Die Wahl des neuen ETH-Präsidenten sorgte für Unmut und Turbulenzen. Der Hirnforscher Martin Schwab, welcher als Kronfavorit für das Präsidium der ETH Zürich galt, zog seine Kandidatur im Frühjahr zurück. Ein Verteilungskampf zwischen Zürich und Lausanne überschattete die Wahl des neuen ETH-Präsidenten. Der Vorwurf der Willkür bei der Geldvergabe und beschönigte Budgetzahlen standen im Raum. Der Physiker Ralph Eichler, Direktor des Paul-Scherrer-Instituts (PSI), soll nun als neuer Präsident wieder Ruhe an der ETH Zürich herstellen. Zur Freude zahlreicher Kritiker verliess auch der ETH-Ratspräsident Alexander Zehnder den ETH-Rat per Ende 2007 aus «persönlichen Gründen». Zu seinem Nachfolger wählte der Bundesrat den ehemaligen Glarner FDP-Ständerat Fritz Schiesser. Die Zukunft des Gremiums «ETH-Rat» an sich bleibt weiterhin offen. Der neue ETH-Ratspräsident Fritz Schiesser steht vor vielfältigen Herausforderungen und muss primär den Ausgleich zwischen der ETH Zürich und derjenigen in Lausanne finden. Mit Heidi Wunderli-Allenspach wurde in der 152-jährigen Geschichte der ETH Zürich erstmals eine Frau zur Rektorin gewählt.

Die Delegiertenversammlung vom April in Glarus war ganz der Bildungspolitik gewidmet. Das Konzept „Projekte für eine intelligente Schweiz“ stellt einen der vier Schwerpunkte des freisinnigen Strategiepapiers „Eine Schweiz in Bewegung – eine erfolgreiche Schweiz“ dar. Es setzt sich für eine frühere sprachliche Förderung fremdsprachiger Kinder ein. Hochdeutsch soll die Standardsprache in Kindergarten und Basisstufe werden, fremdsprachiger Unterricht auch in anderen als Sprachfächern erlaubt sein. Die FDP möchte Noten auf allen Schulstufen wieder einführen und den Eltern die freie Schulwahl lassen. Die Delegierten stimmten ausserdem für die Einrichtung einer „Stiftung Forschung Schweiz“. Wie Nationalrat Ruedi Noser (ZH) und Gastredner Alexander Zehnder, Präsident des ETH-Rats, ausführten, soll diese Stiftung bundeseigene Gelände wie den ehemaligen Militärflugplatz Dübendorf (ZH) für die Errichtung von Forschungsparks zur Verfügung stellen.

2004 hatte der neue Präsident des ETH-Rates, Alexander Zehnder, für die beiden ETH das Recht gefordert, ihre Studierenden aktiv auswählen und eine auf Interviews gestützte Selektion vornehmen zu können. Im Frühling wollte der Nationalrat Hans Widmer (sp, LU) wissen, wie die Zulassung zum Studium geregelt sei. Gemäss Bundesrat bestünden sowohl für den Bachelor als auch für den Master klare Vorgaben. Ein Masterstudium setze grundsätzlich das Bachelordiplom einer Hochschule oder einen gleichwertigen Hochschulabschluss voraus. Inhaberinnen und Inhaber eines Bachelordiploms einer schweizerischen Universität würden zu den universitären Masterstudiengängen in der entsprechenden Fachrichtung ohne zusätzliche Anforderungen zugelassen. Für die Zulassung von spezialisierten Masterstudiengängen könnten die Universitäten jedoch zusätzliche, für alle Bewerberinnen und Bewerber identische Anforderungen stellen.

Zu Beginn des Jahres setzte eine Debatte um die Erhöhung von Studiengebühren ein. Der von economiesuisse und Avenir Suisse unterstützte Arbeitskreis Kapital und Wirtschaft schlug vor, diese von CHF 1'300 auf CHF 5'000 pro Jahr anzuheben, Stipendien und staatliche Darlehen sollten sicherstellen, dass alle, unabhängig von ihrer finanziellen Situation, an einer Universität oder Fachhochschule studieren könnten; denn der zur Zeit kostengünstige Studienzugang komme eher einer Subventionierung von besser gestellten Schichten gleich. Mit den zusätzlichen Mitteln könnten die Universitäten rund 800 neue Professuren schaffen. Der Verband der Schweizer Studierendenschaften sprach sich gegen eine Erhöhung der Studiengebühren aus, da so der Zugang zu den Hochschulen für sozial schlechter gestellte Personen erschwert werde. Auch solle das bisherige Stipendiensystem nicht durch ein System von zwingend rückzahlbaren Darlehen ersetzt werden. Der Verband der schweizerischen Hochschulstudierendenschaften, in dem die beiden ETH und die Universität St. Gallen organisiert sind, begrüsste hingegen den Vorschlag. Der Leiter des Staatssekretariats für Bildung und Forschung (SBFI), Charles Kleiber, sprach sich für nach Einkommensverhältnissen gestaffelten Studiengebühren bei gleichzeitiger Erhöhung von Stipendien und Darlehen aus; armen Studierenden sollten die Gebühren vollständig erlassen werden. Grundsätzlich hielt er eine Verdoppelung der Semesterbeiträge für sinnvoll. Der neue Präsident des ETH-Rates, Alexander Zehnder, plädierte für höhere Studiengebühren vor allem für Masterlehrgänge, wo sich die Hochschulen ihre Studierenden selber aussuchen sollten. Eine Umfrage bei Studierenden ergab, dass diese eine Erhöhung bis maximal CHF 2'000 für akzeptabel hielten. Auf den September hin erhöhten ETHZ und EPFL ihre Studiengebühren um fünf Prozent von CHF 1'100 auf CHF 1'160 pro Jahr.

Als dann der Präsident des ETH-Rates, Francis Waldvogel, im Herbst auch noch den Vorschlag machte, die Studiengebühren seien zu verdreifachen, brach die Angst vor so genannt amerikanischen Verhältnissen an den Universitäten beziehungsweise vor einer völligen Abschaffung der Chancengleichheit im Bildungsbereich aus. Die Schweizerische Rektorenkonferenz (CRUS) verschloss sich zwar einer stärkeren finanziellen Beteiligung der Studierenden nicht völlig, blieb jedoch skeptisch, wie Francis Waldvogels Vorschlag ohne grundsätzliches Überdenken des gesamten Finanzierungssystems umgesetzt werden könnte. Da Nichthochschulkantone an die Universitätskantone eine Kopfpauschale pro Studierenden bezahlten, müsste eine Erhöhung der Studiengebühren auch eine Umverteilung dieser Gelder in Form von Stipendien oder Darlehen zur Folge haben. Den zweiten Vorschlag des ETH-Präsidenten, die Privatwirtschaft bei der Finanzierung der Universitäten stärker in die Pflicht zu nehmen, hielt die CRUS für nicht minder problematisch und warnte vor einer einseitigen Begünstigung angewandter, für die Wirtschaft nützlicher Forschung. Alexander Zehnder, der im Herbst des Berichtsjahres vom Bundesrat zum Nachfolger Francis Waldvogels gewählt wurde und im Sommer 2004 das Präsidium des ETH-Rat es übernehmen wird, hielt die Frage nach einer Erhöhung der Studiengebühren für fehl am Platz, solange die Schweiz am Grundsatz festhalte, dass Ausbildung ein öffentliches Gut sei und über Steuern finanziert werde.