Im November 2020 eröffnete Bundesrat Cassis die Afghanistan-Konferenz in Genf, welche von der UNO und der afghanischen Regierung organisiert wurde. Die Veranstaltung diente der Diskussion von Möglichkeiten, um die Stabilität in Afghanistan zu stärken. In seiner Eröffnungsrede lobte Cassis die Wahlpartizipation in Afghanistan, trotz des blutigen Kriegs, und forderte eine politische Lösung des Konflikts. Die Schweiz setzt sich seit 2002 für die Förderung der Menschenrechte, die Stärkung des Rechtsstaats, die Verbesserung der Grundbildung, die landwirtschaftliche Entwicklung und die nachhaltige Nutzung von Ressourcen in Afghanistan ein. Von 2017 bis 2020 wendete sie dafür jährlich etwa CHF 26 Mio. auf. Cassis nutzte seine Anwesenheit an der Konferenz zudem für mehrere bilaterale Gespräche, unter anderem mit dem afghanischen Präsidenten Ashraf Gani und dem afghanischen Aussenminister Salahuddin Rabbani sowie mit dem deutschen Aussenminister Heiko Maas.

Angesichts der Krise in Afghanistan forderte die APK-NR Ende August 2021 mittels einer Motion einen Beitrag der Schweiz zu Stabilität und Frieden in der Region. Die Schweiz solle auch aufgrund ihrer humanitären Tradition ihre Bemühungen in Zusammenarbeit mit allen beteiligten Parteien verstärken und dem Parlament, wenn nötig, einen Nachtragskredit für die humanitäre Hilfe in Afghanistan vorlegen, der grössentechnisch mit den Hilfszahlungen für Syrien vergleichbar sei. In seiner Stellungnahme im November zeigte sich der Bundesrat besorgt über die sich verschlechternde Sicherheits- und Menschenrechtslage in Afghanistan. Die Schweiz habe Mitte September an der Afghanistan-Konferenz der UNO teilgenommen und sei bereit, ihre Guten Dienste anzubieten, sofern eine Nachfrage danach bestehe. Man habe Anfang September zudem das Budget des DEZA-Kooperationsprogramms in Afghanistan für das Jahr 2021 um CHF 33 Mio. aufgestockt, von denen CHF 23 Mio. über einen Nachtragskredit finanziert werden sollen. Auch im Jahr 2022 sei ein ausgeweitetes Budget in der Höhe von CHF 27 Mio. vorgesehen, womit sich die Schweizer Hilfe bis Ende 2022 auf CHF 60 Mio. belaufen werde. Da er die Anliegen der Motion als erfüllt ansah, beantragte der Bundesrat deren Ablehnung.

In der Frühjahrssession 2022 beschäftigte sich der Nationalrat mit der Motion der APK-NR für einen Beitrag der Schweiz zu Stabilität und Frieden in Afghanistan. Fabian Molina (sp, ZH) erklärte im Namen der Kommission, dass man im Sinne der humanitären Tradition der Schweiz zwei Schwerpunkte festgelegt habe. Einerseits solle der Bundesrat in Kooperation mit allen beteiligten Parteien die Menschenrechte und Stabilität in der Region stärken. Dafür müsse der Umgang der Staatengemeinschaft – insbesondere der Bretton-Woods-Institutionen – mit Afghanistan geklärt werden. Andererseits solle der Bundesrat dem Parlament sofern notwendig einen Nachtragskredit für humanitäre Hilfe unterbreiten. Der Umfang dieses Kredits müsse sich am jährlichen Volumen für die Hilfe in Syrien orientieren, für welche die Schweiz in den letzten zehn Jahren CHF 520 Mio. ausgegeben habe. Molina lobte das grosse Engagement von Bundesrat und Bundesverwaltung und würdigte die CHF 23 Mio., die der Bundesrat dem Parlament im September 2021 für die humanitäre Hilfe in Afghanistan beantragt hatte. Dieser Betrag sei im Nachtrag II bewilligt worden, jedoch habe sich die Situation in Afghanistan noch nicht gebessert, weshalb die humanitäre Hilfe in den Augen der Kommission nicht nur fortgeführt, sondern ausgebaut werden müsste. Aussenminister Cassis teilte mit, dass der Bundesrat die Ziele der Motion uneingeschränkt teile, diese aber als erreicht erachte und daher die Ablehnung der Motion beantrage. Die angesprochenen CHF 23 Mio. seien durch interne Umprogrammierungen um weitere CHF 10 Mio. aufgestockt worden, zusätzlich zu den CHF 27 Mio., die regulär im jährlichen Budget für Afghanistan vorgesehen seien. Man stehe auch im Austausch mit Vertretern der Taliban, jedoch ohne deren Regime anzuerkennen oder zu legitimieren. Die Schweiz habe dieses Treffen genutzt, um ihre Besorgnis über die Gewalt an der Zivilgesellschaft auszudrücken. Die grosse Kammer nahm die Motion gegen den Wunsch des Bundesrats mit 112 zu 55 Stimmen (bei 7 Enthaltungen) an. Die SVP sowie einige Mitglieder der FDP.Liberalen-Fraktion sprachen sich dagegen aus.

In der Sommersession 2022 befasste sich der Ständerat mit der Motion der APK-NR für einen Beitrag der Schweiz zu Stabilität und Frieden in Afghanistan. Ihre Schwesterkommission, die APK-SR, hatte diese in der Vorberatung deutlich abgelehnt. Eine Kommissionsmehrheit hatte den Standpunkt vertreten, dass es am Bundesrat und nicht am Parlament liege, die Prioritäten der humanitären Hilfe festzulegen. Das Instrument der Motion solle nicht genutzt werden, um den Bundesrat zur Umsetzung weiterer Massnahmen im Bereich der Entwicklungshilfe zu verpflichten.
Kommissionsprecher Pirmin Bischof (mitte, SO) erklärte, dass man die Entwicklung der Menschenrechts- und Sicherheitslage in Afghanistan zwar mit Besorgnis verfolge, die Schweiz in diesen Bereichen aber bereits tätig sei. Die Motion enthalte zwei Forderungen: die Intensivierung der guten Dienste sowie einen Nachtragskredit für die humanitäre Hilfe in der Region. Bischof hielt fest, dass die Schweiz ihr Engagement seit Eingabe der Motion bereits verstärkt habe, unter anderem habe man an verschiedenen Konferenzen teilgenommen, mit Vertretern des Taliban-Regimes gesprochen und menschenrechtliche Forderungen gestellt. Auch der zweiten Forderung nach einem Nachtragskredit sei der Bundesrat im September 2021 nachgekommen, zudem habe Bundespräsident Ignazio Cassis im März 2022 zusätzliche CHF 30 Mio. für das aktuelle Kalenderjahr in Aussicht gestellt.
Cassis erinnerte die Parlamentarier und Parlamentarierinnen daran, dass eine Krise die andere nicht verdränge und der Krieg in der Ukraine die Situation in Afghanistan aufgrund von Lebensmittelknappheiten sogar noch zuspitzen könnte. Der Bundesrat behalte daher die Situation in Afghanistan im Auge und prüfe laufend, wie sich die Schweiz einbringen könne. Die Forderungen der Motion erachtete er jedoch als erfüllt und bat daher um deren Ablehnung.
Die kleine Kammer folgte der Empfehlung ihrer Kommission und lehnte den Vorstoss stillschweigend ab.

Nach der Machtübernahme der Taliban in Afghanistan Anfang August 2021 und dem gleichzeitigen Beschluss der USA und weiterer Staaten, ihre Truppen aus Afghanistan abzuziehen und ihre Botschaften zu evakuieren, leitete auch das EDA am 14. August die Evakuation des DEZA-Kooperationsbüros in Kabul ein und schloss dieses vorübergehend. Nebst drei Schweizer Staatsangehörigen beschäftigte das Kooperationsbüro 38 lokale Mitarbeitende, die nach Einschätzung des Bundesrats von den Taliban als «westliche Kollarobateure» betrachtet werden könnten und daher an Leib und Leben gefährdet seien, berichtete die NZZ. Das EDA gab am 16. August in einer Medienmitteilung bekannt, dass man den Mitarbeitenden und ihren engsten Familienangehörigen – insgesamt 230 Personen – ein humanitäres Visum für die Schweiz gewähre und sie dem Resettlement-Kontingent anrechenen werde. Seit 2019 wird jährlich ein Kontingent von 1'500-2'000 Personen für Resettlement-Flüchtlinge definiert. Unter Resettlement versteht man in Zusammenarbeit mit dem UNHCR die dauerhafte Neuansiedlung besonders schutzbedürftiger Flüchtline unter vollem Flüchtlingsschutz.
Tags darauf schickte das VBS 10 Soldaten nach Kabul, um die Bemühungen vor Ort zu unterstützen.
Auch die Schweizer Parteien meldeten sich diesbezüglich zu Wort. Wie La Liberté am 18. August berichtete, hatte die SP innert kürzester Zeit eine Online-Petition gestartet, welche die bürokratielose Aufnahme von mindestens 5'000 afghanischen Flüchtlingen verlangte. Kurz darauf drängten die SP, die Grünen sowie zahlreiche Hilfsorganisationen gar zur Aufnahme von 10'000 Flüchtlingen, wie die NZZ festhielt. Am anderen Ende des politischen Spektrums wehrte sich die SVP gegen jegliche Art von Kontingenten.
Am 19. August schob der Bundesrat derartigen Bestrebungen jedoch einen Riegel: Bundesrätin Karin Keller-Sutter äusserte zwar Verständnis für die Forderungen, doch die Aufnahme ganzer Gruppen sei nicht möglich, wie sie vor den Medien zu Verstehen gab. Sie führte aus, dass die Lage zu instabil sei, viele Menschen zurzeit nicht aus Afghanistan ausreisen könnten und man nicht wisse, ob überhaupt Bedarf bestehe. Sobald das UNHCR überprüft habe, ob und wie viele Menschen langfristig Schutz bräuchten, müsse die Staatengemeinschaft als Ganzes und damit auch die Schweiz über eine mögliche Aufnahme entscheiden.
Dies sorgte für Kritik aus den Reihen der besagten Parteien. So kritisierte Grünen-Präsident Balthasar Glättli (gp, ZH) in der NZZ, dass der Bundesrat «ein kaltes Herz» zeige. Er müsse sich vielmehr im Sinne der humanitären Tradition der Schweiz aktiv für die Aufnahme von Flüchtlingen einsetzen. Am 23. August vermeldete das EDA, dass ein Charterflug mit medizinischem Personal und Covid-Schutzmaterial nach Usbekistan gestartet sei, um die Evakuierungsanstrengungen sämtlicher westlicher Länder zu unterstützen. In der Medienmitteilung teilte das EDA zudem mit, dass sich weiterhin 35 Schweizer Staatsangehörige in Afghanistan befänden und man deren Repatriierung vorbereite. Die Repatriierung wurde schliesslich am 27. August vom EDA für beendet erklärt, nachdem insgesamt 385 Personen aus Afghanistan in die Schweiz geflogen worden waren.
Weiterhin offen blieb die Frage, wie die Schweizer Entwicklungshilfe ihre Arbeit in Afghanistan fortzusetzen gedenke. Die Weltwoche erklärte, dass die DEZA die bestehenden Projekte anpassen und fortführen wolle und sie schon in der Vergangenheit in den von den Taliban kontrollierten Gebieten tätig gewesen sei. Anfang September beschloss der Bundesrat, das humanitäre Engagement in Afghanistan zu verstärken, indem zusätzliche CHF 33 Mio. für Hilfe vor Ort freigegeben wurden. Insgesamt würde die Schweiz über die kommenden 16 Monate CHF 60 Mio. in Afghanistan und die umliegenden Staaten investieren, erklärte der Bundesrat.

Im September 2021 nahm Bundesrat Cassis an der Afghanistan Konferenz der UNO teil, an der die Situation in Afghanistan nach der Machtübernahme durch die Taliban besprochen wurde. Das Ziel der Konferenz bestand darin, auf die grosse humanitäre Krise aufmerksam zu machen und die finanzielle Soforthilfe zu sichern. Bundesrat Cassis kündigte eine Erhöhung der Mittel für humanitäre Hilfe um CHF 33 Mio. an, womit sich die Schweizer Hilfe bis Ende 2022 auf rund CHF 60 Mio. belaufen werde. Cassis erinnerte aber auch daran, dass finanzielle Hilfe alleine nicht ausreiche, und forderte die Taliban auf, internationalen Organisationen und NGOs uneingeschränkten Zugang zur Bevölkerung zu ermöglichen. Auch die Achtung der Menschenrechte und der Minderheitenschutz müssten garantiert werden. Aussenminister Cassis traf sich im Rahmen der Konferenz unter anderem mit UNO-Generalsekretär António Guterres, um sich über die humanitäre Soforthilfe und die zukünftige internationale Entwicklungskooperation in Afghanistan zu unterhalten.

Im September 2021 reichte Nationalrätin Delphine Klopfenstein Broggini (gp, GE) eine Motion ein, mit der sie vom Bundesrat die Schaffung zusätzlicher Resettlement-Kontingente für die Aufnahme afghanischer Flüchtlinge, insbesondere von Frauen, forderte. Resettlement bezeichnet die dauerhafte Neuansiedlung besonders schutzbedürftiger Geflüchteter in einem zur Aufnahme bereiten Drittstaat. Die Motionärin verwies auf verschiedene Kantone, Gemeinden und Städte, die ihre Bereitschaft zur Aufnahme von mehr afghanischen Flüchtlingen kundgetan hätten. Der Bundesrat erklärte in seiner Stellungnahme, dass das Resettlement-Programm 2020/21 die Aufnahme von bis zu 1600 besonders vulnerabler Flüchtlinge vorsehe und auch für die Jahre 2022/23 ein Kontingent von bis zu 1600 Resettlement-Flüchtlingen beschlossen worden sei. Der Bundesrat gab jedoch zu Bedenken, dass zurzeit die Hilfe vor Ort im Vordergrund stehe, also der Schutz von intern Vertriebenen und von afghanischen Bürgerinnen und Bürgern, die in Nachbarländern Schutz suchten. Dafür setze der Bund seit September 2021 Beiträge in der Höhe von CHF 33 Mio. ein, wovon CHF 23 Mio. über einen Nachtragskredit finanziert werden. Bis Ende 2022 soll die afghanische Bevölkerung mit rund CHF 60 Mio. unterstützt werden. Aus diesen Gründen beantragte die Exekutive die Ablehnung der Motion.

Der Nationalrat befasste sich in der Sondersession 2023 mit der Motion. Nationalrätin Broggini appellierte an den Rat, den afghanischen Frauen zusätzlichen Schutz vor dem Taliban-Regime zu gewähren, welches mit seiner gewaltsamen Machtübernahme die letzten Jahrzehnte der Demokratisierung und der Emanzipation der Frauen bedrohe. Frauen seien besonders schutzbedürftig und die Hilfe vor Ort reiche schlicht nicht aus, so die Motionärin. Bundesrätin Baume-Schneider räumte zwar ein, dass sich gewisse Städte in Zusammenarbeit mit NGOs zur Aufnahme von Geflüchteten bereit erklärt hätten, bei der Frage der finanziellen Beteiligung herrsche jedoch wenig Klarheit. Die Schweiz habe seit 2021 insgesamt 602 Personen aus Afghanistan aufgenommen. Seit dem Ausbruch des Ukraine-Kriegs im Februar 2022 und dem daraus resultierenden Anstieg der Asylgesuche stehe die Schweiz unter starkem internen und externen Druck, weswegen der Sonderstab Asyl einen Aufnahmestopp per 1. April 2023 für das Ressetlement-Programm beschlossen habe. Das EJPD bereite jedoch ein neues Programm zuhanden des Bundesrates vor. Der Nationalrat folgte schliesslich der Empfehlung des Bundesrates und lehnte die Motion mit 98 zu 85 Stimmen (bei 4 Enthaltungen) ab. Die Ja-Stimmen stammten mehrheitlich von den Fraktionen der SP, der Grünen und der Grünliberalen.