufnahme der Umfahrung Oberburg in die dritte Generation des Programms Agglomerationsverkehr knüpfte Herzog die Aufnahme des Strassentunnels in ihrem Einzelantrag daran, dass der Bundesrat eine entsprechende Botschaft ausarbeitet und diese nachträglich dem Parlament vorlegt. Bundesrat Rösti anerkannte zwar die Notwendigkeit des Strassentunnels, beantragte jedoch die Ablehnung der Einzelanträge, um die festgelegten Prozesse einzuhalten. Er erklärte sich aber bereit, das Projekt in die fünfte Generation des Programms Agglomerationsverkehr von 2028 aufzunehmen. Mit 23 zu 18 Stimmen folgte der Ständerat zwar erst dem Antrag Chiesa anstelle des Antrags Herzog, lehnte Ersteren jedoch in der Folge mit 21 zu 19 Stimmen zugunsten des Antrags der Kommission ab. Somit ging das Geschäft zur Differenzbereinigung zurück an den Nationalrat.

Nachdem der Ständerat in der Herbstsession 2023 als Zweitrat die Botschaft zum vierten Programm des Agglomerationsverkehrs behandelt hatte, beugte sich der Nationalrat noch in derselben Session über eine erste Runde der Differenzbereinigung. Zur Debatte stand dabei die vom Nationalrat in der ersten Runde befürwortete Aufnahme des Strassentunnels Moscia-Acapulco in den bundesrätlichen Entwurf, wogegen sich der Ständerat gestellt hatte.
Die KVF-NR hatte in Anbetracht des Beschlusses der kleinen Kammer beantragt, den Wortlaut des Einzelantrags Herzog (sp, BS) aus dem Ständerat in den bundesrätlichen Entwurf zu übernehmen. Laut Kommissionssprecher Kurt Fluri (fdp, SO) sei die Notwendigkeit und Dringlichkeit des Projekts weitgehend unbestritten. Durch die vorgeschlagene Änderung könne der Kanton Tessin sein Projekt nachträglich zur Prüfung einreichen. Eine Botschaft des Bundesrats zum Projekt wird laut Fluri anschliessend nur dann erstellt, wenn das Projekt drei Bedingungen erfülle: Erstens müssten flankierenden Massnahmen zugunsten des öffentlichen und Langsamverkehrs in die Planung aufgenommen werden, zweitens dürften die Kosten für den Strassentunnel die freigegebenen Mittel aus den bereits umgesetzten oder geplanten Generationen des Programms nicht überschreiten und drittens müsse der Kanton Tessin das Projekt so weit ausarbeiten, dass das Vorhaben ohne die Verpflichtungskredite nicht weiter geplant und umgesetzt werden könne. Zu Gunsten des Strassentunnels meldete sich auch der Tessiner SP-Nationalrat Bruno Storni zu Wort. Laut Storni sei die Planung des Projekts bereits weit fortgeschritten und der Baubeginn für 2026/27 geplant. Würde der Tunnel nun nicht in die vierte Generation des Programms Agglomerationsverkehr aufgenommen, käme es zu beachtlichen Bauverzögerungen, da der Tessiner Kantonsrat somit erst mit der fünften Generation des Programms Agglomerationsverkehr eine konkrete Botschaft zum Bau des Tunnels fassen könnte.
Eine Kommissionsminderheit beantragte dagegen aus formalen Gründen, den Strassentunnel Moscia-Acapulco aus der Vorlage zu streichen. Die Minderheit würde das Projekt laut Michael Töngi (gp, LU) aber unterstützen, sobald es korrekt eingegeben werde. Auch Bundesrat Albert Rösti sprach sich weiterhin gegen die Aufnahme des Strassentunnels in die Vorlage aus. Die Notwendigkeit des Projekts seit unbestritten aber der Baustart würde mit einer Aufnahme des Projekts in die fünfte Generation des Programms Agglomerationsverkehr nur wenig verzögert. Zudem sollte laut Rösti verhindert werden, das der vierjährige Prozess des Programms unterbrochen wird und zukünftig alle Kantone Zusatzbotschaften ausserhalb des ordentlichen Rahmens des Programms Agglomerationsverkehr fordern können.
Verschiedene Fragen wurden zudem zum Vergleich des Strassentunnels Moscia-Acapulco mit der Umfahrung Oberburg laut. Während die Kommissionsminderheit und Bundesrat Rösti angaben, dass die Situation rund um die Aufnahme der Projekte zu verschieden sei, um das Vorgehen der dritten Generation des Programms für den Tessiner Tunnel zu übernehmen, sah Bruno Storni durchaus Parallelen zwischen den beiden Projekten. Die Planung des Strassentunnels sei zwar noch nicht konkret eingereicht worden, die Rahmenbedingungen des Bauvorhabens wie beispielsweise der Standort, die Länge oder das ungefähre Budget seien aber in der mittlerweile drei Jahre andauernden Planung beschlossen worden.
Schlussendlich stellte sich eine grosse Mehrheit des Nationalrats hinter den Strassentunnel Moscia-Acapulco. Der Mehrheitsantrag zur Aufnahme des Projekts wurde mit 130 zu 53 Stimmen bei 2 Enthaltungen gutgeheissen, womit das Geschäft zur erneuten Prüfung an den Ständerat überwiesen wurde.

In der Wintersession 2023 beriet der Ständerat eine letzte Differenz im vierten Programm des Agglomerationsverkehrs. Diese betraf den Strassentunnel Moscia-Acapulco. Der Nationalrat hatte in der Herbstsession an der Aufnahme des Tunnels in die vierte Generation des Programms festgehalten. Die KVF-SR beantragte ihrem Rat nun, dem Entscheid des Nationalrats zuzustimmen und das Projekt im Rahmen des Programms Agglomerationsverkehr in einer separaten Botschaft erarbeiten zu lassen. Kommissionssprecher Hans Wicki (fdp, NW) führte aus, dass sich die Mehrheit der Kommission angesichts der grossen Notwendigkeit des Projekts für den vorgeschlagenen Kompromiss mit der separaten Botschaft ausgesprochen hatte, auch wenn in der Kommission noch immer Bedenken bestanden hätten, dass mit der nachträglichen Aufnahme des Projekts möglicherweise ein Präjudiz geschaffen werde. Auch Bundesrat Albert Rösti beantragte um der Effizienz willen, auf den Vorschlag des Nationalrats einzutreten. Er betonte aber, dass die ordentlichen Vorgänge und die an die Aufnahme des Strassentunnels geknüpften Bedingungen eingehalten werden müssten.
Der Ständerat stellte sich schlussendlich stillschweigend hinter den Nationalrat und bereinigte die letzte Differenz, womit das Geschäft erledigt war.