Im Mai 2024 präsentierte der Bundesrat die dreiteilige Botschaft zur Finanzierung des Betriebs und Substanzerhalts der Bahninfrastruktur, der Systemaufgaben in diesem Bereich und zu Investitionsbeiträgen an private Güterverkehrsanlagen in den Jahren 2025–2028. Gemäss dem Eisenbahngesetz regelt der Bundesrat Betrieb und Unterhalt der Bahninfrastruktur sowie deren Finanzierung alle vier Jahre in einer Botschaft an das Parlament. Dabei wird eine Leistungsvereinbarung zwischen dem BAV und den Infrastrukturbetreiberinnen und -betreibern (ISB) festgelegt und ein zugehöriger Zahlungsrahmen gesprochen.

Der erste Teil der Botschaft befasste sich mit dem Zahlungsrahmen für die Finanzierung des Betriebs und Substanzerhalts der Bahninfrastruktur und den Systemaufgaben in diesem Bereich. Dabei schlug der Bundesrat für die Jahre 2025 bis 2028 einen Zahlungsrahmen von CHF 16.442 Mrd. vor. Er wollte den ISB damit rund CHF 2 Mrd. höhere Mittel zusprechen als in der vorherigen Periode. Als Grund dafür führte der Bundesrat primär den Ausgleich der Teuerung an. Finanziert wird der Zahlungsrahmen aus dem BIF, womit der Bundeshaushalt nicht direkt belastet wird. Weiter wurden in der Botschaft Ziele für die Leistungsvereinbarung zwischen dem BAV und den ISB vorgeschlagen.
Im Rahmen dieses ersten Teils der Botschaft informierte der Bundesrat auch über den Zustand der Bahninfrastruktur, welcher bei hoher Auslastung als ausreichend bis gut eingeschätzt wurde. Der Bundesrat erwartete, dass sich der Zustand mit dem beantragten Zahlungsrahmen verbessern werde.
Der zweite Teil der bundesrätlichen Botschaft sah einen Verpflichtungskredit für Investitionsbeiträge an private Güterverkehrsanlagen vor. Hier beantragte der Bundesrat für die Jahre 2025 bis 2028 Mittel in der Höhe von CHF 185 Mio. Ziel sei es dabei, den Schienengüterverkehr und die Verkehrsverlagerung zu fördern. Die Finanzierung sollte über zweckgebundene Mittel aus der Mineralölsteuer und über weitere zweckgebundene Mittel der «Spezialfinanzierung Strassenverkehr» erfolgen.
Im dritten Teil der Botschaft sollte der Verpflichtungskredit für Investitionsbeiträge an private Güterverkehrsanlagen für die Jahre 2021 bis 2024 um ein Jahr verlängert werden, um verzögerten Projekten Rechnung zu tragen.

In der Vernehmlassung, welche zwischen Juni und Oktober 2023 durchgeführt worden war, fand die Vorlage weitgehend Zustimmung. 61 von 66 Vernehmlassungsteilnehmenden hatten angegeben, den Zahlungsrahmen für die Finanzierung des Betriebs und Substanzerhalts der Bahninfrastruktur grundsätzlich zu unterstützen. Darunter fanden sich 22 Kantone sowie GLP, SP, SVP, Mitte und Grüne. Die Kantone Nidwalden, Freiburg, Glarus und Graubünden hatten die Vorlage grundsätzlich abgelehnt, da nicht alle Aspekte des Erlassentwurfs abschliessend geklärt seien. Uneinigkeit hatte betreffend die Höhe des Zahlungsrahmens bestanden, die der Bundesrat in der Vernehmlassungsvorlage noch auf CHF 15.1 Mrd. angesetzt hatte: 52 Vernehmlassungsteilnehmende hatten eine Erhöhung dieser Mittel gefordert, um den Substanzerhalt und die Modernisierung der Bahninfrastruktur gewährleisten zu können. Dazu zählten unter anderem SP, Grüne, GLP und 23 Kantone, während Mitte und SVP sowie vier weitere Vernehmlassungsteilnehmende den Zahlungsrahmen als angemessen erachtet hatten. Teilweise kritisch war sodann der Netzzustand beurteilt worden. 34 Vernehmlassungsteilnehmende – darunter die Grünen, GLP, 18 Kantone und die SBB – hatten sich besorgt über den Netzzustand gezeigt und erwarteten ohne Erhöhung des Zahlungsrahmens oder zusätzliche Massnahmen eine weitere Verschlechterung der Infrastrukturqualität.
Der Verpflichtungskredit für private Güterverkehrsanlagen war gemäss dem Ergebnisbericht in der Mehrheit der Vernehmlassungsantworten gutgeheissen worden. Gegen den Verpflichtungskredit hatten sich lediglich die SVP sowie der SGV ausgesprochen. Die SVP hatte für den Bund keinen Handlungsbedarf gesehen, da die Leistungen privater Güterverkehrsanlagen «durch den freien Markt erbracht werden sollten». Würde der Verpflichtungskredit gesprochen, müsste dieser laut der SVP über den BIF finanziert werden. Diese Haltung hatte auch der SGV vertreten, welcher die Finanzierung über die «Spezialfinanzierung Strassenverkehr» als «Zweckentfremdung» erachtete.
Aufgrund der Vernehmlassungsantworten hatte der Bundesrat beschlossen, den Zahlungsrahmen von CHF 15.1 Mrd. auf 16.442 Mrd. zu erhöhen.

Der Nationalrat beriet in der Herbstsession 2024 als Erstrat die Botschaft zur Finanzierung des Betriebs und Substanzerhalts der Bahninfrastruktur, der Systemaufgaben in diesem Bereich und zu Investitionsbeiträgen an private Güterverkehrsanlagen in den Jahren 2025–2028. Die Mehrheit der KVF-NR beantragte ihrem Rat, auf alle drei Teile der Vorlage einzutreten und dem bundesrätlichen Entwurf abgesehen von einer Anpassung im dritten Teil des Erlassentwurfs zu folgen. Für die Kommission unterstrichen Brenda Tuosto (sp, VD) und Simon Stadler (mitte, UR), wie wichtig der kontinuierliche Substanzerhalt der Bahninfrastruktur sei, um die Qualität des Eisenbahnnetzes in der Schweiz langfristig zu sichern. Auch die Mehrheit der mitberichtenden FK-NR begrüsste den bundesrätlichen Erlassentwurf und empfahl ihn ohne Änderungsvorschläge zur Annahme, wie Felix Wettstein (grüne, SO) und Alex Farinelli (fdp, TI) in deren Namen erklärten. Die Kommission sehe es als Herausforderung, dass mit jedem Ausbau der Bahninfrastruktur anschliessend auch deren Erhalt finanziert werden muss, erachte die vorliegenden Investitionen aber als notwendig. Im Grundsatz unterstützten auch alle Fraktionen die Stossrichtung der Vorlage. Für die einzelnen Teile der dreiteiligen Vorlage lagen jedoch verschiedene Minderheitsanträge vor.

Auf den ersten Teil der Vorlage, welcher den Zahlungsrahmen für die Finanzierung des Betriebs und Substanzerhalts bei CHF 16.442 Mrd. ansetzte, trat der Nationalrat ohne Gegenantrag ein. In der Detailberatung schlug eine Kommissionsminderheit Candinas (mitte, GR) vor, den Zahlungsrahmen um CHF 500 Mio. zu erhöhen. Mit den zusätzlichen Mitteln könne der Substanzerhalt langfristig gesichert werden und 70 statt wie im bundesrätlichen Entwurf vorgesehen 53 Bahnhöfe barrierefrei ausgestaltet werden. Die Mehrheit der KVF-NR hingegen sprach sich gegen diesen Antrag aus, da der Zahlungsrahmen im Zuge der Vernehmlassung bereits um CHF 1.3 Mrd. aufgestockt worden sei. Auch Bundesrat Albert Rösti lehnte den Minderheitsantrag ab, da damit lediglich Mittel für die kommenden Ausbauschritte blockiert würden, aber noch keine Sicherheit bestehe, dass tatsächlich mehr Projekte realisiert würden. Die Mehrheit der grossen Kammer – bestehend aus den Fraktionen der SVP und GLP, der Mehrheit der FDP.Liberalen-Fraktion sowie einer Minderheit der Mitte-Fraktion – lehnte den Minderheitsantrag Candinas schliesslich mit 105 zu 88 Stimmen bei 2 Enthaltungen ab. Somit wurde am bundesrätlichen Vorschlag von CHF 16.442 Mrd für die Finanzierung des Betriebs und Substanzerhalts der Bahninfrastruktur festgehalten. Einen zweiten Minderheitsantrag, welcher die Reduktion des Zahlungsrahmens um CHF 2.643 Mrd. gefordert hatte, zog Minderheitssprecher Imark (svp, SO) im Rat zurück. Laut Imark haben die SBB bestätigt, dass die Durchführung der Projekte mit dem vorgeschlagenen Zahlungsrahmen grossmehrheitlich umsetzbar sei. In der Gesamtabstimmung hiess der Nationalrat dann den unveränderten Erlassentwurf mit 192 zu 3 Stimmen (0 Enthaltungen) gut. Die ablehnenden Stimmen stammten von drei SVP-Ratsmitgliedern.

Den zweiten Teil der Botschaft bildete ein Verpflichtungskredit für Investitionsbeiträge an private Güterverkehrsanlagen in den Jahren 2025–2028 in der Höhe von CHF 185 Mio., mit welchem der schienenseitige Güterverkehr sowie die Verkehrsverlagerung gefördert werden sollten. Auch hier beantragte die KVF-NR ihrem Rat, dem bundesrätlichen Entwurf unverändert zuzustimmen. Ein Antrag auf Nichteintreten von einer Kommissionsminderheit der FK-NR vor. Die Minderheit Pahud (svp, VD) störte sich daran, das CHF 185 Mio. in den schienenseitigen Güterverkehr investiert werden, während die tatsächliche Kapazität für Gütertransporte auf der Schiene wegen dem zunehmenden Personenverkehr kontinuierlich sinke. Den Gütertransportunternehmen würden so falsche Signale gesendet, da die zusätzlichen Güter laut Pahud schlussendlich ohne Ausbau der Schieneninfrastruktur gar nicht transportiert werden könnten. Zudem kritisierte die Minderheit die Finanzierung der Investition über den NAF, welcher eigentlich für die Finanzierung von Strassen gedacht sei. Unterstützung fand Pahud schliesslich einzig in seinen eigenen Reihen: Der Nationalrat stimmte mit 129 zu 64 Stimmen (1 Enthaltung) für Eintreten, alle ablehnenden Stimmen stammten aus der geschlossen stimmenden SVP-Fraktion. In der Detailabstimmung hiess der Nationalrat den bundesrätlichen Entwurf auf Antrag seiner KVF-NR unverändert gut. Die Ausgabenbremse für den Verpflichtungskredit löste die grosse Kammer mir 135 zu 61 Stimmen, wobei die SVP-Fraktion fast geschlossen gegen die Ausgabe stimmte. Die Gesamtabstimmung fiel mit 131 zu 63 Stimmen zugunsten dieses zweiten Vorlagenteils aus. Die Gegenstimmen fanden sich wiederum unter den Vertreterinnen und Vertretern der SVP, welche mit einer Ausnahme allesamt Nein stimmten.

Mit dem dritten Teil der Vorlage wollte der Bundesrat den Rahmenkredit für Investitionsbeiträge an private Güterverkehrsanlagen in den Jahren 2021–2024 um ein Jahr bis 2025 verlängern. Die KVF-NR beantragte ihrem Rat indessen eine Verlängerung um ein weiteres Jahr bis 2026. Gemäss den Kommissionssprechenden war der 2020 gesprochene Kredit bisher noch nicht komplett ausgelastet worden, da verschiedene Projekte verzögert worden seien. Die bereits beschlossenen, aber noch nicht abgeschlossenen Projekte könnten so noch über den alten Rahmenkredit finanziert werden. Alle Fraktionen stellten sich hinter die Kommission und der Rat nahm den bundesrätlichen Entwurf inklusive der Verlängerung des Rahmenkredits um zwei Jahre stillschweigend an. Die Gesamtabstimmung fiel ebenso deutlich aus: Der Nationalrat befürwortete den Entwurf mit 194 zu 1 Stimmen ohne Enthaltung, einzig Erich Hess (svp, BE) votierte gegen die Vorlage.

In der Wintersession 2024 befasste sich der Ständerat als Zweitrat mit der Botschaft zur Finanzierung des Betriebs und Substanzerhalts der Bahninfrastruktur in den Jahren 2025–2028. Die KVF-SR beantragte ihrem Rat, den bundesrätlichen Beschluss mit einer Anpassung des Nationalrats – der Verlängerung des Rahmenkredits für Investitionsbeiträge an private Güterverkehrsanlagen um zwei Jahre – anzunehmen und somit dem Nationalrat in allen Punkten zu folgen. Marianne Maret (mitte, VS) erläuterte diese Position im Rat und kam zudem auch auf die kurz zuvor bekannt gewordenen Mehrkosten für den Ausbauschritt 2035 zu sprechen. Maret erwartete hier eine eingehende Prüfung der Alimentierung des BIF sowie grössere Diskussionen zur langfristigen Finanzierung der Bahninfrastruktur in der Schweiz.

In Anbetracht dieser Mehrkosten beantragte Damian Müller (fdp, LU) sodann, dass das Geschäft zur neuerlichen Prüfung an die Kommission zurückgewiesen werde: Diese solle zuerst überprüfen, ob die Finanzierung des Bahnausbaus über den BIF sichergestellt ist, bevor neue Gelder gesprochen werden. Gegen diesen Antrag wurden verschiedene Stimmen laut: Marianne Maret beantragte im Namen der Verkehrskommission, den Rückweisungsantrag abzulehnen. Die Kommission teile grundsätzlich die Bedenken Müllers, sie werde dazu verschiedene Anhörungen durchführen. Die Kommissionssprecherin wies dabei aber darauf hin, dass der Substanzerhalt und der Bahnausbau nicht vermischt werden dürfen. Auch verschiedene Mitglieder der KVF-SR meldeten sich zu Wort und beantragten allesamt, den Antrag Müller abzulehnen. Durch die Rückweisung des Geschäfts würde lediglich die Umsetzung wichtiger Projekte des Substanzerhalts verzögert, ohne dass die Mehrkosten im Bahnausbau reduziert werden könnten, wurde argumentiert. Die Problematik beim Bahnausbau müsse durch die Kommission eingehend, aber unabhängig vom Substanzerhalt geklärt werden. Teilweise Unterstützung fand Müller's Anliegen bei KVF-SR-Mitglied Hans Wicki (fdp, NW): Auch wenn Bahnausbau und Substanzerhalt zwar inhaltlich getrennt werden müssten, müsse die Finanzierung über den BIF gesamthaft gesichert sein. Mit einer Rückweisung könne die Finanzierung des BIF grundlegend geklärt werden, die Substanzerhaltsprojekte würden dadurch nur um wenige Monate verzögert. Bundesrat Albert Rösti ging in seinem Votum ebenfalls auf die möglichen Mehrkosten im Bahnausbau ein, beantragte jedoch die Ablehnung des Antrags Müller. Die CHF 14 Mrd., die als Mehrkosten für den Ausbauschritt 2035 angemeldet worden waren, müssten zuerst noch abschliessend überprüft werden. Danach werde das Parlament aber ein Mitspracherecht bei möglichen Projektpriorisierungen und bei Massnahmen zur Sicherung des BIF haben. Laut Bundesrat Rösti verfügt der BIF aktuell zudem über eine «genügend grosse Manövriermasse», um die Projekte der zur Debatte stehenden Vorlage zu finanzieren. Eine Rückweisung an die Kommission würde gemäss Rösti für die langfristige Sicherung des BIF keinen Mehrwert bringen, aber kurzfristig Probleme schaffen, da die Leistungsvereinbarungen mit den Bahnunternehmen nicht abgeschlossen werden könnten. Damian Müller zog seinen Antrag daraufhin zurück, forderte aber von der KVF-SR, die anfallenden Mehrkosten im Bahnausbau sowie die Alimentierung des BIF eingehend zu prüfen.

Im Anschluss stellte sich der Ständerat in der Detailberatung beinahe oppositionslos hinter die Vorlage in der vom Nationalrat verabschiedeten Variante. Den ersten Teil der Vorlage betreffend den Bundesbeschluss über den Zahlungsrahmen für die Finanzierung des Betriebs und Substanzerhalts der Bahninfrastruktur und der Systemaufgaben in diesem Bereich in den Jahren 2025–2028 nahm die kleine Kammer einstimmig und ohne Änderungen am bundesrätlichen Entwurf an. Der Verpflichtungskredit für Investitionsbeiträge an private Güterverkehrsanlagen in den Jahren 2025-2028 wurde ebenfalls diskussionslos gutgeheissen. Die zugehörige Ausgabenbremse löste der Ständerat mit 42 zu 1 Stimmen (0 Enthaltung) und die Gesamtabstimmung fiel mit 41 zu 1 Stimmen ohne Enthaltungen zugunsten des bundesrätlichen Entwurfes aus. Der dritte Teil der Vorlage, in welchem der Rahmenkredit für Investitionsbeiträge an private Güterverkehrsanlagen in den Jahren 2021-2024 gemäss Nationalratsbeschluss um zwei Jahre verlängert werden sollte, wurde ebenfalls einstimmig angenommen. Damit waren alle drei Teile der Vorlage definitiv angenommen und die Beratung des Geschäfts im Parlament erledigt.