Im August 2015 verabschiedete der Bundesrat den Voranschlag 2016 und rechnete mit einem ordentlichen Finanzierungsdefizit von CHF 400 Mio. Budgetierten Einnahmen von CH 66,7 Mrd. stellte die Regierung Ausgaben in der Höhe von CHF 67,1 Mrd. gegenüber. Aufgrund der konjunkturellen Eintrübung durch die Aufhebung des Mindestkurses hätten die Einnahmenschätzungen deutlich nach unten korrigiert werden müssen, so der Bundesrat. Um die Vorgabe der Schuldenbremse, die aufgrund der schwachen Wirtschaft ein maximales Defizit von CHF 601 Mio. zugelassen hätte, einhalten zu können, seien deshalb substanzielle Bereinigungsmassnahmen notwendig geworden. Im Vergleich zum Finanzplan 2016-2018 schlug der Bundesrat Einsparungen von CHF 1,3 Mrd. vor, die zusammen mit dem CHF 630 Mio. starken und 2016 greifenden Konsolidierungs- und Aufgabenüberprüfungspaket (KAP 2014) zu einem Nullwachstum der budgetierten Ausgaben führte.

In der Wintersession 2015 beschäftigten sich die Räte mit dem Voranschlag 2016, der vom Bundesrat im August verabschiedet worden war und Einsparungen im Umfang von CHF 1,3 Mrd., davon nach Angaben von Finanzministerin Widmer-Schlumpf rund CHF 870 Mio. Querschnittkürzungen, vorsah. Der als Erstrat fungierende Ständerat schuf in der ersten Lesung nur gerade eine Differenz zum Budgetvorschlag des Bundesrates. Auf Antrag seiner Finanzkommission (FK-SR) hiess er diskussionslos eine Aufstockung des Budgets für die Dachverbände der Familienorganisationen um CHF 770'000 auf neu CHF 2 Mio. gut. Ein Minderheitsantrag Häberli-Koller (cvp, TG), der die Ausfuhrbeiträge für landwirtschaftliche Verarbeitungsprodukte („Schoggigesetz“) um CHF 26,7 Mio. auf CHF 94,6 Mio. erhöhen wollte, scheiterte knapp mit 21 zu 23 Stimmen. Ebenso wurden Einzelanträge der Ständeräte Engler (cvp, GR), der die Beiträge an Schweiz Tourismus (19 zu 25 Stimmen) und für die Exportförderung (18 zu 23 Stimmen) aufstocken wollte, und Baumann (cvp, UR), der die Direktzahlungen an die Landwirtschaft auf dem Niveau des Vorjahres (CHF 2,8 Mrd.) belassen wollte (19 zu 21 Stimmen), abgelehnt. Grössere Anpassungen am bundesrätlichen Vorschlag nahm der Nationalrat vor. Gleich zu Beginn der Verhandlungen nahm die grosse Kammer mit 103 zu 84 Stimmen den Antrag einer von SVP, FDP und GLP unterstützen Minderheit Vitali (fdp, LU) an, die die Sach- und Betriebsausgaben des Bundes um CHF 125 Mio. kürzen und damit auf das Niveau des Jahres 2014 zurückschrauben wollte. Die von einer Minderheit Schibli (svp, ZH) geforderten Querschnittskürzungen bei den Bundesausgaben (CHF 3,1 Mrd.) und beim Personalaufwand (CHF 162 Mio.) gingen dem Nationalrat dann aber zu weit und wurden deutlich abgelehnt. Hingegen hiess die grosse Kammer mit 92 zu 91 Stimmen eine von einer Minderheit Pieren (svp, BE) geforderte Reduktion der Mittel für Massnahmen im Bereich der Geschlechtergleichstellung um CHF 2 Mio. gut. Der Landwirtschaft sprach der Nationalrat für 2016 indes mehr Mittel zu, als vom Bunderat vorgesehen gewesen war. Bei den Direktzahlungen an die Bauern und beim Schoggigesetz folgte die grosse Kammer mit 125 zu 56 Stimmen bzw. 117 zu 72 Stimmen den Mehrheitsanträgen ihrer Finanzkommission (FK-NR) und sprach sich dafür aus, die Beiträge im Vergleich zu 2015 nicht zu kürzen. In der zweiten Lesung hielt der Ständerat in sämtlichen Punkten am Vorschlag des Bundesrates fest, wobei bei den landwirtschaftlichen Differenzen wiederum nur wenige Stimmen den Ausschlag gaben. Der Nationalrat schwenkte seinerseits in der zweiten Lesung bei einer Differenz auf die Linie des Ständerates um. Mit 112 zu 77 Stimmen sprach er sich gegen die Budgetkürzung bei den Massnahmen zur Gleichstellung aus. Die gesamte SVP und ein Drittel der FDP-Liberalen-Fraktion hatten für die Kürzung gestimmt. Von den verbleibenden Differenzen konnte in der dritten und letzten Beratungsrunde dann nur noch eine bereinigt werden. Die kleiner Kammer folgte mit 23 zu 21 Stimmen einer Minderheit Hösli (svp, GL) und stimmte damit dem Vorschlag des Nationalrats zu, die Landwirtschaft nach 2015 auch 2016 mit Direktzahlungen in der Höhe von CHF 2,8 Mrd. zu unterstützen. Damit musste der Voranschlag wie bereits im Vorjahr vor die Einigungskonferenz.

Da auch nach drei Verhandlungsrunden nicht alle Budgetdifferenzen zwischen den Räten bereinigt werden konnten, musste am 16. Dezember 2015 eine Einigungskonferenz zum Voranschlag 2016 tagen. Diese empfahl den Räten, bei den Ausfuhrbeiträgen für landwirtschaftliche Verarbeitungsprodukte ("Schoggigesetz") und den Investitionskrediten für die Landwirtschaft dem Nationalrat zu folgen und diese damit im Vergleich zum Budgetvorschlag des Bundesrates um CHF 26,7 Mio. bzw. CHF 5 Mio. zu erhöhen. Hingegen empfahl sie bei der Frage, ob bei den Sach- und Betriebsausgaben des Bundes wie vom Nationalrat gefordert zusätzliche Querschnittkürzungen in der Höhe von CHF 125 Mio. vorgenommen werden sollten, und beim Thema der Forschungsförderung, die die grosse Kammer um CHF 5 Mio. kürzen wollte, dem Ständerat zu folgen und auf Kürzungen zu verzichten. Der Ständerat folgte den Empfehlungen und hiess den Vorschlag der Einigungskonferenz mit 37 zu 6 Stimmen gut. Der Nationalrat stimmte mit 92 zu 70 Stimmen für den Antrag. Eine Minderheit Aeschi (svp, ZG), die sich mit der Einigungskonferenz nicht einverstanden zeigte und das Budget platzen lassen wollte, war auch deshalb unterlegen, weil sich nicht weniger als 33 Ratsmitglieder (23 SVP, 8 FDP und 2 CVP) ihrer Stimme enthalten hatten. Damit gehörten die Bauern wie bereits im Vorjahr zu den grossen Gewinnern der Budgetberatungen, aus denen schliesslich ein Voranschlag 2016 resultierte, der rund CHF 94 Mio. über dem bundesrätlichen Vorschlag lag. Das Budget sah somit ein Defizit von CHF 496 Mio. vor. Die Vorgaben der Schuldenbremse wurden mit einem strukturellen Überschuss von CHF 104 Mio. eingehalten.

In der Sommersession 2016 befassten sich die Räte mit dem Nachtrag I zum Voranschlag 2016, der 22 Nachtragskredite im Umfang von insgesamt CHF 397 Mio. umfasste. Davon entfielen CHF 353 Mio. auf den Asylbereich. Im Budget war man von rund 26'000 neuen Asylgesuchen ausgegangen, tatsächlich waren dann aber fast 39'500 Gesuche gestellt worden. Bereits im Dezember 2015 hatten aufgrund des anhaltenden Migrationsdrucks aus Syrien, Afghanistan und Teilen Afrikas im Asylbereich über CHF 200 Mio. in Form von Nachtragskrediten gesprochen werden müssen. Daran störte sich im Nationalrat die SVP-Fraktion. Nationalrat Keller (svp, NW) sprach von einer "gross angelegten illegalen Zuwanderung", die man nicht unterstützen dürfe. Die SVP votierte in der grossen Kammer dann auch geschlossen gegen den Nachtrag I und sorgte für die einzigen Gegenstimmen (125 zu 64 Stimmen; Ständerat einstimmig). Die weiteren Kredite des Nachtragpakets, unter anderem die Verstärkung von Massnahmen im Bereich der Kommission für Technologie und Innovation (KTI) (CHF 15,8 Mio.), die Weiterentwicklung des nationalen Sicherheitsfunksystems Polycom (CHF 13,8 Mio.) und Massnahmen zur Bekämpfung von Terrorismus (CHF 6,3 Mio.), waren allesamt unbestritten gewesen. Damit resultierten Mehrausgaben von 0,6% der budgetierten Gesamtausgaben (Durchschnitt 2009-15: 0,2%).

In der Wintersession 2016 behandelten die Räte den Nachtrag II zum Voranschlag 2016. Dieser enthielt 13 Nachtragskredite im Umfang von CHF 131.5 Mio., allesamt in Form von finanzierungswirksamen Aufwandkrediten. Wie bereits beim Nachtrag I zum Voranschlag 2016 im Sommer 2016 sowie beim Nachtrag II zum Voranschlag 2015 entfiel der grösste Teil dieser Aufwendungen auf den Asylbereich (CHF 98.8 Mio.). Bereits im Sommer 2016 war angekündigt worden, dass womöglich ein zweiter Kredit nötig werden würde, da die geschätzte Zahl von Asylgesuchen bis Ende 2016 von anfangs 24'000 (Voranschlag 2016) auf 35'000 Gesuche korrigiert werden musste. Insgesamt bewilligte das Parlament 2016 damit nachträglich CHF 366 Mio. für den Asylbereich. Die übrigen nachträglich beantragten knapp CHF 33 Mio. wurden insbesondere für Betriebsbeiträge an die Fachhochschulen (CHF 15 Mio.), für internationale Organisationen (CHF 6.7 Mio.) sowie IV-Ergänzungsleistungen (CHF 5 Mio.) benötigt. Zudem beinhaltete der Nachtrag II einen der Schuldenbremse nicht unterstellten Verpflichtungskredit von CHF 12 Mio. für Planungs- und Vorbereitungsarbeiten für den Erweiterungsneubau des Genfer Sitzes der Internationalen Fernmeldeunion. Im Jahr 2016 wurden somit insgesamt 528,3 Millionen Franken per Nachtrag bewilligt, was zu einer Erhöhung der Ausgaben des Bundes um 0,7 Prozent geführt hat. Im Vergleich zu den Nachtragskrediten der letzten sieben Jahre liegt dieser Wert deutlich über dem Durchschnitt (durchschnittl. Nachträge 2009-2015: CHF 431 Mio. resp. 0.5%). Dennoch beträgt der verbleibende strukturelle Überschuss gemäss Juni-Hochrechnung des EFD CHF 2.4 Mrd. – folglich erfüllt das Budget 2016 die Vorgaben der Schuldenbremse. Nachdem die nachträglichen Mehrausgaben für den Asylbereich in der Sommersession 2016 im Nationalrat noch zu einer geschlossenen Ablehnung des Nachtrags I durch die SVP-Fraktion geführt hatten, war der Nachtrag II zum Voranschlag 2016 im Parlament kaum umstritten. Die Finanzkommissionen des National- und Ständerats (FK-NR und FK-SR) stimmten dem bundesrätlichen Entwurf einstimmig zu, der Nationalrat nahm ihn mit 172 zu 19 Stimmen und einer Enthaltung an und auch der Ständerat sprach sich mit 41 zu 1 Stimme und einer Enthaltung für den Nachtrag II zum Voranschlag 2016 aus.

In der Staatsrechnung 2016 schloss der Bundeshaushalt mit einem ordentlichen Überschuss von rund CHF 750 Mio. Dieser kam dank Mehreinnahmen in der Höhe von CHF 300 Mio. und Minderausgaben von CHF 1 Mrd. zustande. Die Schuldenbremse hätte für 2016 ein konjunkturbereinigtes Defizit von CHF 0.7 Mrd. zugelassen, der strukturelle Überschuss von CHF 1.5 Mrd. wird entsprechend dem Ausgleichskonto gutgeschrieben, auf dem sich nun CHF 26 Mrd. befinden. Zudem konnten die Bruttoschulden um CHF 5 Mrd. auf CHF 98 Mrd. reduziert werden, was 15.2 Prozent des BIP entspricht und einen international rekordtiefen Verschuldungswert darstellt.
Der Einnahmeüberschuss ist vor allem auf Mehreinnahmen bei der direkten Bundessteuer zurückzuführen. Diese kamen unter anderem durch hohe Vorauszahlungen bei der direkten Bundessteuer aufgrund der Negativzinsen zustande, zudem führten Letztere auch bei den Agios (also bei den Aufpreisen auf Bundesanleihen) aus der Aufstockung von Anleihen zu grösseren Einnahmen. Negativ wirkten sich hingegen insbesondere die Rückzahlungen der Verzugszinsen bei der Verrechnungssteuer auf den Bundeshaushalt aus. Insgesamt sanken die ordentlichen Einnahmen gegenüber dem Vorjahr um CHF 0.6 Mrd. (-0.8%) trotz Anstieg des nominalen BIP (0.7%) und einer expandierenden Wirtschaftsleistung (1.3%). Die Minderausgaben sind hauptsächlich auf einen Minderbedarf bei den Passivzinsen, bei den Zahlungen an AHV und IV sowie bei den nicht ausbezahlten Millionen für das EU-Forschungsprogramm Horizon 2020 zurückzuführen. Dennoch wuchsen die ordentlichen Ausgaben im Vergleich zum Vorjahr um 1.6 Prozent an, wobei der Anstieg in den Bereichen "Verkehr" und "Soziale Wohlfahrt" – aufgrund des Bahninfrastrukturfonds und der Migrationsausgaben – am stärksten war. Hinzu kommen ausserordentliche Einnahmen von CHF 478 Mio., wovon rund ein Drittel aus Bussen der Wettbewerbskommission (CHF 170 Mio.), ein Drittel aus der Nachlassliquidation der Swissair (CHF 165 Mio.) und ein Drittel aus der letzten Zahlungstranche für die Vergabe der Mobilfunklizenzen aus dem Jahr 2012 (CHF 144 Mio.) stammt. Werden diese ausserordentlichen Einnahmen berücksichtigt, beträgt der Überschuss CHF 1.2 Mrd.
Sowohl die EFK als auch die Finanzkommissionen des National- und Ständerats empfahlen nach ausführlicher Prüfung der Rechnung des Bundes sowie der Sonderrechnungen einstimmig und ohne Einschränkung deren Genehmigung. Entsprechend stimmten sowohl Stände- als auch Nationalrat allen vier Bundesbeschlüssen über die eidgenössische Staatsrechnung 2016, über die Rechnung des Bahninfrastrukturfonds 2016, über die Rechnung des Infrastrukturfonds 2016 sowie über die Rechnung der Eidgenössischen Alkoholverwaltung 2016 einstimmig zu.