Durant la session de printemps 2024, les divergences autour des voies de recours dans le projet de révision de la LBI ont engendré plusieurs allers et retours entre les deux chambres. Suite à la préférence du Conseil national pour les amendements proposés par sa commission par rapport au projet initial du Conseil des États, le dossier a été à nouveau discuté dans la chambre haute.
Lors de ce court débat, Mathias Michel (plr, ZG), au nom de la Commission de la science, de l'éducation et de la culture du Conseil des Etats (CSEC-CE), a exprimé son opposition aux amendements votés par le Conseil National, en particulier au retrait de l'effet suspensif à tous les recours, et à l'extension des motifs de recours, qui pourraient entraîner des abus et une exploitation excessive du système de recours. Il a donc appelé ses collègues à faire confiance au projet initial de la chambre haute. A l'issue de plusieurs courtes interventions, le conseiller fédéral Beat Jans a rappelé que la question de l'effet suspensif des recours vise à distinguer la règle de l'exception et que les deux options discutées permettent à l'instance de recours de décider au cas par cas. Selon le conseiller fédéral, un compromis devrait donc être possible. Le Conseil des Etats a finalement maintenu sa position et a refusé le droit de recours associatif voulu par le Conseil national.
Quelques jours plus tard, le dossier a été réexaminé par la Commission de la science, de l'éducation et de la culture du Conseil national (CSEC-CN) puis débattu en chambre. Au nom de la commission, Fabien Fivaz (vert-e-s, NE) et Katja Christ (pvl, BS) ont proposé au Conseil national d'adopter globalement la version simplifiée et plus accessible du projet de la chambre haute, privilégiant ainsi l'efficacité et la compétitivité des PME suisses. Toutefois, le Conseil national, sur conseil de sa commission a souhaité maintenir que les recours de tiers n'aient généralement pas d'effet suspensif, sauf si le tribunal ordonne à titre exceptionnel le contraire. La chambre basse a tenu à maintenir le terme « exceptionnel » dans le texte. Au vu des divergences, le projet est retourné au Conseil des Etats.
À l'issue du troisième débat sur le sujet dans la chambre haute, le Conseil des Etats a accepté, sur conseil de la commission représentée par Michel Matthias (plr, ZG), de suivre le Conseil national concernant l'effet suspensif des recours. Ainsi, sauf cas exceptionnel, un recours n'aura pas d'effet suspensif afin d'éviter les recours abusifs pour bloquer un brevet.
La conférence de conciliation ayant été évitée de justesse, les deux conseils ont procédé aux votes finaux le 15 mars. Le Conseil national a accepté sans opposition le projet de révision (191 oui, 0 non). Au Conseil des Etats, le projet a également été plébiscité sans opposition (44 oui, 0 non).