Im März 2020 verlangte die SVP-Nationalratsfraktion mittels einer Motion die Nichtunterzeichnung des Horizon-Europe-Abkommens, sofern dieses eine Verlängerung der Guillotine-Klausel hinsichtlich des Personenfreizügigkeitsabkommens enthalte. Die Fraktion verwies in ihrer Begründung darauf, dass das 8. EU-Forschungsprogramm, Horizon 2020, vertraglich von der Einhaltung des Personenfreizügigkeitsabkommens abhängig gemacht worden sei. Da das Forschungsabkommen aber laut EDA ein Kooperations- und kein Marktzugangsabkommen ist, forderte die SVP-Fraktion, dass man dieses losgelöst von der Personenfreizügigkeit verhandeln und abschliessen müsse. Der Bundesrat widersprach dieser Darstellung und hielt in seiner Stellungnahme fest, dass die umfassende Beteiligung der Schweiz als assoziierter Staat am EU-Forschungsrahmenprogramm auf dem Abkommen über die wissenschaftliche und technologische Zusammenarbeit fusse. Dieses gehöre, wie auch das FZA, zu den Bilateralen I, müsse aber als einziges dieser Abkommen für jede Programmgeneration erneuert werden. Wie schon bei den Verhandlungen über die Bilateralen I habe die EU auch 2014, bei der Unterzeichnung des Horizon-2020-Pakets, die Verknüpfung mit dem FZA als unabdingbare Voraussetzung festgelegt. Da der Bundesrat eine nahtlose Weiterführung des Programms beabsichtige, beantragte er die Ablehnung der Motion.
Die Motion wurde zwei Jahre später in der Frühjahrssession 2022 im Nationalrat behandelt. Bundesrat Parmelin hob die Bedeutung der Schweizer Assoziierung an Horizon Europe für die Forschungslandschaft und für die Unternehmen des Landes hervor. Der Bundesrat wolle die Verhandlungen über eine neuerliche Assoziierung alsbald aufnehmen und das ohne Einschränkungen des eigenen Handlungsspielraums. Die SVP-Fraktion stimmte geschlossen für ihre Motion, alle anderen Fraktionen dagegen, womit der Vorstoss mit 141 zu 50 Stimmen abgelehnt wurde.