Dans le cadre de la mise en application suivant l'acceptation de l'initiative parlementaire 19.475, le Conseil fédéral a fixé à 20 pour cent l'objectif de réduction des pertes d'éléments fertilisants d'ici à 2030. Redoutant les conséquences d'un objectif considéré comme trop ambitieux, la sénatrice fribourgeoise Johanna Gapany (plr, FR) demande de le revoir à la baisse. En effet, la seule manière d'atteindre cet objectif pour l'azote serait de réduire le cheptel en Suisse, d'après la sénatrice libérale-radicale, touchant donc à l'autoapprovisionnement alimentaire. S'opposant au texte, tant Adèle Thorens Goumaz (verts, VD) que Roberto Zanetti (ps, SO) ont rappelé que les décisions prises à cet égard en 2021 s'inscrivaient dans le contexte des initiatives populaires visant les pesticides et les intrants fertilisants et que certains gages avaient été donnés à l'époque pour contrer les initiatives. Revenir sur ces engagements est problématique selon les deux élu.e.s. De plus, ces discussions devraient être menées en commission, et idéalement dans le cadre des travaux en cours sur la politique agricole 22+. Le ministre de l'agriculture, Guy Parmelin, a également appelé les sénatrices et sénateurs à rejeter cette motion, soulignant que la trajectoire actuelle permettra d'atteindre 11 pour cent de réduction pour les pertes d'azote et 18 pour cent pour celles de phosphore, sans prendre en considération les mesures que les interprofessions sont appelées à prendre. Une majorité d'élu.e.s (25 voix contre 18 et une abstention) a toutefois décidé de suivre la motionnaire, les voix de la gauche complétées par quelques élu.e.s du Centre et de l'indépendant Minder (SH) ne suffisant pas à faire échouer ce texte.

C'est lors d'un grand débat regroupant plusieurs objets parlementaires (Mo. 22.3567, Mo. 22.3606, Mo. 22.3610) touchant à la politique alimentaire du Conseil fédéral que la motion Gapany (plr, FR) a été traitée par le Conseil national. La sénatrice fribourgeoise, soutenue par ses collègues du Conseil des États et une majorité de la CER-CN, estime que les objectifs de réduction des pertes d'éléments fertilisants fixés par les autorités sont trop ambitieux et doivent être revus à la baisse. Représentant la commission de l'économie et des redevances, Marcel Dettling (udc, SZ) a expliqué que la position de la commission repose sur le constat que pour atteindre ces objectifs, une réduction du cheptel serait nécessaire ; une mesure rejetée par la majorité de la commission. Défendant la position minoritaire, Kathrin Bertschy (pvl, BE) s'est vertement opposée à cette motion qu'elle considère comme non-démocratique. L'élue bernoise fait référence aux différentes initiatives agricoles soumises au vote populaire (initiative pour une eau propre et potable, initiative pour une interdiction des pesticides de synthèse, initiative contre l'élevage intensif), qui ont incité le Parlement et les autorités à promettre des mesures en guise de contre-projet indirect officieux. Parmi ces mesures figure un objectif de réduction des pertes d'intrants fertilisants de 20 pour cent présenté quelques semaines avant les votations sur les pesticides. Pour Kathrin Bertschy, c'est un minimum, alors qu'il faudrait atteindre une réduction de l'ordre de 30 pour cent pour assurer une charge environnementale correcte et que les coûts externes liés à la santé de ces émissions sont énormes (les estimations parlent d'une fourchette allant de CHF 518 à 2580 millions par année).
Le Conseil fédéral, par la voix de Guy Parmelin, a également combattu ce texte, le Parlement ayant lui-même décidé de déléguer à l'exécutif la tâche de fixer un objectif de réduction de ces pertes dans le cadre de l'initiative parlementaire 19.475. Les mesures prévues par la Confédération permettraient de les réduire considérablement, alors qu'il est prévu par la loi que les interprofessions prennent elles aussi des mesures.
Au final, le Conseil national a décidé de soutenir cette motion à une très courte majorité de 93 voix contre 90 et 7 abstentions. Lorsqu'on se penche sur la répartition des voix, on constate un bloc clair formé par la gauche et le parti vert'libéral, additionné de quelques voix libérales-radicales et du Centre, tandis que l'UDC a été le seul parti à soutenir unanimement la proposition de la sénatrice Gapany. Une majorité des voix du Centre et du PLR s'y ajoutant, cela aura suffi à faire passer ce projet. Des différents objets traités lors de ce débat, c'est le seul ayant récolté une majorité en sa faveur. Le Conseil fédéral devra donc à nouveau se pencher sur les objectifs fixés au niveau de l'ordonnance.