Dans le débat sur l'avenir d'Agroscope – le centre de compétences de la Confédération pour la recherche agricole – la CSEC-CN a déposé une motion demandant au Conseil fédéral de suspendre sa réorganisation. Avant que toute nouvelle décision soit prise, la commission exige que la précédente restructuration d'Agroscope fasse l'objet d'une évaluation. Elle souhaite également attendre les résultats d'une consultation des parties prenantes concernant la nouvelle orientation d'Agroscope et son financement.
Lors des débats en chambre, la représentante francophone de la CSEC-CN, Alice Glauser-Zufferey (udc, VD) a expliqué que la commission avait délibérément décidé de maintenir sa motion, même si le sujet avait déjà été traité dans le cadre de la motion 18.3382 déposée par la CER-CN. En effet, la commission a auditionné la direction d'Agroscope durant l'été afin de s'informer sur l'avancée des réflexions quant au futur des centres de recherche. Surprise par le manque de prise en compte par la direction des décisions prises par l'Assemblée fédérale, ainsi que par l'absence de volonté de procéder à une évaluation des deux réformes précédentes (en 2014 et en 2016) la commission a décidé de maintenir sa motion.
Instigateur de cette nouvelle réforme, le ministre Johann Schneider-Ammann n'a cessé de se défendre de vouloir affaiblir Agroscope. Il a, à maintes fois, répété, que le projet que les médias ont divulgué n'était qu'une esquisse à l'état provisoire. A une question de Jean-Pierre Grin (udc, VD) sur les investissements prévus dans le futur plan de restructuration du centre de recherche agricole, le ministre de l'économie a avancé le chiffre de CHF 100 millions afin de pouvoir développer un projet attractif pour les chercheurs et chercheuses agricoles. Sans grande surprise, la motion a été largement acceptée par la chambre basse (138 voix contre 48 et 2 abstentions), contre l'avis du Conseil fédéral.