Mitte April präsentierte Bundesrat Villiger den Schlussbericht zum Neuen Finanzausgleich (NFA), der von einer gemischten Arbeitsgruppe des Bundes und der Kantone ausgearbeitet worden war. Als wichtigstes Ziel der Finanzreform nannte der Bericht die Entwirrung des Dickichts in den hoch kompliziert gewordenen Beziehungen zwischen Bund und Kantonen. Die Finanzströme sollen vereinfacht, transparent und steuerbar umgestaltet werden; falsche Anreize im Subventionswesen sollen aufgehoben werden. Im Rahmen der Aufgabenentflechtung nach dem Subsidiaritätsprinzip gehen 15 Bereiche vollumfänglich (beispielsweise Sonderschulen und Berufsberatung) und 17 teilweise (beispielsweise Zivilschutz und Denkmalpflege) in die Verantwortung der Kantone über. Für weitere sechs Aufgabenbereiche soll nur noch der Bund verantwortlich sein (beispielsweise Nationalstrassenbau, Ausrüstung der Armee und individuelle AHV- und IV-Leistungen). Einige Aufgaben sollen von den Kantonen zwingend gemeinsam mit einem Lastenausgleich erfüllt werden (z.B. Agglomerationsverkehr). Gerade kleinere Kantone könnten in der interkantonalen Zusammenarbeit, beispielsweise in der Denkmalpflege, gegenüber dem Alleingang Kosten sparen. Andererseits soll damit auch die Beteiligung aller nutzniessenden Kantone an den Zentrumslasten gesichert werden. Schliesslich soll auch ein Ressourcenausgleich zwischen finanzstarken und -schwachen Kantonen eingeführt werden. Die gesamte Neuordnung soll unter dem Strich kostenneutral sein. Es werden aber Effizienzgewinne von gut CHF zwei Mrd. erwartet.

In ersten Reaktionen stellten sich die Regierungsparteien hinter die Pläne des Bundesrates. Allerdings vermisste die SP die von ihr bereits mehrmals geforderte materielle Steuerharmonisierung. Der SBG beklagte sich über die Kantonalisierung der Wohnbauförderung und der kollektiven Leistungen der AHV/IV sowie der Berufsbildung. Der Informationsdienst für den öffentlichen Verkehr (Litra) befürchtete eine Verschiebung der Finanzierungsanteile beim Regionalverkehr zulasten der Kantone und beklagte den faktischen Rückzug des Bundesrates aus dem öffentlichen Agglomerationsverkehr.

Das im Frühjahr in die Vernehmlassung gegebene Projekt „Neuer Finanzausgleich“ (NFA) beinhaltet auch eine eingehende Überprüfung der Kompetenz- und Kooperationsordnung zwischen dem Bund und den Kantonen, aber auch der Kantone unter sich. Der Expertenentwurf enthält zudem auch Vorschläge für die Zuweisung von Rechtssetzungskompetenzen an überkantonale Organe unter Wahrung der demokratischen Entscheidungsgrundsätze.

Im Rahmen der Vernehmlassung liefen verschiedene Sozialorganisationen gegen den NFA Sturm. Pro Infirmis, Pro Senectute, Spitex und Behindertenorganisationen befürchteten einen Rückgang der Subventionen dort, wo neu die Kantone anstelle des Bundes zuständig sind. Beim Ablauf der Vernehmlassungsfrist Ende November forderten zahlreiche Organisationen eine Fristverlängerung. Die kantonalen Finanzdirektoren hatten mit einer Gegenstimme und einer Enthaltung ihre Zustimmung zum Bericht des Bundesrates beschlossen. Der Kanton Zug meldete in bezug auf den Ressourcenausgleich und insbesondere im soziodemographischen Belastungsausgleich Opposition an und Neuenburg wollte das Projekt in der vorliegenden Form überhaupt nicht akzeptieren. Die Sozialdemokraten lehnten alle Massnahmen, insbesondere bei der Neuschaffung kantonaler Kompetenzen, ab, die zu einem Leistungsabbau führen könnten. Umweltverbände warnten vor der geplanten Kantonalisierung von Aufgaben im Umweltbereich.