Ob das 2005 vom Volk angenommene und mittlerweile bereits zwei Mal verlängerte Anbau-Moratorium für gentechnisch veränderte Organismen (GVO) noch einmal für weitere vier Jahre verlängert werden soll, stand 2016 bei der Änderung des Gentechnikgesetzes erneut im Zentrum parlamentarischer Diskussionen.
Der Bundesrat schlug vor, aufgrund der weiterhin bestehenden Zweifel bezüglich der Sicherheit der Technologie sowie der fehlenden Nachfrage das bestehende Moratorium für gentechnisch veränderte Organismen für vier Jahre fortzuführen. Falls sich die Meinungen gegenüber der Thematik aber zu einem späteren Zeitpunkt ändern sollten, wolle man darauf eingestellt sein. Zu diesem Zweck befürwortete der Bundesrat eine Koexistenzregelung für GVO- und Nicht-GVO-Anbau nach Ablauf des Moratoriums. GVO-Anbau solle dann bei Bedarf in speziell abgeschirmten Anbaugebieten und innerhalb einer komplett abgetrennten Produktionskette möglich sein.

Die WBK-NR schlug nach ausgiebiger Auseinandersetzung mit dem Thema im Wesentlichen drei Änderungen des Bundesratsvorschlages vor: Die Mehrheit folgte der Meinung der SP, der Grünen und Teilen der CVP sowie der SVP, welche sich für ein unbefristetes Moratorium stark machten. Da die Forschung nicht genügend schnell bahnbrechende Ergebnisse liefere, sei es besser, im Fall von neuen Erkenntnissen den umgekehrten Weg einzuschlagen. Als zweite Verschärfung des Bundesratsvorschlages sprach sich eine überwiegende Mehrheit der Kommission gegen die Koexistenzregelung aus (18 zu 5 Stimmen bei 2 Enthaltungen). Kritisiert wurde einerseits die massive zusätzliche Bürokratie, welche für eine entsprechende Regelung notwendig wäre, andererseits, dass eine Vermischung von gentechnisch veränderten Pflanzen und herkömmlichen Pflanzen trotz aller Sicherheitsmassnahmen nicht ausgeschlossen werden könne. Drittens betonte die Kommissionsvertretung im Rat, dass es sich keineswegs um ein Technologieverbot handle. So sei die WBK-NR der Forschung stark entgegengekommen, indem bei Annahme des Kommissionsvorschlages Rahmenbewilligungen für Reihenversuche innerhalb eines besonders geschützten Areals möglich werden würden (13 zu 12 Stimmen).

In der nationalrätlichen Diskussion wurde Eintreten ohne Gegenantrag beschlossen. Auch bei der Diskussion um die Koexistenzregelung war das Urteil der grossen Kammer deutlich: Mit 142 zu 47 Stimmen und 2 Enthaltungen stimmten die Parlamentsmitglieder aus allen Fraktionen dafür, die Koexistenzregelung aus dem Gesetzesentwurf zu streichen. Die Opposition bestand aus der Mehrheit der Fraktion der FDP und Minderheiten der SVP-, CVP- und BDP-Fraktionen.
Auch bei der Debatte um die Verlängerung des Moratoriums stellten sich insbesondere die FDP und Teile der SVP gegen den verschärfenden Kommissionsvorschlag. Sie prangerten den mangelnden Einbezug der Erkenntnisse des NFP 59 an, einem vom Nationalfonds finanzierten nationalen Forschungsprogramm. Dieses hatte zum Ziel, Risiken einer Produktion von GVO in der Schweiz zu klären. Die Forscherinnen und Forscher kamen unter anderem zur Erkenntnis, dass Langzeitbeobachtungen und wissenschaftliche Studien bisher keine negativen Effekte einer kommerziellen Nutzung von gentechnisch veränderten Pflanzen auf die Gesundheit von Tieren und Menschen nachgewiesen haben. Aus diesem Grund gab es einen Minderheitsantrag von Seiten der FDP-Fraktion, welcher eine sofortige Aufhebung des GVO-Moratoriums forderte.
Bei der Abstimmung standen sich also das unbefristete Moratorium (Kommissionsmehrheit), eine Verlängerung des Moratoriums um weitere vier Jahre (Minderheit I) und eine sofortige Aufhebung des Moratoriums (Minderheit II) gegenüber. Während die sofortige Aufhebung des Moratoriums nur eine Minderheit des Rates – bestehend aus Mitgliedern der SVP-, FDP- und BDP-Fraktionen – überzeugen konnte (42 zu 144 Stimmen bei 2 Enthaltungen), wurde es bei der zweiten Abstimmung knapp. Die grosse Kammer entschied sich mit 98 zu 89 Stimmen (1 Enthaltung) dafür, das Moratorium um weitere vier Jahre, bis zum 31. Dezember 2021, zu verlängern. Somit ging der Gesetzesentwurf weiter in den Ständerat.

In der Frühjahrssession 2017 setzte sich auch der Ständerat mit der Änderung des Gentechnikgesetzes auseinander. In der Vorberatung hatte die WBK-SR mit 5 zu 5 Stimmen und Stichentscheid der Präsidentin Häberli-Koller (cvp, TG) beantragt, der Verlängerung des Moratoriums um vier Jahre zuzustimmen. Weiter sprach sie sich mit 7 zu 3 Stimmen gegen die vorgeschlagene Koexistenzregelung des Bundesrates aus.

In der parlamentarischen Debatte wurde gleich zu Beginn eine Differenz zum Nationalrat geschaffen. Entsprechend der Empfehlung des Bundesrates entschied die kleine Kammer, für die Forschung eine Ausnahme zu schaffen, welche es ermöglichen sollte, in der Forschung Organismen freizusetzen, die gentechnisch eingebrachte Resistenzgene gegen Antibiotika enthalten (24 zu 16 Stimmen bei einer Enthaltung). Dies sollte es der Schweiz erleichtern, bei internationalen Forschungsprogrammen mitzuwirken.
Bei der Frage nach der Koexistenzregelung von gentechnisch veränderten und herkömmlichen Organismen folgte der Ständerat dem Nationalrat und lehnte die vorgeschlagene Regelung des Bundesrates mit 25 zu 18 Stimmen und keiner Enthaltung ab. In der Diskussion wurde erläutert, dass man der Auffassung sei, dass die Nachfrage nach Gentech-Produkten nicht gegeben sei und deshalb der Anbau auch nicht unter den vorgeschlagenen Bedingungen erlaubt werden solle. Zudem eigne sich eine Koexistenz nicht für Schweizer Verhältnisse, da die einheimische Landwirtschaft vergleichsweise kleine Betriebe aufweise und eher kleinräumig organisiert sei.
Allerdings entschied der Ständerat eine Bestimmung anzunehmen, welcher von der grossen Kammer zuvor im Rahmen der Diskussion um die Koexistenzregelung gestrichen worden war. Diese hält fest, dass der Bund dafür sorgen soll, dass ein Monitoringsystem aufgebaut wird, welches die unerwünschte Verbreitung von gentechnisch veränderten Organismen überwacht. Gerade wenn die Schweiz offiziell GVO-frei bleibe, mache es Sinn, allfällige Verunreinigungen frühzeitig zu erkennen, so die Argumentation.
Bei der Frage nach der Verlängerung des Moratoriums stimmte die kleine Kammer dem Vorschlag des Nationalrates wiederum zu. Die Mehrheit der Ständeratsmitglieder stimmte ohne Enthaltungen mit 24 zu 18 Stimmen dafür, das GVO-Moratorium um vier Jahre bis Ende 2021 zu verlängern und lehnte somit einen Minderheitsantrag ab, welcher eine Verlängerung um acht Jahre vorsah.
Nach der Gesamtabstimmung, in welcher der Gesetzesentwurf 39 befürwortende und 2 ablehnende Stimmen erhielt (2 Enthaltungen), ging die Vorlage zur Differenzbereinigung zurück in den Nationalrat.

In der Debatte um die Änderung des Gentechnikgesetzes verblieben drei Differenzen. Die erste drehte sich um die Frage, ob im Forschungsbereich Gene freigesetzt werden dürfen, welche Resistenzen gegen Antibiotika aus der Human- oder Veterinärmedizin aufweisen. Dies war die letzten 15 Jahre in der Schweiz verboten gewesen, soll aber nach der neuen Gesetzgebung erlaubt werden, wenn es nach dem Willen des Bundesrats und des Ständerats ginge. Die nationalrätliche Kommissionsmehrheit schätzte das Risiko indes als zu gross ein und beantragte, am eigenen Ratsbeschluss festzuhalten. Eine Minderheit aus CVP- und FDP-Mitgliedern, für welche sich Christian Wasserfallen (fdp, BE) aktiv einsetzte, erachtete die Vorteile für die Schweizer Forschung als gewichtiger und stellte den Antrag, dem Beschluss des Ständerates zuzustimmen. Die Kommissionsmehrheit vermochte aber mehr Nationalratsmitglieder zu überzeugen, die Differenz blieb mit 132 zu 56 Stimmen (1 Enthaltung) bestehen.
In den beiden anderen Punkten beantragte die Kommissionsmehrheit, der Fassung des Ständerates zuzustimmen. Auch hier gab es jeweils einen Minderheitsantrag von bürgerlicher Seite. Inhaltlich ging es um die Fragen, ob ein Monitoringsystem eingeführt werden soll, welches die Verbreitung von gentechnisch veränderten Organismen überwacht, und ob ein Artikel im Gesetz stehen soll, welcher Verwaltungsmassnahmen definiert, um Zuwiderhandlungen gegen das Gentechnikgesetz zu sanktionieren. In beiden Punkten entschieden sich die Mitglieder der grossen Kammer knapp für die Artikel und somit für die Fassung des Ständerates. Das Monitoringsystem wurde mit 98 Stimmen zu 88 Stimmen und 3 Enthaltungen angenommen, die Verwaltungsmassnahmen erhielten 95 Stimmen, 92 Stimmen gingen gegen die Massnahmen ein (1 Enthaltung). Das Gentechnikgesetz wurde mit der letzten Differenz zurück an den Ständerat gegeben.

Die letzte Differenz, die Verwendung von Antibiotikaresistenzgenen in der Forschung betreffend, wurde im Ständerat behandelt. Die Mehrheit der Kommission schlug vor, bei der eigenen Fassung zu bleiben, welche die Freisetzung der umstrittenen Gene für Forschungszwecke erlauben will. Ein Minderheitsantrag aus der sozialdemokratischen Fraktion beantragte die letzte Differenz bei der Änderung des Gentechnikgesetzes aus dem Weg zu räumen, dem Nationalrat zuzustimmen und die Freisetzung der Gene nicht zu erlauben. Die Befürworter und Befürworterinnen des Antrags argumentierten, dass die Forschung im Labor von der Regelung nicht betroffen sei und dass sie glaubten, dass die Wissenschaft innovativ genug sei, um Lösungen zu finden, welche ohne Freisetzungen auskämen. Zusätzlich sei das Risiko, welches eine Freisetzung beinhalte, grösser als der daraus resultierende Nutzen.
Vor der Abstimmung nutzte Bundesrätin Leuthard nochmals die Gelegenheit, um ihren Unmut über die parlamentarischen Anpassungen des Gesetzesentwurfs kundzutun. Sie kritisierte den Entschluss der Räte, die Koexistenzregelung aus dem Gesetz zu streichen, wodurch diese einen sehr restriktiven Weg gewählt hätten. Der Ständerat beschloss trotzdem sehr knapp, der Minderheit zuzustimmen und die Freisetzung der umstrittenen Gene nicht zuzulassen, und bereinigte somit die letzte Differenz mit 21 zu 20 Stimmen (1 Enthaltung).

In den Schlussabstimmungen zur Änderung des Gentechnikgesetzes wurde der Gesetzesentwurf von beiden Räten mit 157 zu 36 Stimmen (3 Enthaltungen) bzw. 30 zu 13 Stimmen (1 Enthaltung) angenommen. Gegen die Vorlage wurde kein Referendum ergriffen.