Die Ausgangslage für die Regierungsratswahlen im Kanton Aargau war spannend: Zwei langjährige Regierungsräte, Ernst Hasler (svp) und Kurt Wernli (parteilos) traten nicht mehr an. Wernli war 1998 nach einer erfolgreichen wilden Kandidatur aus der SP ausgeschlossen worden. Für letztere bot sich nun nach fast zehn Jahren die Chance, wieder in die Regierung einzuziehen. Rainer Huber (cvp), Roland Brogli (cvp) und Peter C. Beyeler (fdp) traten erneut an. Die SVP strebte einen zweiten Regierungssitz an. Dies setzte die CVP unter Druck, wobei vor allem Rainer Huber, der als Bildungsdirektor eine unpopuläre Bildungsreform (das „Bildungskleeblatt“) vertrat, als gefährdet galt. Eine Rolle im Wahlkampf spielte die Frage von Frauenkandidaturen. Der Kanton Aargau hatte bisher erst eine weibliche Regierungsrätin gehabt, die Freisinnige Stephanie Mörikofer, die 2000 abgewählt worden war. Die FDP stellte neben Peter C. Beyeler (bisher) Doris Fischer-Taeschler für die Wahlen auf. Die Grünen nominierten mit Susanne Hochuli eine weitere Frau. Die SVP dagegen stellte, nachdem Frauenkandidaturen in Betracht gezogen worden waren, letztlich doch zwei Männer auf: Alex Hürzeler und Luzi Stamm. Die SP nominierte Urs Hofmann. Komplettiert wurde die Auswahl durch die Aussenseiterkandidaten René Bertschinger (Familiä-Partei), Peter Commarmot (fps), Pius Lischer (parteilos) und Pierre Singer (Freiheitliche Arbeiterpartei). Im ersten Wahlgang wurden die Bisherigen Brogli (cvp) und Beyeler mit Spitzenresultaten wieder gewählt. Ebenfalls gewählt wurde der Sozialdemokrat Urs Hofmann. Überraschenderweise schaffte auch die Grüne Susanne Hochuli den Einzug in die Regierung. Die anderen Kandidatinnen und Kandidaten erreichten das absolute Mehr nicht: Hürzeler (svp), der die Wahl nur knapp verpasste, befand sich auf dem fünften Platz, dicht gefolgt von Fischer (fdp) und Stamm (svp). Nur den achten Platz erreichte der Bisherige Rainer Huber (cvp). Die SVP entschied sich, zum zweiten Wahlgang mit Hürzeler anzutreten und forderte CVP und FDP auf, ihre Kandidaturen zurückzuziehen. Da diese darauf nicht eingingen, kam es im zweiten Wahlgang (7.2.2009) zu einem Dreikampf von CVP, FDP und SVP. In diesem schaffte Alex Hürzeler (svp) die Wahl mit einem Vorsprung von über 24 000 Stimmen auf Huber (cvp), der damit abgewählt wurde. Fischer-Taeschler (fdp) erhielt weniger als halb so viele Stimmen wie im ersten Wahlgang. Die Aargauer Exekutive setzt sich neu folgendermassen zusammen: 1 SVP, 1 SP, 1 GP, 1 CVP und 1 FDP. Die gleichzeitige Wahl von Hofmann und Hochuli bedeutet einen Linksrutsch der Regierung.

Ende November bestätigten Aargauerinnen und Aargauer nach einem lauen Wahlkampf ihre Regierung im Amt. Baudirektor Peter Beyeler (fdp) erzielte das beste Resultat, gefolgt vom Vorsteher des Departements des Innern, Kurt Wernli (parteilos), Finanzdirektor Roland Brogli und Bildungsdirektor Rainer Huber (beide cvp); Gesundheitsdirektor Ernst Hasler (svp) erreichte das absolute Mehr knapp. Weder die SP noch die SVP erreichten ihre Wahlziele: Der SP, die seit 1998 nicht mehr in der Exekutive vertreten ist, gelang es auch im dritten Anlauf nicht, mit Grossrätin Barbara Roth den Sitz zurückzugewinnen; Roth hatte sich im Nominationsverfahren mit lediglich einer Stimme Vorsprung gegen einen parteiinternen Konkurrenten durchzusetzen vermocht und verpasste das absolute Mehr deutlich. Die SVP, als wählerstärkste Partei mit nur einem Mitglied in der Regierung untervertreten, schaffte es nicht, ihren zweiten Kandidaten Alex Hürzeler, der Nationalrat Luzi Stamm ausgestochen hatte, so zu positionieren, dass er ein eigenständiges Profil bekam, ohne den angeschlagenen Gesundheitsdirektor Ernst Hasler allzu sehr zu gefährden. Die Kandidaten der EVP und der Grünen blieben trotz beherztem Wahlkampf chancenlos. Klare Siegerin der Wahlen war die CVP, die mit knapp 15% Wähleranteil zwei Regierungsräte stellt.

Ein halbes Jahr nach den Ersatzwahlen für Regierungsrat Thomas Pfisterer (fdp) wurden im Aargau Gesamterneuerungswahlen durchgeführt. Nach einer Revision des Wahlverfahrens wurden erstmals die leeren Stimmen nicht mehr zur Berechnung des absoluten Mehrs herangezogen. Von den fünf Regierungsrätinnen und Regierungsräten traten vier die Wiederwahl an. Erziehungsdirektor Peter Wertli (cvp) verzichtete nach drei Amtszeiten. Für grosse Spannung sorgte eine wilde Kandidatur aus den Reihen der CVP. Die Delegierten hatten den Rheinfelder Stadtschreiber und Fraktionspräsidenten im Grossen Rat, Roland Brogli, zu ihrem offiziellen Kandidaten gekürt. Unternehmensberater und Gemeindeammann Rainer Huber wiedersetzte sich diesem Entscheid und kandidierte auf eigene Faust. Die SP trat erneut mit Grossrätin Barbara Roth an, die bei der Ersatzwahl vom März bereits gut abgeschnitten hatte. Der vierte Neue unter den Kandidierenden war Grossrat Geri Müller von den Grünen. Wegen der geringen Hausmacht der Grünen wurden ihm geringe Chancen gegeben.

Der Wahlausgang brachte gleich zwei Überraschungen. Einmal ist die CVP, die im Grossrat nur vierstärkste Fraktion, in der neuen Legislatur gleich mit zwei Regierungsräten vertreten. Sowohl der Offizielle Brogli als auch der Wilde Huber schafften den Sprung. Andererseits wurde die freisinnige Finanzministerin Stéphanie Mörikofer abgewählt. Die übrigen Bisherigen wurden im Amt bestätigt: Mit dem besten Resultat schnitt der aus der SP ausgetretene Direktor des Innern, Kurt Wernli, ab, gefolgt von Baudirektor Peter Beyeler (fdp), der erst seit Mai im Amt stand sowie Gesundheitsdirektor Ernst Hasler (svp). Die Plätze vier und fünf wurden von den Neuen Brogli und Huber eingenommen. Erneut verpassten die Sozialdemokraten den Wiedereinzug in die Aargauer Regierung.

Nach dem überraschenden Rücktritt des Sozialdemokraten Silvio Bircher aus gesundheitlichen Gründen nach fünfjährigem Wirken war eine Vakanz im Aargauer Regierungsrat zu besetzen. Der SP-Parteitag in Aarau unterstützte den Vorschlag seiner Geschäftsleitung, die 39jährige Juristin und Grossrätin Ursula Padrutt als Kandidatin für die Regierungsrats-Ersatzwahl vom 27. September zu nominieren, mit 140:0 Stimmen. 14 Delegierte enthielten sich der Stimme aus Protest gegen das ihrer Ansicht nach undemokratische Auswahlverfahren der Geschäftsleitung. Damit sei die Vorstellung einer weiteren Kandidatur vorzeitig verhindert worden. Nachdem sich der Grossratspräsident und frühere SP-Parteipräsident Kurt Wernli entschlossen hatte, mit Unterstützung eines überparteilichen Komitees wild zu kandidieren, eskalierte der Streit zwischen Wernli und der SP-Fraktion im Grossen Rat bzw. der SP-Parteileitung. Ihm wurde ein Ausschluss aus der Partei angedroht, falls er sich nicht von seiner wilden Kandidatur zurückziehe. Anlass zu Kritik durch die SP gab auch Wernlis Unterstützungskomitee, dem vorwiegend Leute aus dem bürgerlichen und rechtskonservativen Lager angehörten. Der turbulente Wahlkampf zwischen Wernli und Padrutt erzeugte ein riesiges Presseecho und füllte die Leserbrief-Seiten. Die bürgerlichen Parteien, die auf eigene Kandidierende verzichteten, beschlossen Stimmfreigabe. Der wilde Kandidat Wernli verpasste das absolute Mehr im ersten Wahlgang bloss um 600 Stimmen und lag mit 49,6% deutlich vor der offiziellen SP-Kandidatin Padrutt (40,3%). Eine untergeordnete Rolle spielte FPS-Kandidat Peter Commarmot (8,5%). Die Wahlbeteiligung lag bei für Ersatzwahlen bemerkenswerten 45,1%.

Nach dem ersten Wahlgang vom 27. September wurde Wernli aus der SP-Ortssektion Windisch ausgeschlossen, wogegen er Rekurs einlegte. Die Ersatzwahl geriet immer mehr zur Schlammschlacht, als vertrauliche Informationen über Wernlis Lohnbezüge an die Öffentlichkeit gelangten. Dem Bezirkslehrer wurde vorgeworfen, dass er ein volles Jahresgehalt kassiere, obwohl er wegen seines Amtes als Grossratspräsident zum Teil von seinen schulmeisterlichen Pflichten dispensiert worden war. Ob dem persönlichen Hickhack drohte die politische Dimension der Wahl gänzlich unterzugehen. Am 29. November wurde Wernli bei einer angesichts des turbulent verlaufenden Wahlkampfes relativ tiefen Beteiligung von 37,2% mit fast doppelt so vielen Stimmen wie Padrutt zum Nachfolger von Silvio Bircher gewählt. Nach Leseart der unterlegenen SP bedeutete dies das Ende der Konkordanzdemokratie im Kanton Aargau; die SP würde ab sofort ihre kompromissbereite Haltung aufgeben und wieder in der Opposition politisieren. Seit 1932 war die SP stets mit einem Parteivertreter an der Macht beteiligt gewesen. Damit setzt sich die Aargauer Regierung neu aus 2 FDP, 1 CVP, 1 SVP und einem Parteilosen zusammen. Zwei Tage nach der Wahl lehnte die SP-Geschäftsleitung Wernlis Rekurs gegen seinen Parteiausschluss durch seine ehemalige Heimatsektion Windisch ab und bestätigte einstimmig dessen Parteiausschluss.

Bei den kantonalen Wahlen schwächte sich der letztjährige Aufwärtstrend der SP langsam ab. Insgesamt konnte sie ihre Mandatszahl in den Kantonsparlamenten um deren vier erweitern. Während sie in der Deutschschweiz zehn Sitze hinzu gewann, büsste sie in der Romandie deren sechs ein. Auf Exekutivebene erzielte sie zwar einen Sitzgewinn im Kanton Graubünden, verlor aber gleichzeitig je einen Sitz in den Kantonen Glarus und Waadt. Zusätzlich musste sie nach einer turbulenten Ersatzwahl im Kanton Aargau ihren einzigen Sitz an den wild antretenden, in der Folge aus der SP ausgeschlossenen Kandidaten Kurt Wernli abtreten und schied nach 66 Jahren aus der Regierung aus.

Bei den Gesamterneuerungswahlen in insgesamt acht Kantonen (AR, BE, GL, GR, JU, NW, VD, ZG) kam es parteipolitisch in sechs kantonalen Regierungen zu neuen Zusammensetzungen. Im Gegensatz zu den kantonalen Parlamentswahlen hielt der Trend nach links in den Kantonsregierungen nur bedingt an. Im Kanton Waadt wurde die links-grüne Regierungsmehrheit – die ohnehin nur aufgrund von Ersatzwahlen zustande gekommen war – nach zweijährigem Intermezzo wieder durch eine mehrheitlich bürgerliche Regierung abgelöst. SVP und LP gewannen je einen Sitz auf Kosten von SP und PdA. In Glarus verlor die SP einen Sitz an die FDP. In den Kantonen Appenzell Ausserrhoden und Zug zog die SVP zu Lasten der FDP bzw. CVP erstmals mit je einem Sitz in die Exekutive ein. Zu einem Linksrutsch kam es in Graubünden, wo die SP der CVP ein Mandat abnahm, sowie in Nidwalden, wo ein Vertreter des Demokratischen Nidwaldens trotz Verkleinerung der Exekutiven von neun auf sieben Sitze erstmals in die Regierung gewählt wurde. In den Kantonen Bern und Jura änderte sich nichts an der parteipolitischen Zusammensetzung; auch bei den Teilerneuerungswahlen in Obwalden blieb alles beim alten. Bei einer turbulenten Ersatzwahl im Kanton Aargau setzte sich der wild kandidierende Kurt Wernli gegen die offizielle SP-Kandidatin durch. Das Ausscheiden der SP aus der Regierung bedeutete das Ende der Konkordanzdemokratie in Aargau. Insgesamt verlor die CVP im Berichtsjahr vier Regierungssitze, während die SVP als Wahlsiegerin deren drei hinzu gewann. Ende 1998 wurden – nach dem Wegfall Graubündens und Nidwaldens – noch zwei Schweizer Kantone (AI, OW) rein bürgerlich regiert.

In Appenzell Ausserrhoden und Nidwalden fanden die Gesamterneuerungswahlen zum ersten Mal nicht mehr an der Landsgemeinde, sondern an der Urne statt. Zu Abwahlen kam es gleich in drei Kantonen: im Kanton Waadt büssten der Kommunist Josef Zisyadis nach nur zweijähriger Amtstätigkeit sowie der Sozialist Jean-Jacques Schwaab ihre Sitze ein. In Nidwalden wurde Robert Geering (fdp) Opfer der Verkleinerung des Regierungsgremiums. In Zug, wo die Regierung nach Proporzsystem gewählt wird, verpasste Paul Twerenbold als Drittplazierter der CVP-Liste die Wiederwahl.

Zu den Wahlsiegerinnen gehörten die Frauen: in fünf der acht Kantone, wo die Regierungen neu bestellt wurden, erhöhte sich die Sitzzahl der Frauen. In den Kantonen Graubünden und Glarus schaffte erstmals eine Frau den Sprung in die Regierung. Die Kantone Waadt und Zug stellen neu zwei, Bern erstmals drei Regierungsrätinnen. In den übrigen fünf Kantonen (AR 2, OW 2, AG 1, JU 1, NW keine) änderte sich bezüglich Frauenvertretung nichts. Von den fünf zusätzlich gewählten Frauen gehören je zwei der FDP und SP, eine der SVP an. Nach wie vor stellt die FDP mit zwölf (von 47 Regierungssitzen) die meisten Regierungsrätinnen. Gemessen am Gesamttotal ihrer Regierungssitze (31) verzeichnet aber die SP mit zehn Regierungsrätinnen weiterhin den höchsten Frauenanteil (32,3%). Insgesamt werden neu 32 von 162 Exekutivmandaten von Frauen ausgeübt, was einem gesamtschweizerischen Frauenanteil in den Kantonsregierungen von 19,8% (1997: 16,5%) entspricht. An der Spitze steht der Kanton Bern mit einem Frauenanteil von 42,9%. Vier Kantone wurden 1998 frauenlos regiert; in drei davon (NW, SH, VS) sass gar noch nie eine Frau in der Regierung.