Lors de ses séances des 3 et 4 avril 2025, la Commission des finances du Conseil national (CdF-CN) a examiné le message sur l'armée 2025 tel qu'il a été élaboré par le Conseil fédéral. L'ensemble de la CdF-CN (17 voix moins 8 abstentions) a recommandé d'entrer en matière sur cet objet. Les membres de la CdF-CN ont notamment estimé qu'il était indispensable pour la Suisse d'accroître ses investissements dans le domaine de l'armement en raison du délai de livraison important d'une partie du matériel dont a besoin l'armée. Les membres de la CdF-CN se sont donc prononcés en faveur d'un crédit d'engagement s'élevant à CHF 1,5 milliards. Pour la CdF-CN, ces investissements sont justifiés par le fait que l'armée doit augmenter ses dépenses à 1 pour cent du PIB d'ici à 2032.
En revanche, d'après la majorité de la CdF-CN, les débats autour du contre-financement de ces mesures ne sont pas encore d'actualité et devront être menés dans le cadre de l'examen des questions budgétaires de l'armée qui aura lieu en 2026.
La commission a donc rejeté, par 17 voix contre 8, une proposition de renvoi qui était justement fondée sur l'argument selon lequel toutes les informations financières, notamment en matière de contre-financement, n'étaient pas disponibles. Elle a également soutenu à l'unanimité l'arrêt de l'exploitation des avions F-5 Tiger et le programme immobilier 2025 du DDPS présenté dans ce message sur l'armée.

La Commission des finances du Conseil national (CdF-CN) s'est à nouveau penchée sur le message sur l'armée 2025 lors de ses séances des 19 et 20 mai 2025. La CdF-CN a étudié les implications budgétaires de la proposition faite par la Commission de la politique de sécurité du Conseil national (CPS-CN). Cette dernière propose d'allouer un crédit supplémentaire de CHF 1 milliard pour l'acquisition de munitions dans la cadre de la défense sol-air. Selon la CdF-CN, le fait que les crédits pluriannuels envisagés par le Parlement ne correspondent pas au budget consacré annuellement à la défense par le Parlement constitue un défi pour le département de la défense (DDPS). En effet, une situation de ce type peut par exemple conduire à un scénario dans lequel trop d'engagements financiers sont pris par rapport à ce qui pourrait réellement faire l'objet d'une acquisition dans le cadre des budgets par la suite votés par le Parlement en matière de défense. La commission qualifie ce scénario potentiel d'excédent de planification et estime que l'approbation du crédit supplémentaire proposé par la CPS-CN mènerait à une augmentation de cet excédent de planification. C'est la raison pour laquelle la CdF-CN a proposé à son conseil de ne pas approuver le crédit supplémentaire relatif à des investissements dans la défense sol-air. La commission recommande donc au Conseil national de voter pour le message sur l'armée tel qu'il a été écrit par le Conseil fédéral.