Der Bundesrat präsentierte im Mai 2024 seine Botschaft zur Verbesserung des Hochwasserschutzes am Rhein von der Illmündung bis zum Bodensee. Die Botschaft umfasste den dafür notwendigen Staatsvertrag zwischen der Schweiz und Österreich, ein neu zu schaffendes Gesetz (das Alpenrheingesetz) sowie den entsprechenden Verpflichtungskredit für die Schweizer Beteiligung.
Wie der Bundesrat in der Botschaft ausführte, genügten die bisherigen Staatsverträge mit Österreich zum Hochwasserschutz nicht, um darauf die Umsetzung der notwendigen Erneuerungs- und Ausbaumassnahmen zur Verbesserung der Rheinregulierung basieren zu lassen. Im Zentrum des Staatsvertrags, der dem Parlament zur Genehmigung vorgelegt wurde, stand das neue Hochwasserschutzprojekt Alpenrhein, mit dem die Abflusskapazität des Alpenrheins erhöht und die Hochwasserdämme saniert werden sollen. Das Projekt soll im Rahmen der IRR umgesetzt werden. Um die Umsetzungsmodalitäten für die Schweiz zu regeln, soll ein neues Gesetz erlassen werden. Dieses Alpenrheingesetz soll insbesondere die Vertretung der Schweiz in den IRR-Organen, die Aufteilung der Kosten zwischen dem Bund und dem Kanton St. Gallen, das Controlling über die Zahlungen an die IRR sowie das St. Galler Plangenehmigungsverfahren regeln. Im Verpflichtungskredit sind schliesslich die finanziellen Konsequenzen für die Schweiz aufgeführt. Die Projektkosten sollen je hälftig aufgeteilt werden, auf die Schweiz werden somit gemäss Planung in den nächsten 27 Jahren insgesamt rund CHF 1040 Mio. zukommen. Von diesen rund CHF 1 Mrd. soll der Bund 80 Prozent und der Kanton St. Gallen 20 Prozent übernehmen.

Der Nationalrat befasste sich in der Herbstsession 2024 als Erstrat mit der Botschaft zur Verbesserung des Hochwasserschutzes am Rhein von der Illmündung bis zum Bodensee. Die Sprecher der UREK-NR, Christophe Clivaz (gp, VS) und Nicolo Paganini (mitte, SG), stellten das Geschäft, bestehend aus dem neu zu schaffenden Alpenrheingesetz, dem dazugehörigen Verpflichtungskredit sowie dem Bundesbeschluss zum entsprechenden Staatsvertrag mit Österreich vor und erläuterten, dass die vorberatende Kommission die drei Erlasse jeweils einstimmig, jedoch mit einigen Enthaltungen, zur Annahme empfehle. In den anschliessenden Fraktionsvoten erklärte Manuel Strupler (svp, TG) seitens der SVP, dass diese das Projekt nicht vollumfänglich unterstütze. Strupler argumentierte, dass das Projekt nicht nur Hochwasserschutzmassnahmen – welche die SVP durchaus unterstütze – enthalte, sondern auch Massnahmen zur Renaturierung und für den Ausbau des Naherholungsgebiets am Rhein, welche auf Kosten von momentan landwirtschaftlich genutzten Flächen gingen. Für die FDP.Liberale-Fraktion signalisierte Susanne Vincenz-Stauffacher (fdp, SG) Zustimmung zum Geschäft. Die FDP habe angesichts des angespannten Bundeshaushalts Überlegungen zum Kosten-Nutzen-Verhältnis angestellt und sei dabei zum Schluss gekommen, dass das Projekt sinnvoll und nötig sei. Der jetzige Schutz genüge nicht mehr, um die Sicherheit für die Bewohnenden sowie für den Wirtschaftsraum zu gewährleisten. Auch die SP äusserte sich wohlwollend. Martina Munz (sp, SH) mahnte, die Ausführungsarbeiten nicht auf die lange Bank zu schieben, das nächste Jahrhunderthochwasser könne schon bald wieder vor der Türe stehen. Die übrigen Fraktionen äusserten sich nicht explizit zum Geschäft, hatten aber bereits im Vorfeld Zustimmung signalisiert. Umweltminister Albert Rösti zeigte sich erfreut über die Zustimmung zum Geschäft und verwies darauf, dass sich die Relevanz des Hochwasserschutzes gerade vor wenigen Monaten wieder gezeigt habe. Rösti äusserte sich auch positiv zu den zwei Mehrheitsanträgen der UREK-NR zum Alpenrheingesetz: Der eine Antrag betraf die Einfügung eines Passus, wonach dieses Gesetz nur in Kraft trete, wenn auch gleichzeitig der in dieser Vorlage enthaltene Bundesbeschluss über die Genehmigung des Staatsvertrags zwischen der Schweiz und Österreich in Kraft tritt. Der andere Antrag beinhaltete die Ergänzung, dass bei einer etwaigen Wiederverwendung von beim Hochwasserschutzprojekt nicht verwendetem Bodenmaterial in landwirtschaftlich genutzten Böden im Hinterland von den betroffenen Landwirtinnen und Landwirten keine zusätzlichen Ausgleichsmassnahmen ergriffen werden müssen.
Eintreten wurde anschliessend ohne Gegenantrag beschlossen. Danach wurden beide Anträge zum Alpenrheingesetz stillschweigend angenommen. In der Gesamtabstimmung nahm der Nationalrat das Gesetz mit 165 zu 19 Stimmen und 5 Enthaltungen klar an. Der Bundesbeschluss über den Verpflichtungskredit der Schweizer Beteiligung wurde mit 167 zu 17 Stimmen bei 6 Enthaltungen angenommen. Der Bundesbeschluss über die Genehmigung des Staatsvertrags wurde schliesslich mit 166 zu 17 Stimmen und 7 Enthaltungen gutgeheissen. Die Ablehnungen und Enthaltungen zu den drei Vorlagen stammten jeweils aus den Reihen der SVP-Fraktion.

Der Ständerat nahm sich in der Wintersession 2024 der Verbesserung des Hochwasserschutzes am Alpenrhein an. Dieses Geschäft bestand aus dem neuen Alpenrheingesetz, dem dazugehörigen Verpflichtungskredit sowie dem Bundesbeschluss zum diesbezüglichen Staatsvertrag mit Österreich. Wie der St. Galler Ständerat Benedikt Würth (mitte) für die UREK-SR ausführte, sei dieses Projekt ein für die gesamte Region sehr wichtiges Unterfangen, da Hochwasserereignisse im unteren Rheintal für beide Länder ein erhebliches Risiko darstellten. Mit der Verbesserung der Hochwassersicherheit könnten Schätzungen zufolge potenzielle Schäden in der Höhe von CHF 13.5 Mrd. vermieden werden, so Würth in seinen Ausführungen.
Während Eintreten auf das Geschäft auch im Ständerat unbestritten war und der Bundesbeschluss über die Genehmigung des Staatsvertrags sowie der Bundesbeschluss über den Verpflichtungskredit ohne weiteres und einstimmig angenommen wurden, änderte die kleine Kammer einstimmig und auf Anraten der UREK-SR zwei Details an der nationalrätlichen Version des neu zu schaffenden Alpenrheingesetzes: Zum einen fügte der Ständerat an, dass die Geschiebeentnahme so zu verlaufen habe, dass die Abflusskapazität des Rheins nicht weniger als 4300 Kubikmeter pro Sekunde beträgt. Zudem wollte der Ständerst im selben Passus festlegen, «dass die Geschiebeentnahmen zum ordentlichen Gewässerunterhalt gehören und keine weiteren gewässerschutz- und fischereirechtlichen Bewilligungen erfordern». Zum anderen präzisierte die kleine Kammer den Passus zu den Ausgleichsmassnahmen ausserhalb des Projektperimeters, welcher vom Nationalrat eingefügt worden war. In der Gesamtabstimmung war auch das Alpenrheingesetz unbestritten und wurde einstimmig angenommen.
Aufgrund dieser Änderungen wird sich der Nationalrat ein zweites Mal mit der Vorlage auseinandersetzen.

Bereits in der ersten Runde des Differenzbereinigungsverfahrens konnte die Vorlage zur Verbesserung des Hochwasserschutzes am Alpenrhein verabschiedet werden. Der Nationalrat folgte in der Wintersession 2024 seiner Kommission und schloss sich in den zwei übrig gebliebenen Differenzen stillschweigend dem Ständerat an.

Der Nationalrat stimmte in den Schlussabstimmungen mit 162 Stimmen zu 28 Stimmen (bei 7 Enthaltungen) für die Annahme des Alpenrheingesetzes sowie mit 160 Stimmen zu 27 Stimmen (bei 10 Enthaltungen) für die Genehmigung des Staatsvertrags. Die Gegenstimmen und Enthaltungen stammten von Mitgliedern der SVP-Fraktion. Der Ständerat nahm die beiden Entwürfe jeweils einstimmig an.