Im Mai 2020 reichte die WBK-SR einstimmig ein Postulat ein, welches sich auf die Unterstützung von nationalen Forschungseinrichtungen im Rahmen der BFI-Botschaft 2021-2024 bezog. Der Bundesrat hatte in dieser Botschaft den Technologiekompetenzzentren und den Forschungsinfrastrukturen eine gewisse Priorität eingeräumt. Den nationalen Forschungsinstitutionen, wie beispielsweise der Schweizerischen Friedensstiftung Swisspeace oder dem Schweizerischen Tropen- und Public Health-Institut, kam dabei nur eine nachgeordnete Priorität zu. Der Bundesrat solle erläutern, wie die Bundesbeiträge an nationale Forschungseinrichtungen ab 2025, also ab der übernächsten BFI-Periode, ausgerichtet werden können, dies mit dem Ziel, dass es zu keiner Streichung dieser Beiträge komme.
Der Bundesrat beantragte die Annahme des Postulats. Die kleine Kammer nahm das Postulat in der Sommersession 2020 stillschweigend an.

Im August 2020 reichte die WBK-NR ein Postulat mit dem Titel «Keine Streichung von Bundesbeiträgen an nationale Forschungseinrichtungen» ein. Es ist gleichlautend wie das bereits von ihrer Schwesterkommission eingereichte Postulat 20.3462. Der Bundesrat beantragte dieses Postulat, wie bereits das identische Postulat der WBK-SR, zur Annahme. Der Nationalrat nahm den Vorstoss in der Herbstsession 2020 stillschweigend an.

In Erfüllung der identischen Postulate «Keine Streichung von Bundesbeiträgen an nationale Forschungseinrichtungen» der WBK-SR (Po. 20.3462) und der WBK-NR (Po. 20.3927) publizierte der Bundesrat Mitte Februar 2024 den Bericht zur Förderung des Bundes von Forschungseinrichtungen von nationaler Bedeutung nach Artikel 15 des FIFG.
Im vom SBFI erstellten Bericht wurde die Finanzierung derjenigen Forschungsinstitutionen analysiert, welche über einen Assoziationsvertrag mit einer kantonalen Hochschule verbunden sind. Es handelte sich dabei um das Schweizerische Tropen- und Public-Health-Institut, swisspeace, das Institute of Oncology Research und das Institute for Research in Biomedicine sowie die Schweizer Paraplegiker Forschung. Mit der Analyse sollte herausgefunden werden, ob diese Forschungsinstitutionen möglicherweise Doppelsubventionen erhielten, da sie zum einen von einer direkten Bundesunterstützung durch das FIFG profitierten und zum anderen auch Abgeltungen der entsprechenden kantonalen Hochschulen erhielten, welche wiederum vom Bund Grundbeiträge über das HFKG bekamen. Der Bericht kam zum Schluss, dass eine Doppelsubventionierung durch das FIFG und das HFKG ausgeschlossen werden kann, weshalb sich bei den gesetzlichen Grundlagen zur Bundesunterstützung kein Anpassungsbedarf ergebe.

Die WBK-NR reichte im Januar 2021 zwei Vorstösse im Bereich der Berufsbildung ein. In einem Postulat (Po. 21.3008) forderte sie einen Bericht über die Möglichkeiten, die Transparenz bei der Verwendung von Bundesmitteln im Bildungsbereich zu verbessern. In ihrer Motion verlangte sie, dass der Bundesrat in Zusammenarbeit mit den Kantonen bis Ende 2022 einen Vorschlag zur besseren Steuerung und Planbarkeit der Berufsbildungsfinanzierung durch die Kantone erarbeitet.
Der Bundesrat beantragte die Ablehnung der Motion, da die Planbarkeit und die Steuerung der Bundesmittel in der Berufsbildung bereits gewährleistet seien. Das BBG sehe vor, dass der Bund 25 Prozent der öffentlichen Gesamtausgaben für die Berufsbildung übernimmt. Diesen Richtwert erreiche oder übertreffe der Bund seit 2012. Zudem lege der Bund im Rahmen der BFI-Botschaften jeweils den Kostenrahmen an die Berufsbildung fest, auch würden Kosten, Kostenanteile und Wachstum für die einzelnen Jahre bereits transparent ausgewiesen. Falls der Nationalrat die Motion annehme, behalte sich der Bundesrat vor, dem Ständerat einen Antrag auf Abänderung in einen Prüfauftrag vorzulegen.
Der Nationalrat befasste sich in der Frühjahrssession 2021 mit dem Vorstoss. Diana Gutjahr (svp, TG) und Philipp Kutter (mitte, ZH) erläuterten für die Kommission, dass die Planung der Berufsbildungsfinanzierung für die Kantone schwierig sei, da der Beitrag des Bundes variieren könne. Das Parlament beschliesse im Rahmen der BFI-Botschaften zwar jeweils den Zahlungsrahmen des Bundes für die Berufsbildung. Diese Mittel flössen dann aber jeweils in verschiedene Kredite, wobei die Gelder für die Kantone nur im Rahmen eines bestimmten Kredites ausbezahlt würden. Je mehr der Bund in die anderen Kredite investiere, desto weniger bleibe für die Kantone übrig. Dadurch entstehe eine finanzielle Unsicherheit für die Kantone, die mit dieser Motion behoben werden solle.
Nachdem Bildungsminister Parmelin noch einmal die Haltung des Bundesrates wiederholt hatte, nahm der Nationalrat die Motion einstimmig mit 181 zu 0 Stimmen an.

WBK-SR-Sprecher Jakob Stark (svp, TG) erläuterte die Vorteile der Motion «Bessere Steuerung und Planbarkeit in der Berufsbildungsfinanzierung», welche von der WBK-NR im Januar 2021 eingereicht worden war und nun in der Sommersession 2021 vom Ständerat behandelt wurde. Mit diesem Vorstoss solle mehr Ordnung in die Finanzierung der Berufsbildung gebracht werden. Ziel sei es, dass die Kantone mehr Planungssicherheit bekämen, indem sie die Pauschalbeiträge für die Berufsbildung unabhängig von den Berufsbildungsausgaben des Bundes erhielten. Entsprechend beantragte die Kommission die Annahme der Motion. Bildungsminister Parmelin anerkannte, dass das derzeitige System der Berufsbildungsfinanzierung komplex sei. Aus Sicht des Bundesrates sei es aber sinnvoller und realistischer, die Forderung der Motion erst im Rahmen der BFI-Botschaft 2025-2028 anzugehen. Daher lehnte der Bundesrat die Motion ab. Anschliessend stimmte der Ständerat der Motion jedoch deutlich zu – mit 35 zu 1 Stimmen, bei einer Enthaltung.

Die WBK-NR reichte im Januar 2021 zwei Vorstösse im Bereich Bildungsfinanzierung ein. Eine Motion widmete sich der Planbarkeit und Steuerung; mit einem Postulat forderte die Kommission einen Bericht bezüglich der Transparenz bei der Verwendung von Bundesmitteln im Bildungsbereich.
Die WBK-NR forderte in diesem Postulat konkret, dass der Bundesrat darüber berichtet, wie die Transparenz bei den Mittelflüssen im Bildungsbereich – vor allem im Bereich der Berufsbildung – verbessert werden könnte und welche Massnahmen dafür geeignet wären. Die Kommission wollte damit herausfinden, «wie sich zusätzliche Bundesgelder auf die Kostenbeteiligung der Kantone auswirken», respektive wie verhindert werden könne, dass solche erhöhten Bundesmittel nicht bloss zu einer Lastenumverteilung führen. Der Bundesrat zeigte sich bereit, den geforderten Bericht zu den gemeinsam verantworteten Bereichen des Bildungswesens in Zusammenarbeit mit den Kantonen zu erarbeiten. Der Nationalrat stimmte dem Postulat in der Frühjahrssession 2021 stillschweigend zu.

Das Postulat der WBK-NR über die Transparenz bei der Verwendung von Bundesmitteln im Bildungsbereich wurde in der Sommersession 2024 im Zusammenhang mit der Beratung der Botschaft zur Förderung von Bildung, Forschung und Innovation 2025-2028 durch den Nationalrat abgeschrieben.

Im März 2024 veröffentlichte der Bundesrat die Botschaft zur Förderung von Bildung, Forschung und Innovation in den Jahren 2025–2028. Diese Vorlage war äusserst umfangreich; der Bundesrat präsentierte insgesamt 12 Bundesbeschlüsse mit finanziellen Mitteln unter anderem für die Berufsbildung, die Weiterbildung, den Hochschulbereich, die Institutionen der Forschungsförderung oder auch für Innosuisse. Insgesamt beantragte der Bundesrat Mittel in der Höhe von CHF 29.2 Mrd. Er schlug zudem punktuelle Änderungen in vier Gesetzen des BFI-Bereichs (BBG; ETH‑Gesetz; HFKG, FIFG) vor. Der Bundesrat setzte sich das Ziel, auch in der kommenden BFI-Periode die hohe Qualität und die Durchlässigkeit des Schweizer Bildungssystems aufrecht zu erhalten, da sie die Basis für die persönliche Entwicklung jedes einzelnen darstellen. Zudem sollen durch den BFI-Standort Schweiz die dringend benötigten Fachkräfte für Wirtschaft und Wissenschaft ausgebildet werden. Mit der Überweisung der Botschaft an das Parlament beantragte der Bundesrat schliesslich die Abschreibung von vier Vorstössen (Po. 20.3462; Po. 20.3927; Po. 21.3008 und Mo. 21.3007).

Für die BFI-Botschaft 2025-2028 wurde erstmals eine Vernehmlassung durchgeführt, die auf grosses Interesse stiess. Auch sieben im Parlament vertretene Parteien äusserten sich im Rahmen der Vernehmlassung. Die SVP lehnte ein generelles reales Wachstum ab, mit Ausnahme des ETH-Bereichs und der Berufsbildung. Die FDP unterstützte das geplante nominale Wachstum. Die GLP wiederum verlangte, dass die finanziellen Mittel garantiert gesprochen werden und es sich bei den aufgeführten Mittel nicht um Obergrenzen handeln soll. SP und LDP forderten eine allgemeine Steigerung der vorgesehenen Mittel. Während sich die Mitte für ein reales jährliches Wachstum der Mittel um 2 Prozent aussprach, forderten die Grünen gar einen realen Mittelzuwachs um jährlich 2.5 Prozent. Auch viele weitere Vernehmlassungsteilnehmende forderten eine Erhöhung der finanziellen Mittel. Der Bundesrat konnte jedoch nicht darauf eingehen. Vielmehr musste er bekannt geben, dass er – aufgrund der anhaltenden schwierigen finanziellen Lage des Bundes – nach der Vernehmlassung gar noch Kürzungen am eigenen Entwurf habe vornehmen müssen. Dies hatte zur Folge, dass der Beitrag für den ETH-Bereich im Jahr 2025 um CHF 100 Mio. gekürzt wurde und auch alle schwach gebundenen Ausgaben eine Querschnittkürzung von 1.4 Prozent hinnehmen mussten. In der Folge resultierte in der Botschaft eine Streichung von insgesamt CHF 500 Mio. im Vergleich zur Vernehmlassungsvorlage.Einige materielle Anliegen, die im Rahmen der Vernehmlassung vorgebracht worden waren, fanden hingegen Eingang in die bundesrätliche Botschaft; so wurde etwa die einmalige Verlängerung der Bundesunterstützung für das Laufbahnprojekt «viamia» beschlossen.

In den Medien gaben diese Kürzungen viel zu reden. Die Presse griff insbesondere die Kritik des ETH-Rates auf, der darauf hinwies, dass dadurch national bedeutende Forschungsinfrastrukturprojekte und auch strategische Initiativen nicht wie geplant realisiert werden könnten. Der Präsident der ETH Zürich, Joël Mesot, doppelte nach und stellte in Aussicht, dass die ETHZ angesichts der knappen Mittel das Wachstum der Studierendenzahlen begrenzen müsse und dass die ETHZ auch über einen Einstellungsstopp nachdenke. Ende April 2024 und damit kurz vor Aufnahme der Beratungen in den zuständigen parlamentarischen Kommissionen äusserten sich der ETH-Rat, die kantonalen Universitäten, der Nationalfonds und die Akademien der Wissenschaften gemeinsam zu den geplanten Kürzungen. Aufgrund der generellen Streichung bei den schwach gebundenen Ausgaben und der Teuerung komme es in der Förderperiode 2025-2028 zu einem Nullwachstum oder gar zu einer Abnahme der Mittel bei den Hochschulen. Diese fehlenden Gelder würden zu Planungsunsicherheit führen und schränkten die Handlungsfähigkeit der Hochschulen ein, womit letztlich die Qualität von Lehre und Forschung gefährdet werde. In der Folge appellierten sie an das Parlament, die geplanten Kürzungen zurückzunehmen.

Die BFI-Botschaft 2025-2028 gab im Nationalrat Anlass zu einer intensiv geführten Debatte. In vier Sitzungen diskutierte die grosse Kammer in der Sommersession 2024 insbesondere über das Dilemma zwischen Haushaltdisziplin (Stichwort Schuldenbremse) und dem Streben nach einer qualitativ hochwertigen Bildungs- und Forschungslandschaft. WBK-NR-Sprecherin Katja Christ (glp, BS) erläuterte, dass die FK-NR, die das Geschäft ebenfalls beraten hatte, eine Mittelerhöhung für die Berufsbildung, den ETH-Bereich, die kantonalen Hochschulen und die Forschungsförderungsinstitutionen fordere. Dies entspreche einem nominalen Wachstum von 1.7 Prozent statt des vom Bundesrat vorgesehenen Wachstums von 1.6 Prozent. Die WBK-NR-Mehrheit habe diesem Antrag zugestimmt, Minderheiten der WBK-NR wollten jedoch weniger oder mehr Mittel beantragen. Die WBK-NR habe zudem auch inhaltliche Anträge eingereicht, wie Christ berichtete. Die Mehrheit der Kommission sprach sich beispielsweise im Rahmen des ETH-Gesetzes für die Erhöhung der Studiengebühren für ausländische Studierende an der ETH aus.

Nach diesen Ausführungen äusserten sich die Fraktionen zur Vorlage: Für die SP-Fraktion kritisierte Matthias Aebischer (sp, BE) den geplanten «Abbau» bei der Bildung; dieser sei ruinös und unsinnig. Die Schweiz verfüge über keine andere derartig wichtige Ressource, daher müsse grosszügig in die Bildung und Forschung investiert werden. Aebischer rügte auch das Verhalten des Bundesrates. Es gehe nicht an, eine Vernehmlassung durchzuführen, dann aber die vielen Stellungnahmen, die sich für eine Mittelerhöhung ausgesprochen hätten, nicht zu berücksichtigen. Die Grünen hielten einen Ausbau um 2.5 Prozent für notwendig, um den Status quo in der Bildung halten zu können. Wie Katharina Prelicz (gp, ZH) für die Grüne-Fraktion weiter ausführte, bedeute eine bessere Bildung auch Armutsprävention, was wiederum langfristig die Sozialwerke entlaste. Da die Grünen sich darüber hinaus auch für mehr Bildungsgerechtigkeit engagierten, lehnten sie die Erhöhung der Studiengebühren für ausländische Studentinnen und Studenten ab. Auch die GLP-Fraktion wies auf die Bildung als wichtige Grundlage für die Schweiz hin. Dieses Land habe immer wieder gezeigt, «dass Wissen und Bildung die mächtigsten Werkzeuge sind, um Wohlstand und Fortschritt zu sichern», so Corina Gredig (glp, ZH). Auch die SVP betonte, dass die Bildungs- und Forschungslandschaft der Schweiz eine wichtige Ressource sei, gleichzeitig müsse aber aufgrund der finanziellen Lage auch in diesem Bereich gespart werden, so Sprecherin Katja Riem (svp, BE) in ihrem Votum. Die Bildung und Forschung habe in den letzten Jahren überproportional viele Mittel erhalten, entsprechend begrüsse die SVP, dass die aktuelle BFI-Botschaft adäquater ausgefallen sei. Regine Sauter (fdp, ZH) von der FDP.Liberalen-Fraktion hielt fest, dass ihre Fraktion die Anträge der Kommissionsmehrheit unterstütze, weil damit gezielte Änderungen am bundesrätlichen Vorschlag vorgenommen werden könnten und insgesamt ein guter Kompromiss aus vertretbaren Kürzungen und massvollen Mittelsteigerungen entstehe. So sei es für die FDP.Liberalen beispielsweise unerlässlich, dem ETH-Bereich genügend Mittel zukommen zu lassen. Schliesslich äusserte sich Regina Durrer (mitte, NW) für die Mitte-Fraktion zum Geschäft und erläuterte, dass ihre Fraktion die Vorlage ebenfalls unterstütze und den von der Kommissionsmehrheit vorgeschlagenen Erhöhungs- respektive Kompensationsanträgen, womit sie wohl auf die Studiengebühren der ETH abzielte, folgen werde. Bildungsminister Parmelin erläuterte in seinem Votum, dass der Bundesrat mit dieser Botschaft das Ziel verfolge, dass die Schweiz in den Bereichen Bildung, Forschung und Innovation ihre Spitzenposition behalten könne. Leider zwinge die angespannte Finanzlage jedoch dazu, auch im BFI-Bereich zu kürzen. Die vorgesehenen 1.6 Prozent nominales Wachstum bedeuteten tatsächlich, dass es schwierig werde, die Ziele in all den verschiedenen Bildungsbereichen zu erreichen. Nach diesen Erklärungen wurde Eintreten ohne Gegenantrag beschlossen.

Anschliessend schritt die grosse Kammer zur Detailberatung. In zwei Blöcken wurden die zahlreichen Mehrheits- und Minderheitsanträge zu den verschiedenen Bundesbeschlüssen vorgestellt, diskutiert und darüber befunden. Meistens lagen dabei verschiedene Anträge von links-grün auf eine Erhöhung der Mittel sowie Anträge der SVP auf Minderung der Mittel vor. Der Rat folgte bei den meisten Entscheidungen seiner Kommissionsmehrheit. Folgende Beschlüsse wurden dabei gefasst: Die verschiedenen Beitragskategorien für die Berufsbildung wurden gegenüber der bundesrätlichen Version entweder etwas aufgestockt (Pauschalbeiträge) oder gemäss dem bundesrätlichen Vorschlag belassen (Höhere Berufsbildung, Projektförderung, Mittel für EHB). Hierbei setzte sich ein Mitte-Links Bündnis durch, welches dem Mehrheitsantrag von WBK-NR und FK-NR gefolgt war. Der Zahlungsrahmen für die Institutionen der Weiterbildung wurde gemäss Mehrheitsantrag der WBK-NR ebenfalls leicht erhöht. Bei den Beiträgen an die Kantone für Ausbildungsbeiträge entschied die grosse Kammer, dem Entwurf des Bundesrates zu folgen und damit gleichzeitig links-grüne Minderheitsanträge auf Erhöhung der Mittel abzulehnen. Beim viel diskutierten ETH-Bereich entschied die grosse Kammer, die Mittel gegenüber dem Vorschlag des Bundesrates um CHF 100 Mio. zu erhöhen. Der Nationalrat tat dies entsprechend einer Mehrheit der WBK-NR und der FK-NR. Gleichzeitig entschied der Rat, im Rahmen der Änderung des ETH-Gesetzes die Studiengebühren für ausländische Studierende mindestens um das dreifache zu erhöhen. Entgegen eines Antrags aus den Reihen der SVP beschloss der Nationalrat im Rahmen der Beratung des HFKG, die Studiengebühren für ausländische Studierende an den weiteren Hochschulbetrieben auf derselben Höhe wie für Schweizer Studierende zu belassen. Weiter befasste sich der Rat auch mit der Finanzierung der kantonalen Hochschulen und der Fachhochschulen. Auch in diesem Bereich resultierte durch eine mitte-links Koalition eine Erhöhung der Mittel. Beim Bundesbeschluss über die Kredite für die internationale Zusammenarbeit in der Bildung und für Stipendien an ausländische Studierende und Kunstschaffende beschloss der Rat, die Mittel für die internationale Zusammenarbeit gemäss Vorschlag des Bundesrates zu sprechen. Den vom Bundesrat vorgeschlagenen Kredit für die Stipendien an ausländische Studierende und Kunstschaffende kürzte er jedoch etwas, dies zum Widerwillen einer Minderheit von SP, Grünen und FDP.Liberalen. Die mitte-links Mehrheit des Nationalrates beschloss weiter, die Mittel für die Institutionen der Forschungsförderung um rund CHF 22 Mio. zu erhöhen und für die Innosuisse, wie vom Bundesrat beantragt, CHF 1291.6 Mio. bereitzustellen. Die Gelder für den Betriebsaufwand der Stiftung «Switzerland Innovation» wurden entgegen dem bundesrätlichen Antrag und gegen den Willen einer Minderheit von SVP und FDP. Liberale von CHF 3.8 Mio. auf CHF 12.8 Mio. aufgestockt. Gemäss Antrag der WBK-NR-Mehrheit wurden auch die Mittel für die Forschungseinrichtungen von nationaler Bedeutung leicht erhöht. Die Gelder für die Internationale Zusammenarbeit in der Forschung wurden hingegen auf Antrag der WBK-NR-Mehrheit etwas gekürzt. Der letzte Bundesbeschluss beinhaltete die Mittel für die Zusammenarbeit in der Raumfahrt. Hierbei folgte die grosse Kammer dem bundesrätlichen Entwurf und beliess die Mittel für die Beteiligung an den Programmen der Europäischen Weltraumorganisation auf der vorgeschlagenen Höhe.

In der Gesamtabstimmung nahm der Nationalrat die Vorlage mit 135 zu 56 Stimmen und 3 Enthaltungen an. Die ablehnenden Stimmen und die Enthaltungen stammten dabei von Mitgliedern der SVP-Fraktion.