Les comptes des CFF pour l'année 1990 révèlent que les objectifs du budget 1990 ont été atteints puisque l'équilibre des comptes est réalisé. Le total des produits de 5,367 milliards de francs et le total des charges de 5,364 milliards font apparaître un léger excédent de 2,7 millions de francs. L'importante augmentation des charges est due au renchérissement, à la hausse des taux d'intérêts, mais surtout à celle des frais de personnel qui atteignent 3005,7 millions (+8,2%). La participation de la Confédération s'est, elle aussi, accrue en se portant à 1702 millions de francs (+238 millions par rapport à 1989). Les contributions d'infrastructure de la régie sont, elles, en baisse: 37 millions au lieu de 102 en 1989. En 1990, les CFF ont réalisé de bons résultats dans le secteur des voyageurs en transportant 266 millions de personnes (+2,4% par rapport à 1989), ce qui représente un revenu de 1,422 milliards de francs (+3,8%), et dans le secteur des marchandises, en transportant 52 millions de tonnes (+2,1%), ce qui a rapporté 1,286 milliards de francs (+3,5%). Ce dernier résultat est notamment dû à une progression du ferroutage de 17,8%. Les investissements bruts de la régie ont également fortement crû pour se porter à 1774,8 millions de francs.

Les comptes des CFF pour l'année 1991 montrent que le projet du budget 1991 d'équilibrer les comptes ne s'est pas réalisé. La régie a enregistré en effet un déficit de 28.6 millions de francs, le total des produits étant de 5.882 milliards de francs (+9.6% par rapport à 1990) et celui des dépenses de 5.911 milliards (+ 10.2%). Le renchérissement et la hausse des taux d'intérêt, mais surtout les frais de personnel (3.277 milliards) ont rendu impossible un bilan sain. La participation de la Confédération s'est notablement accrue puisqu'elle s'est montée à 1.872 milliards de francs (+10%). Les contributions d'infrastructure des CFF sont, par contre, en légère augmentation (45 millions contre 37 en 1990). Tandis que de bons résultats étaient enregistrés dans le domaine du transport de personnes (plus de 275 millions de personnes transportées), celui du trafic de marchandises était en léger recul.

Dans son message accompagnant les comptes 1991 de la régie, le Conseil fédéral a demandé aux CFF de prendre d'importantes mesures d'économie par une gestion plus rationnelle et une diminution des prestations. Par exemple, il a proposé que les lignes dont le taux d'utilisation est inférieur à dix pour cent soient remplacées par des services d'autobus. Il a suggéré également une privatisation du trafic régional. Au parlement, des voix bourgeoises se sont également élevées pour aller dans le sens de privatisations, de suppressions de lignes ou d'une nouvelle politique du personnel. Pour la gauche, au contraire, il s'agit de ne surtout pas réduire les prestations, mais plutôt d'assainir la dette de l'entreprise. Chacun a toutefois reconnu l'échec du mandat de prestations de 1987.
Pour la première fois, les CFF ont publié le compte des résultats par ligne. Ce bilan fait apparaître que seules huit des 61 lignes régionales des CFF sont rentables et que pour une vingtaine d'entre elles, la couverture des coins est de moins de 50 pour cent. Au contraire, 25 lignes intercity et directes sur 35 sont rentables, la première d'entre elles étant le tronçon Berne–Zurich.

Les comptes 1992 des CFF montrent une dégradation de la situation par rapport à 1991, ce qui, outre des problèmes structurels (frais de personnel, charge des intérêts), fut principalement dû à la conjoncture économique difficile. Le déficit enregistré fut de CHF 136 millions, le total des produits étant de 6.2 milliards (+5.4%) et celui des charges de 6.33 milliards (+7.2%). La participation de la Confédération a encore augmenté pour se fixer à CHF 1.99 milliard (+ 6.3%). Si le trafic voyageur a légèrement diminué, la récession économique s'est surtout fait sentir dans le trafic marchandise (-6.6% de tonnage transporté).

Les comptes 1998 des CFF, derniers comptes en tant que régie fédérale, se sont soldés par un déficit de CHF 21 millions. Ce déficit est inférieur de CHF 6 millions à celui qui avait été inscrit au budget 1998. Les CFF ont transporté davantage de passagers et de marchandises en 1998 qu'en 1997, mais les recettes ont diminué. Les produits de ces résultats se sont montés à CHF 6,448 milliardset les charges à CHF 6,469 milliards. Le secteur de l'infrastructure a dégagé un excédent de recettes de CHF 12 millions, alors que le secteur transport a connu un déficit de CHF 33 millions. En dépit d'un chiffre de 12'485 millions de voyageurs-kilomètres (+0,8%), les recettes du trafic voyageurs ont diminué de CHF 22 millions (1,4%) par rapport à 1997. Le trafic régional et le trafic à grandes distances ont tous deux reculé.

Le Conseil fédéral a approuvé le Budget de la nouvelle société CFF SA pour l'année 1999. Il tient compte de la convention sur les prestations et du plafond des dépenses qui ont été adoptés par le parlement. Pour 1999, un bénéfice de quelque sept millions de francs est attendu sur des recettes globales de CHF 7'269 millions. Ce bénéfice devrait se réaliser dans le secteur des transports, dont les charges ont été prévues à CHF 3'963 millions et les recettes à CHF 3'970 millions. Selon la convention sur les prestations, les CFF sont tenus de réaliser un bénéfice dans ce secteur. Concernant le trafic voyageurs, les relèvements tarifaires devraient permettre d’accroître les recettes et de compenser l'augmentation de la TVA. Dans le trafic marchandises, les recettes devraient à nouveau reculer, malgré la croissance du volume transporté. Le secteur de l'infrastructure sera tenu d’obtenir un résultat équilibré au moyen de rationalisations et d’un plan ciblé en matière d'entretien et d'investissements. Pour 1999, le budget de la Confédération sera chargé de l'indemnisation des prestations de service public du trafic régional (CHF 414 millions) et du trafic combiné des marchandises (CHF 108 millions), et des prestations d'infrastructure définies dans le plafond des dépenses (CHF 1'304 millions). (Pour les résultats d'exploitation en 2000, voir ici.)