Seit drei Legislaturen sassen in der Baselbieter Regierung vier Bürgerliche (2 fdp, 1 svp, 1 cvp) und ein Linker (sp). Die Anläufe von links-grün, diese Phalanx zu brechen, waren bisher gescheitert. Auch 2011 schien das Unterfangen schwierig, da alle fünf Bisherigen wieder kandidierten. Das bürgerliche Lager trat ohne Sprengkandidat an, während die SP mit Pia Fankhauser und die Grünen mit Isaac Reber einen zweiten linken Sitz erobern wollten. Beide waren im Landrat, dem Baselbieter Parlament, aktiv. Reber hatte bereits 2007 für den Regierungsrat kandidiert. Waren damals SP und Grüne erfolglos gemeinsam gegen die traditionelle bürgerliche Zusammenarbeit („BüZa“) angetreten, wollten die Grünen diesmal nicht lediglich Juniorpartner der SP sein und begannen sehr früh mit einem aktiven und sichtbaren Wahlkampf. Auch der Sitz des wieder antretenden Urs Wüthrich (sp) würde im Zweifelsfall angenommen. Die Bürgerlichen selber traten als Team aus den vier Bisherigen Adrian Ballmer (fdp), Sabine Pegoraro (fdp), Peter Zwick (cvp) und Jörg Krähenbühl (svp) auf. Die traditionelle Zusammenarbeit war allerdings brüchig geworden, da die SVP zuerst auf einen zweiten Regierungssitz gepocht hatte, dann aber zurückgekrebst war, weil sie auf einen Rücktritt des amtsältesten Regierungsmitglieds Ballmer (fdp) während der anstehenden Legislatur spekulierte und dann auf diesen Sitz Anspruch erheben wollte. Die BüZa galt also explizit nur für die Regierungswahlen. Der Wahlkampf des bürgerlichen Quartetts war allerdings sehr lau und glich demjenigen vier Jahre zuvor, als die identischen vier Kandidierenden erfolgreich mit den gleichen Wahlslogans und praktisch deckungsgleichen Plakaten („Unser starkes Regierungs-Team“) angetreten waren.

Der engagierte Wahlkampf der Grünen zahlte sich schliesslich aus. Isaac Reber (gp) konnte überraschend einen Sitz gewinnen und lag mit 28'444 Stimmen sogar noch vor dem bisherigen Finanzdirektor Ballmer (fdp, 27'028 Stimmen), dem während des Wahlkampfes das schlechte Abschneiden des Budgets angekreidet worden war. Der grüne neue Regierungssitz ging allerdings auf Kosten der SVP: Krähenbühl lag mit 25'946 Stimmen deutlich abgeschlagen auf Rang sechs und wurde abgewählt. Anders als noch im Landrat, wo die SVP Sitze gewinnen konnte, sei dem eigentlich wenig umstrittenen Krähenbühl die allgemeine Verdrossenheit gegenüber der bisherigen bürgerlich dominierten Regierungszusammensetzung zum Verhängnis geworden – so die Medienanalysen. Krähenbühl selber wertete das Resultat nicht als Resultat eines Fukushima-Effektes, da er sich selber mit den Regierungen beider Basel öffentlich für die Abschaltung des AKW Fessenheim stark gemacht habe. Am meisten Stimmen erhielten Pegoraro (fdp, 31'148 Stimmen) und Wüthrich (sp, 30'138 Stimmen), die damit deutlich wiedergewählt waren. Auch Zwick (cvp) wurde mit 29'829 Stimmen bestätigt. Keine Chance hatte hingegen Fankhauser (sp), für die 24'398 Wahlzettel eingeworfen worden waren, und die damit zwar ebenfalls das absolute Mehr geschaffte hätte, letztlich aber zu wenig Stimmen erhielt. Ganze 22'142 Stimmen gingen an andere Kandidierende, was in Anbetracht der sehr geringen Wahlbeteiligung von 33,6% (2007: 36,2%) als Protest und Denkzettel an die Regierung gedeutet wurde. Dass die SVP als stärkste Partei im Landrat nicht mehr in der Regierung vertreten ist, wurde als erschwerend für die künftige Baselbieter Politik gewertet. Allerdings wurde Reber als Grünem mit pragmatischen und liberalen Positionen durchaus zugetraut, links-bürgerliche Allianzen zu schmieden. Sein Wahlerfolg wurde in den Medien auch mit seiner im Wahlkampf propagierten Wirtschaftspolitik erklärt, während die Bürgerlichen mit ihrer diffusen Liebe zum Kanton letztlich erfolglos hätten punkten wollen. Darüber hinaus entspreche das neue Verhältnis drei bürgerliche zu zwei links-grünen Sitzen den Baselbieter Verhältnissen besser als das bisherige bürgerlich dominierte Verhältnis von vier zu eins.

Bei den Regierungsratswahlen im Februar erhoffte sich die SP, die bisher einen Vertreter in der Regierung hatte, einen Sitzgewinn auf Kosten der Bürgerlichen. Die Regierung setzte sich vor den Wahlen nach der Formel 2 FDP, 1 SVP, 1 CVP, 1 SP zusammen. Die Bisherigen Sabine Pegoraro (fdp), Adrian Ballmer (fdp) und Urs Wüthrich-Pelloli (sp) traten wieder an, im Gegensatz zu Elsbeth Schneider-Kenel (cvp) und Erich Straumann (svp). Peter Zwick (cvp) und Jörg Krähenbühl (svp) präsentierten sich als Ersatz für letztere. Die Ausgangslage erschien mit zwei vakanten bürgerlichen Sitzen günstig für die Linke. Die neuen Kandidaten der Linken waren Regula Meschberger (sp), Eric Nussbaumer (sp) und Isaac Reber (gp). Rudolf Keller trat für die SD an. Damit gab es für die fünf Sitze im Regierungsrat neun Kandidaten. Der Wahlkampf war geprägt vom ‚Fall Pegoraro’: Der Ehemann der FDP-Regierungsrätin war wegen Urkundenfälschung und ungetreuer Geschäftsbesorgung zu einer bedingten Haftstrafe verurteilt worden. Pegoraro (fdp) beteuerte, von den Machenschaften ihres Ehemannes nichts gewusst zu haben. Es stellte sich die Frage, ob sie dennoch bei den Wahlen abgestraft werden würde. Die bürgerlichen Parteien traten im Rahmen der so genannten „BüZa“ (Bürgerliche Zusammenarbeit) erneut mit einer gemeinsamen Liste an. Diese Zusammenarbeit funktionierte allerdings nicht mehr so gut wie früher. Die SVP hatte nämlich ursprünglich auf ein bürgerliches Fünferticket gedrängt (mit 2 SVP-Vertretern statt nur einem) und gehofft, mit dieser Strategie der FDP einen Sitz im Regierungsrat abjagen zu können. Diesen Anspruch musste die SVP, nachdem sie mit der FDP darob in Konflikt geriet, jedoch begraben. Hintergrund der Spannungen zwischen den bürgerlichen Parteien war der zunehmende Wähleranteil der SVP, welche die FDP im Landrat überholt hatte. Es wurde vor den Wahlen davon ausgegangen, dass die Linke von dieser Uneinigkeit im bürgerlichen Lager profitieren und zumindest einen zusätzlichen Sitz holen würde. Bei den Wahlen im Februar blieb aber die Parteizusammensetzung im Regierungsrat entgegen der Vorhersagen gleich wie vorher: Die SP konnte keinen zweiten Sitz in der Regierung erobern. Neben den drei Bisherigen Ballmer (fdp), Wüthrich-Pelloli (sp) und Pegoraro (fdp) wurden Peter Zwick (cvp) und Jörg Krähenbühl (svp) gewählt. Zwick erzielte ein besseres Resultat als erwartet. Pegoraro (fdp) schaffte trotz der Affäre um ihren Ehemann die Wiederwahl problemlos.