Lors du débat au Conseil national, la majorité des groupes s'est prononcée pour l'entrée en matière. Certains (PDC) ont insisté sur la nécessité de préserver l'environnement dans le cadre de ce projet, d'autres (AdI et PL) se sont inquiétés de l'explosion des coûts de la NLFA. Les écologistes, en revanche, ont proposé de ne pas entrer en matière; ils remettaient globalement en cause le phénomène de la mobilité croissante et jugeaient les NLFA absurdes. Les démocrates suisses se sont également prononcés pour le renvoi, estimant que Alptransit était une ingérence de la CE dans la souveraineté helvétique. Les automobilistes ont fait de même, car ils désiraient que Bruxelles prenne en charge les 25 pour cent du financement qui doivent être puisés dans la caisse sur le produit des droits d'entrée sur les carburants. La Chambre a cependant accepté le projet de sa commission. Celui-ci, afin de répondre aux désirs des régions concernées et de pouvoir prendre en compte les contraintes locales, laisse une certaine flexibilité dans la localisation des entrées et sorties des tunnels. De la sorte, les autres revendications (venant notamment de Zurich, du Valais, de Lucerne et du Tessin) n'ont pas été retenues. En outre, de nombreuses propositions ont été rejetées. Ce fut notamment le cas, principalement pour des raisons financières, de celles de certains élus valaisans qui ont repris le projet de leur canton (Y). Il en alla de même de celles des députés alémaniques Biel (adi, ZH) et Luder (udc, BE) qui désiraient renoncer à la construction du tunnel du Lötschberg. Celles dés socialistes et des écologistes, qui visaient à obtenir des garanties supplémentaires en faveur de la protection de l'environnement et à prendre des mesures contraignantes afin de faire passer le trafic de transit de la route au rail, furent également repoussées.

La contestation contre divers projets élaborés dans le cadre de Rail 2000 s'est poursuivie, de nombreuses variantes étant suggérées afin, notamment, de ménager l'environnement. Le tronçon Mattstetten (BE)-Rothrist (AG) fut particulièrement sur la sellette puisqu'il fut l'objet des motions Luder (udc, BE) (89.434) et Wiederkehr (adi, ZH) (89.422) dont les dispositions enjoignent au Conseil fédéral de veiller à ce que les CFF traitent sur un plan d'égalité les propositions des cantons et organisations concernés avec la leur propre et que le parlement puisse se prononcer sur les surcoûts occasionnés par le choix d'un tracé correspondant aux voeux de ces régions. Ces textes ont été transmis comme postulats par le Conseil national.

Während sich bei der Frage der Linienwahl der NEAT die Kantone darum reissen, dass die neue Verbindung bei ihnen durchführe, zeigte sich bei den ersten Schritten zur Realisierung der im Vorjahr vom Volk beschlossenen Bahn 2000, dass der heftigste Widerstand gegen die Neubaustrecken aus den betroffenen Kantonen kommt. In der Detailplanung zum Vorprojekt berücksichtigten die SBB zwar einige Vorschläge der Anwohner und der Kantonsbehörden zur Linienführung zwischen Mattstetten (BE) und Rothrist (AG) sowie auf dem Solothurner Ast. Die auch von den Kantonsregierungen Berns und Solothurns unterstützten Begehren nach zusätzlichen Untertunnelungen, welche Mehrkosten in der Höhe von rund CHF 400 Mio verursachen würden, lehnten die Bundesbahnen aus finanziellen Gründen jedoch ab. Der Bundesrat zeigte sich in seiner Antwort auf eine Einfache Anfrage (DA 88.1012) Luder (svp, BE) freilich bereit, dem Parlament unter Umständen einen Zusatzkredit zur Realisierung von umweltfreundlicheren Lösungen zu unterbreiten. Widerstand gegen die Bahn 2000 hat sich nun ebenfalls im Kanton Baselland formiert. Auch dort verlangte die Opposition, dass die neue Linie grösstenteils unter den Boden zu legen sei. Im Nationalrat kam die Bahn 2000 in mehreren Vorstössen zur Sprache: Die Volkskammer überwies in Postulatform Forderungen für die Erarbeitung eines langfristigen Bauplans (Po. 87.97), für Zusatzkredite für Umweltschutzmassnahmen im Raume Solothurn (Po. 88.553), für ein Lärmschutzkonzept (Po. 88.798) und für die Suche nach möglichst umweltschonenden Lösungen mit grosszügigen Entschädigungen für die durch den Bahnbau betroffenen Landwirte (Po. 87.943) (siehe auch Ip. 87.938).