Ende Jahr beschloss der Bundesrat seine nächsten Schritte für eine weitere Unternehmenssteuerreform, um die in der Schweiz tätigen Firmen von unnötigen Steuerlasten zu befreien und die Position der Schweiz im internationalen Standortwettbewerb zu stärken. Dazu sollen die Emissionsabgabe abgeschafft und steuerliche Hindernisse bei der Finanzierungstätigkeit von Konzernen beseitigt werden. Zudem schlug der Bundesrat Anpassungen bei den kantonalen Holding- und Verwaltungsgesellschaften vor. In- und ausländische Erträge dieser Gesellschaften sollen, wie von der EU verlangt, künftig gleichbehandelt werden. Der Bundesrat beauftragte das EFD, eine Vernehmlassungsvorlage auszuarbeiten.

Als Folge eines Steuerstreits mit der Europäischen Union (EU) bereitete der Bundesrat die Unternehmenssteuerreform III vor. Die EU hatte die Schweiz seit Jahren aufgefordert, die Spezialregime für Statusgesellschaften (u.a. Holdinggesellschaften) abzuschaffen. Im Zentrum der Kontroverse stand das sogenannte „ring-fencing“, d.h. die tiefere Besteuerung von ausländischen gegenüber inländischen Gewinnen. Bei einem sich abzeichnenden Wegfall dieser Steuerprivilegien drohten die Abwanderung solcher Statusgesellschaften und erhebliche Steuerausfälle für die Kantone. Davon betroffen waren vor allem die Zentrumskantone, deren Steuersubstrat am stärksten von diesen Spezialgesellschaften abhing. Um ein solches Szenario abzuwenden, setzte das Eidgenössische Finanzdepartement (EFD) im September eine Projektorganisation für die Unternehmenssteuer III ein. Diese setzte sich paritätisch aus je vier Bundes- und KantonsvertreterInnen zusammen und stand unter der Leitung der Bundesrätin Eveline Widmer-Schlumpf. Im Vordergrund standen eine Ausarbeitung von EU-kompatiblen Steuermodellen, die Untersuchung der Auswirkungen auf die Haushalte der Kantone und eine allfällige Anpassung des interkantonalen Ressourcenausgleichs.

Im Verlauf des Berichtsjahres entwickelte eine Projektorganisation unter der Leitung von Bundesrätin Eveline Widmer-Schlumpf die Stossrichtung der geplanten Unternehmenssteuerreform III. Im Mai legte die Arbeitsgruppe einen Zwischenbericht vor. Dieser empfahl im Falle einer Abschaffung oder Anpassung der kantonalen Spezialregime für Statusgesellschaften im Zusammenhang mit dem Steuerstreit mit der EU die Einführung von Ersatzmassnahmen, damit die Standortattraktivität der Schweiz aufrecht erhalten werden konnte. Die Massnahmen mussten allerdings internationalen Standards genügen. Soweit es die Kantone für erforderlich hielten, sollten sie ihre Gewinnsteuersätze senken. Zudem waren weitere steuerliche Massnahmen für die Stärkung der Standortattraktivität vorgesehen. Zur Debatte standen die Abschaffung der Emissionsabgabe auf Eigenkapital sowie die Einführung von Steuerprivilegien für Erträge aus geistigem Eigentum (so genannte Lizenzboxen). Im Rahmen der daran anschliessenden Konsultation stiess der Zwischenbericht auf breite Zustimmung. Der Bundesrat beauftragte im Dezember die Projektorganisation, eine weitere Konsultation bei den Kantonen durchzuführen, damit im Folgejahr eine Vernehmlassungsvorlage ausgearbeitet werden konnte.

Nachdem im Vorjahr eine Projektorganisation unter der Leitung von Bundesrätin Eveline Widmer-Schlumpf einen Zwischenbericht zur Unternehmenssteuerreform III vorgelegt hatte, der auf breite Zustimmung gestossen war, präsentierte der Bundesrat im September 2014 seine Vernehmlassungsvorlage zur Unternehmenssteuerreform III. Diese enthält eine Liste mit Reformpunkten, die der drohenden Einbusse der Standortattraktivität bei einer Abschaffung der Sonderregeln der Kantone für Holdings und andere Spezialgesellschaften entgegenwirken sollen. Zur Vernehmlassung standen unter anderem die bereits vielerorts diskutierte Einführung neuer Steuerprivilegien in den Kantonen für Erträge aus geistigem Eigentum (sogenannte Lizenzboxen), die Abschaffung der Emissionsabgabe auf Eigenkapital, ein Systemwechsel beim Beteiligungsabzug und eine Reduktion der Dividendenbesteuerung. Zudem enthielt die Vernehmlassungsvorlage auch eine Kapitalgewinnsteuer, mit der, laut Bundesrat, CHF 300 Mio. der 800 Mio. Mindereinnahmen auf Bundesebene aufgefangen werden könnten. Weitere CHF 250 Mio. beabsichtigte der Bundesrat mit der Einstellung von 75 zusätzlichen Steuerinspektoren zu kompensieren. Um die rund CHF 1,7 Mrd., die Kantone und Gemeinden durch die Anpassungen in Zukunft fehlen würden, auf das vom Bundesrat kommunizierte Opfersymmetrieverhältnis von 50:50 abfedern zu können, beabsichtige der Bundesrat, den Kantonsanteil der direkten Bundessteuer von 17% auf 20,5% zu erhöhen. Der Bericht zur Vernehmlassungsvorlage zur Unternehmenssteuerreform III wird Mitte 2015 erwartet.

Im März 2015 veröffentlichte der Bundesrat den Vernehmlassungsbericht zur Unternehmenssteuerreform III (USR III). Die Vernehmlassungsvorlage hatte er im vorangegangenen September präsentiert. Aus dem Bericht ging hervor, dass die strategische Stossrichtung der Vorlage von den Kantonen, Parteien und übrigen Organisationen grundsätzlich als richtig und zielführend erachtet wurde. So wurde die Abschaffung der international nicht mehr akzeptierten Sonderregeln der Kantone für Holdings und andere Spezialgesellschaften und die Schaffung einer sogenannten Lizenz- oder Patentbox auf kantonaler Ebene grossmehrheitlich gutgeheissen. Auch die vorgeschlagenen Anpassungen im Bereich der Kapitalsteuer wurden, mit Ausnahme von linken Parteien und einigen Gewerkschaften, positiv beurteilt. Bei der Einführung einer zinsbereinigten Gewinnsteuer auf überdurchschnittlich hohem Eigenkapital und bei der Abschaffung der Emissionsabgabe auf Eigenkapital gingen die Meinung indes weit auseinander. Während die Kantone diese in erster Linie aus finanzpolitischen Gründen ablehnten, stiessen die Massnahmen bei den bürgerlichen Parteien und bei den Vertretern der Wirtschaft auf grosse Befürwortung. Diametral dazu standen die Meinungen bei den Anpassungen im Bereich der Teilbesteuerungsverfahren. Hier sprachen sich die Wirtschaft und die bürgerlichen Parteien gegen eine Vereinheitlichung aus; die Mehrzahl der Kantone befürwortete diese. Auf wenig Gegenliebe stiess die Idee einer Kapitalgewinnsteuer auf Wertschriften. Diese wurde nur von zwei Kantonen und den links-grünen Parteien positiv beurteilt. Neben den vom Bundesrat eingebrachten steuerpolitischen Massnahmen regte eine Vielzahl der Teilnehmerinnen und Teilnehmer die Einführung einer aufwandseitigen Förderung von Forschung und Entwicklung (Inputförderung) an. Zudem sprachen sich verschiedene Akteure auch für die Schaffung einer privilegierten Besteuerung der Frachtschifffahrt (Tonnage-Tax) aus. Den finanzpolitischen Massnahmen standen die Vernehmlassungsteilnehmer fast ausschliesslich positiv gegenüber. Die Kantone schlugen vor, den Kantonsanteil an der direkten Bundessteuer von 17% auf 21,2% zu erhöhen. Dadurch sollten und wollten sie mehr Spielraum bei der Senkung der kantonalen Gewinnsteuersätze erhalten.

Am 5. Juni 2015 verabschiedete der Bundesrat die Botschaft zum Bundesgesetz über die Unternehmenssteuerreform III (USR III), mit dem er den Unternehmensstandort Schweiz stärken wollte. Neben dem Ersatz der zwar attraktiven, aber international nicht mehr akzeptierten Sonderregelungen im Bereich der Unternehmensbesteuerung durch neue, international unbestrittene Regelungen, sah die Reform vor, dass der Bund die Kantone finanziell unterstützt, sodass diese zur Erhaltung der Steuerattraktivität ihre Gewinnsteuersätze senken können. Die steuerpolitischen Massnahmen sahen konkret die Schaffung steuerlicher Ermässigungen für Gewinne aus Patenten (Patentbox), die in der Vernehmlassung eingebrachten Abzüge für Forschungs- und Entwicklungsaufwendungen (Inputförderung) und Erleichterungen bei der Kapitalsteuer vor. Weitere steuerliche Massnahmen umfassten Regelungen im Bereich der stillen Reserven und der Emissionsabgabe auf Eigenkapital. Hingegen verzichtete der Bundesrat auf die Aufnahme einer Art Pauschalbesteuerung von Frachtschiffen (Tonnage-Tax). Ein juristisches Gutachten hatte gezeigt, dass diese Massnahme in Konflikt mit verfassungsrechtlichen Vorgaben stehen könnte. Finanzpolitisch wollte der Bundesrat den Kantonen mit einer Erhöhung ihres Anteils an der direkten Bundessteuer von 17 auf 20,5% unter die Arme greifen. In der Vernehmlassung hatten die Kantone für eine Erhöhung auf 21,2% plädiert. Zudem beabsichtigte die Regierung, aufgrund der neuen Rahmenbedingungen den Finanzausgleich (NFA) anzupassen. In den ersten Jahren nach Inkrafttreten sollten die ressourcenschwachen Kantone zudem mit einen Ergänzungsbeitrag (CHF 180 Mio.) unterstützt werden. Der Bundesrat schätzte, dass die Reform beim Bund zu Mindereinnahmen im Bereich von CHF 1,3 Mrd. jährlich führen würde – mögliche Veränderungen der Unternehmenslandschaft (Zu- und Abwanderung von Unternehmen) ausgenommen.

Im Dezember 2015 befasste sich der Ständerat erstmals mit dem Bundesgesetz über die Unternehmenssteuerreform III (USR III), das der Bundesrat im Juni präsentiert hatte und mit dem er den Unternehmensstandort Schweiz zu stärken beabsichtigte. Der Vorschlag des Bundesrats verfolgte zwei Stossrichtungen: Zum einen sollten die international nicht mehr akzeptierten Steuerermässigungen von Holding-, Domizil- und gemischten Gesellschaften abgeschafft werden, zum andern plante der Bundesrat, die Kantone bei der Senkung der Gewinnsteuersätze, die formell kein Bestandteil der USR III waren, finanziell zu unterstützen. Die Stossrichtungen der Vorlage waren in ihren Grundzügen in der kleinen Kammer unbestritten. In den Detailfragen beschlossen die Ständerätinnen und Ständeräte indes einige Differenzen zum Bundesrat. Mit 26 zu 19 Stimmen folgten sie dem Antrag der vorberatenden Wirtschaftskommission (WAK-SR), die sich mit 7 zu 4 Stimmen für die Beibehaltung der Emissionsabgaben auf Eigenkapital ausgesprochen hatte. Dies sei kein zentraler Punkt der Reform. Zudem liessen sich so jährlich rund CHF 230 Mio. sparen, argumentierte Ständerat Zanetti (sp, SO) im Namen der Kommissionsmehrheit. Eine Minderheit Keller-Sutter (fdp, SG) hatte für den Vorschlag des Bundesrats Partei ergriffen – erfolglos. Auch bei der Frage, wie hoch Dividenden künftig besteuert werden sollten, schuf der Ständerat eine Differenz zur Regierung. Der Antrag der WAK-SR, dem Vorschlag des Bundesrates zu folgen und die Teilbesteuerung von Dividenden auf 70% zu vereinheitlichen, scheiterte mit 19 zu 26 Stimmen an einem Minderheitsantrag Schmid (fdp, GR), der den Kantonen in dieser Frage weiterhin die Federführung überlassen wollte. Die Erhöhung hätte dem Bund CHF 100 Mio. und den Kantonen rund CHF 330 Mio. Mehreinnahmen pro Jahr beschert. Eine Minderheit Fetz (sp, BS), die Dividenden zu 100% besteuern wollte, war in der kleinen Kammer indes chancenlos. Wenig überraschend stimmten die Standesvertreter mit 35 zu 6 Stimmen bei 4 Enthaltungen einem Kommissionsantrag, die Kantonsanteile an der direkten Bundessteuer statt nur auf 20,5 direkt auf 21,2% zu erhöhen, zu. Dadurch sollten die Kantone zusätzlichen Spielraum zur Senkung der kantonalen Gewinnsteuersätze erhalten. Dem Bund gingen dadurch rund CHF 150 Mio. jährlich verloren. Eine weitere Differenz schuf der Ständerat im Bereich des Steuerabzugs von Aufwendungen für Forschung und Entwicklung. Mit 25 zu 19 Stimmen hiess er einen Antrag seiner WAK-SR gut, die sogenannte Inputförderung auf 150% der F&E-Mittel zu begrenzen. Die Kommission wollte damit der Gefahr einer Nullbesteuerung und eines zu starken kantonalen Steuerwettbewerbs begegnen. Ohne Erfolg blieb indes der Antrag einer Minderheit Germann (svp, SH), die eine zinsbereinigte Gewinnsteuer in die Vorlage aufnehmen wollte. Die Bedenken der Kommissionsmehrheit zur internationalen Akzeptanz einer solchen Massnahme und zu den drohenden Mindereinnahmen bei Bund (CHF 270 Mio.) und Kantonen (CHF 350 Mio.) teilten in der ersten Beratungsrunde 30 der 44 abstimmenden Ständeräte. Dies passte zum Grundtenor der ersten ständerätlichen Beratungsrunde, das "Fuder nicht überladen" zu wollen.

Während die Beratungen über den bundesrätlichen Vorschlag zum Bundesgesetz über die Unternehmenssteuerreform III (USR III) im Ständerat kurz vor Jahreswechsel relativ zügig vorangekommen waren, erstreckte sich die erste Lesung im Nationalrat anlässlich der Frühjahrssession 2016 über zwei Tage. Zwar stellte sich auch die grosse Kammer hinter die Stossrichtung des vorgeschlagenen Reformpakets, das steuer- und finanzpolitische Massnahmen vereinte und zum Ziel hatte, den Unternehmensstandort Schweiz attraktiv zu halten, gleichzeitig schuf sie etliche Differenzen zur Regierung und zum Ständerat. Ein erstes Mal bezogen die Parteien jedoch Position, ohne dass sich eine Differenz ergab. Die SP wollte die Vorlage an die zuständige Wirtschaftskommission (WAK-NR) zurückweisen lassen und erst wieder behandeln, wenn die Mehrbelastungen für den Bund noch maximal CHF 500 Mio. betragen. Der Rückweisungsantrag war mit 43 zu 135 Stimmen bei 7 Enthaltungen, die allesamt auf Grüne entfielen, chancenlos. Eine erste Differenz schuf die grosse Kammer, indem sie mit 138 zu 52 Stimmen dem Antrag ihrer Wirtschaftskommission folgte und eine Art Pauschalbesteuerung für Frachtschiffe, die Tonnage-Tax, in die Vorlage aufnahm. Finanzminister Maurer versuchte vergebens darauf hinzuweisen, dass die Verfassungsmässigkeit dieser Art der Besteuerung umstritten sei und es sich dabei eigentlich um einen neuen Tatbestand handle, der weder genauer geprüft noch Teil der Vernehmlassungsvorlage gewesen sei. Unterstützung erhielt Maurer nur von der SP und den Grünen. Gleiches traf bei der Frage über die von der WAK-NR vorgeschlagene Einführung einer zinsbereinigten Gewinnsteuer zu, die von den Kantonen in der Vernehmlassung kritisiert und im Ständerat deutlich abgelehnt worden war. Die Befürworter argumentierten, dass die vom Bundesrat vorgeschlagene Version der USR III, die im Kern die Abschaffung der international nicht mehr akzeptierten Steuerermässigungen von Holding-, Domizil- und gemischten Gesellschaften beinhaltete, für ebendiese Unternehmen zu wenig attraktiv sei und es deshalb eine zinsbereinigte Gewinnsteuer brauche. Der Nationalrat nahm den Antrag der Kommission mit 127 zu 59 Stimmen bei 7 Enthaltungen an. Hingegen verweigerte die grosse Kammer der Wirtschaftskommission die Gefolgschaft beim Thema der Emissionsabgaben auf Eigenkapital. Die WAK-NR hatte die Bestimmungen über die Stempelsteuer aus der Vorlage gestrichen und in einen separaten Entwurf überführt. Der Nationalrat nahm daraufhin mit 137 zu 52 Stimmen bei 2 Enthaltungen einen Antrag Müller (cvp, LU) an und wies die neue Vorlage an die Kommission zurück. Die vom Bundesrat geforderte Abschaffung der Emissionsabgaben war damit vorerst vom Tisch. Hingegen folgte der Nationalrat dem Vorschlag der Regierung, den Kantonsanteil an der direkten Bundessteuer von 17 auf 20,5% zu erhöhen. Der Ständerat hatte diesen auf 21,2% erhöhen wollen. Eine "kleine" Differenz bestand zwischen den Räten zudem bei der Ausgestaltung der neu eingeführten Steuerermässigungen. Während der Ständerat für die reduzierte Besteuerung der Erträge aus Patenten (Patentbox) und die Möglichkeit, Kosten für Forschung und Entwicklung zu mehr als 100% abziehen zu können (Inputförderung), separate Obergrenzen festlegen wollte, fasste der Nationalrat die Patentbox und die Inputförderung mit den Instrumenten des Zinsabzugs auf Eigenkapital und der steuerfreien Aufdeckung stiller Reserven zusammen und sah für das gesamte Bündel eine maximale steuerliche Ermässigung von 80% vor. Damit ging die Vorlage, die auf diese Weise zu CHF 1,2 Mrd. Mindereinnahmen pro Jahr geführt hätte, zurück an den Ständerat. Dessen Version hätte den Bund nach der ersten Lesung rund CHF 100 Mio. weniger gekostet.

Noch bevor sich die Räte ein zweites Mal mit dem Bundesgesetz über die Unternehmenssteuerreform III (USR III) auseinandersetzen konnten, ereignete sich Wegweisendes: Die Wirtschaftskommission des Ständerats (WAK-SR) präsentierte im April 2016 einen Kompromissvorschlag. Dieser sah im Kern eine USR III mit der vom Nationalrat unterstützen zinsbereinigten Gewinnsteuer, den vom Ständerat propagierten Kantonsanteilen an der direkten Bundessteuer von 21,2% und einer Teilbesteuerung der Dividenden von mindestens 60% vor. Die Steuererleichterungen für Schifffahrtsunternehmen (Tonnage-Tax), die der Nationalrat in die Vorlage aufgenommen hatte, wollte die WAK-SR indes ausklammern und zu einem späteren Zeitpunkt separat weiterverfolgen. Da bei der Frage der Teilbesteuerung von Dividenden - beide Räte hatten sich für die Beibehaltung des geltenden Rechts ausgesprochen - keine Differenz bestand, musste, bevor der Kompromissvorschlag in den Ständerat geschickt werden konnte, die Wirtschaftskommission des Nationalrats (WAK-NR) in diesem Punkt einen Rückkommensantrag gutheissen. Dies tat sie aber nicht. Mit 15 zu 10 Stimmen sprach sie sich gegen eine Harmonisierung bei der Teilbesteuerung von Dividenden aus. Die USR III solle den Kantonen, so die WAK-NR, möglichst offen lassen, wie sie auf die Abschaffung der kantonalen Steuerstati reagieren möchten. Die WAK-SR zeigte sich enttäuscht über die fehlende Kompromissbereitschaft. Ständerat Zanetti (sp, SO) sprach im Namen der Kommission gar von einem Affront. Fortan waren die Beratungen von taktischen Entscheidungen und verhärteten Fronten geprägt. So lehnte der Ständerat die Einführung der zinsbereinigten Gewinnsteuer auf überdurchschnittlich hohem Eigenkapital mit 26 zu 19 Stimmen ab. Die Tonnage-Tax klammerte er mit 31 zu 14 Stimmen aus der USR III aus und überführte sie in eine eigene Vorlage, die er zur weiteren Prüfung an den Bundesrat zurückwies. Bei den Kantonsanteilen an der direkten Bundessteuer hielt der Ständerat mit 29 zu 13 Stimmen an der Differenz fest. Kurze Zeit später tat dies auch der Nationalrat, der sich überdies erneut mit 129 zu 56 Stimmen bei 3 Enthaltungen für die zinsbereinigte Gewinnsteuer aussprach. Dafür folgte die grosse Kammer dem Ständerat bei der Tonnage-Tax, die damit definitiv nicht mehr Teil der Vorlage war, und lenkte überdies bei der Inputförderung ein, indem sie die maximalen Abzüge für Forschung und Entwicklung auf 150% der tatsächlichen Kosten beschränkte. Ein Antrag einer Minderheit Jans (sp, BS), die auf die Teilbesteuerung von Dividenden zurückkommen wollte, wurde mit 54 zu 127 Stimmen abgelehnt. In der dritten Beratungsrunde gipfelten die strategischen Ränkespiele in einem Vorschlag der ständerätlichen Wirtschaftskommission, Kantonen, die Dividenden zu mindestens 60% besteuern, die Einführung einer zinsbereinigten Gewinnsteuer zu erlauben. Der Antrag der WAK-SR sorgte dann auch für heftige Reaktionen. Ruedi Noser (fdp, ZH), der gegen eine Anpassung der Dividenbesteuerung war, sah den Anstand in Bezug auf den Umgang der Kommissionen geritzt, da man den abgewiesenen Rückkommensantrag so einfach umgehe. Christian Levrat (sp, FR), der gegen die Einführung einer zinsbereinigten Gewinnsteuer Stellung bezogen hatte, sprach seinerseits von einem Verstoss gegen das Parlamentsgesetz. Am Ende war die WAK-SR dann doch erfolgreich. Ihr Antrag wurde mit 22 zu 20 Stimmen bei 2 Enthaltungen angenommen. Und auch im Nationalrat vermochte das Gewinnsteuer-Teilbesteuerungs-Paket zu überzeugen und wurde mit 122 zu 64 Stimmen bei 4 Enthaltungen angenommen. Die SP und die Grünen hatten es geschlossen abgelehnt. Zudem hatten sich 11 Vertreter der SVP dagegen ausgesprochen. Auch bei den Kantonsanteilen an der direkten Bundessteuer kam der Nationalrat dem Ständerat entgegen und stimmte einer Erhöhung auf 21,2% mit 140 zu 49 Stimmen bei einer Enthaltung zu. Damit waren alle Differenzen bereinigt und die Vorlage bereit für die Schlussabstimmung.

Am 17. Juni 2016 kam das Unternehmenssteuerreformgesetz III (USR III), das im Zuge der parlamentarischen Beratungen von den Räten in einigen wesentlichen Punkten angepasst worden war, zur Schlussabstimmung. Eine Reform war nötig geworden, weil die Schweiz international nicht mehr akzeptierte Sonderregelungen im Bereich der Unternehmensbesteuerung abschaffen muss. SP-Fraktionschef Roger Nordmann (sp, VD) bezeichnete die Reform als ungerecht, unsozial und verantwortungslos und gab bekannt, dass seine Partei das Referendum dagegen ergreifen werde. Unterstützung erhielt sie dabei von den Grünen. Fraktionssprecher Louis Schelbert (gp, LU) sah in der USR III eine Umverteilungsvorlage mit Milliardenkosten zulasten der Bevölkerung. Die anderen Fraktionen unterstützten die Vorlage. SVP-Fraktionschef Adrian Amstutz (svp, BE) warnte vor der Abwanderung von bis zu 24'000 internationalen Unternehmen, wenn man ihr nicht zustimme. Ins gleiche Horn stiessen FDP und CVP: Ignazio Cassis (fdp, TI) sprach davon, dass die USR III nicht über CHF 1 Mrd. koste, sondern CHF 5 Mrd. an Steuersubstrat sichere. Markus Ritter (cvp, SG) sah durch die Reform die Gefahr des Verlusts tausender Arbeitsplätze gebannt. Der Nationalrat nahm die Vorlage mit 139 zu 55 Stimmen bei 2 Enthaltungen an. Der Ständerat votierte mit 29 zu 10 Stimmen bei 4 Enthaltungen für die USR III.

Kurz nach deren Annahme durch das Parlament lancierten SP, Grüne, SGB, Unia sowie weitere Gewerkschaften und Jungparteien das Referendum gegen die Unternehmenssteuerreform III. Die Referendumsdrohung wurde bereits während der Behandlung im Parlament ausgestossen, falls die Steuerreform ohne Gegenfinanzierung beschlossen würde. Am 6. Oktober 2016 reichte das Referendumskomitee 56'000 beglaubigte Unterschriften gegen die USR III bei der Bundeskanzlei ein.

Im Abstimmungskampf kritisierten die Gegner des neuen Steuergesetzes insbesondere die ungleiche Verteilung von Kosten und Nutzen. So würden von der Vorlage nur Unternehmensbesitzer profitieren, während die Allgemeinheit die Steuerausfälle durch Leistungsabbau, höhere Gebühren und mehr Steuern zu bezahlen hätte. Die neuen "Steuertricks" seien zudem undurchsichtig, so dass nur die in deren Erarbeitung involvierten Beratungsfirmen ihre Auswirkungen abschätzen könnten. Die SP hatte im Parlament eine Gegenfinanzierung durch eine höhere Besteuerung der Dividenden gefordert, die vom Parlament jedoch abgelehnt worden war. Entsprechend befürchtete man nun auf Seiten des Referendumskomitees, dass die Steuerreform ohne Gegenfinanzierung zu hohen Kosten für Bund, Kantone und Gemeinden führen würde. Über die Höhe dieser zusätzlichen Kosten waren sich Befürworter und Gegner jedoch nicht einig: Der Bundesrat ging in seinem Bericht auf Bundesebene von Kosten von rund CHF 1,3 Mia. aus, zu denen aber weitere Kosten auf kantonaler und kommunaler Ebene hinzukommen würden. So hatten bereits vor der Durchführung der Volksabstimmung mehrere Kantone Senkungen ihrer kantonalen Gewinnsteuern veranlasst, was es ihnen erlauben sollte, international wettbewerbsfähig zu bleiben.

Auf der anderen Seite wiesen die Befürworter der USR III darauf hin, dass Nichtstun Steuersubstrat in der Höhe von CHF 5,4 Mia. pro Jahr gefährde und entsprechend deutlich teurer sei. Durch die Steuerreform könnten hingegen zehntausende Arbeitsplätze und Steuereinnahmen in Milliardenhöhe gesichert werden. Zudem warfen die Befürworter den Gegnern vor, bewusst auf die Vorlage eines alternativen Plans zu verzichten, weil ihre Alternativen kaum Anklang finden würden.

Die Unterschriftensammlung war von einer regen medialen Berichterstattung zur Steuerreform begleitet, die auch nach Zustandekommen des Referendums nicht abriss. Entsprechend verzeichnete das Forschungsinstitut Öffentlichkeit und Gesellschaft (fög) eine sehr frühe und sehr starke Berichterstattung zur USR III, die Ende Januar durch das Interview von Eveline Widmer-Schlumpf in der Zeitung "Blick" noch weiter anstieg. In diesem hatte sich die ehemalige Finanzministerin gegen die Steuerreform in ihrer jetzigen Form ausgesprochen, da das Parlament bei dieser „nun einfach sehr weit gegangen [sei] mit zusätzlichen Entlastungen für gewisse Firmen“ und da es „ein paar Punkte [gebe], welche die Reform aus der Balance gebracht“ hätten. Immer häufiger meldeten sich anschliessend bürgerliche Politiker zu Wort, die ähnliche Bedenken gegenüber der USR III äusserten.

Nicht nur die Berichterstattung, auch die Inseratekampagne zur Unternehmenssteuerreform III startete früh und stark. So schaltete gemäss einer Analyse von Année Politique Suisse in den letzten 5 Jahren kaum ein Komitee so früh so viele Inserate wie die Befürworter der Steuerreform. Anders als bei der Berichterstattung, bei der das Verhältnis der Aufmerksamkeit für Befürworter und Gegner gemäss fög relativ ausgeglichen war, übertrumpften die Befürworter (88%) die Gegner (12%) bei den Inseraten deutlich. Auch die Parolenfassung deutete auf zwei ungleich grosse Lager hin: So sprachen sich mit SVP, FDP, CVP, BDP und GLP die meisten grösseren Parteien für die Steuerreform aus. Unterstützt wurden sie dabei unter anderem von Economiesuisse, dem Gewerbeverband sowie der Finanzdirektorenkonferenz. Die Nein-Parole beschlossen unter anderem die SP, Grünen, EVP, PdA, der Gewerkschaftsbund und Travail Suisse; Stimmfreigabe gewährte der Städteverband.

Am 12. Februar 2017 wurde über das Referendum zur Unternehmenssteuerreform III abgestimmt, wobei sich die Stimmbürger mit 59,1 Prozent Nein-Stimmen gegen die Reform aussprachen. Eine erste, nach demografischen, geografischen und politischen Variablen gewichtete Nachbefragung der Tamedia zeigte, dass sich lediglich die FDP-Sympathisanten mehrheitlich für die Steuerreform ausgesprochen (67% Zustimmung), die Anhänger der übrigen bürgerlichen Parteien die Vorlage jedoch teilweise deutlich abgelehnt hatten. Gerade die kritische Haltung der SVP-Sympathisanten zur Vorlage (47% Zustimmung) veranlasste zahlreiche Kommentatoren dazu, den Grund für die Ablehnung (auch) in der Verunsicherung der Stimmbürger sowie in einem Vertrauensverlust gegenüber der Wirtschaft oder zumindest in einem Misstrauen gegenüber der international tätigen Wirtschaft zu suchen.
Einig war man sich in den Tagen nach der Abstimmung vor allem darüber, dass es nun schnell gehen müsse mit einer neuen Vorlage. Einerseits drohe der Schweiz ein Platz auf der von der EU verfassten schwarzen Liste der Steueroasen, wenn die bisherigen Privilegien nicht rasch abgeschafft werden. Andererseits bestehe nun eine Rechts- und Planungsunsicherheit für die betroffenen Unternehmen, die es zu beheben gelte. Schliesslich teilten aber auch die Kantone den Wunsch nach einer schnellen Lösung, da sich zahlreiche Reformen der kantonalen Gewinnsteuern auf die nationale Vorlage abgestützt hätten. Entsprechend sprachen die Abstimmungsverlierer vielerorts davon, dass die Linke jetzt – wie während der Kampagne angekündigt – Hand bieten müsse für eine schnelle Lösung. Unklar ist jedoch, wie eine solche Lösung aussehen soll. So wisse der Bundesrat gemäss der NZZ nun dank der Abstimmung zwar, was das Volk nicht wolle, unklar sei aber noch immer, was es wolle. Die meisten Kommentatoren erachteten eine Unternehmenssteuerreform IV, also einen kompletten Neubeginn der Verhandlungen, als nicht nötig, da die meisten Argumente bereits auf dem Tisch lägen.
Möglich wäre daher ein sogenannter Plan B, der gemäss Beat Jans (sp, BS) verschiedene Elemente beinhalten müsste, welche die SP bereits während der Parlamentsdebatte gefordert hatte. Dazu könnten zum Beispiel der Verzicht auf den Steuerabzug auf fiktive Eigenkapitalzinsen und auf eine übermässige Anrechnung des Forschungsaufwandes, eine engere Fassung der Patentbox, eine Versteuerung der Dividenden grosser Beteiligungen zu mindestens 80 Prozent als Einkommen, die Einführung einer Kapitalgewinnsteuer sowie die Senkung der Bundesbeiträge an die Kantone gehören. Er stellte zudem einen vollen Plan B der SP für die Frühlingssession 2017 in Aussicht.
Je nach Reichweite der Forderungen der Abstimmungsgewinner könnte sich eine schnelle Verabschiedung eines solchen Plan B jedoch als schwierig erweisen. Dieser Problematik würde der sogenannte Plan C Abhilfe schaffen, der die Steuerreform in zwei Phasen aufteilen möchte. In einer ersten Phase würden die bisher wenig umstrittenen Massnahmen kurzfristig umgesetzt, dazu zählen gemäss Ruedi Noser (fdp, ZH) die Abschaffung der alten Steuerregime, eine tiefe, auf fünf Jahre beschränkte Übergangsbesteuerung für die Unternehmen, eine Änderung des Berechnungsmodus für den NFA sowie die bisher vorgesehenen Kompensationszahlungen des Bundes an die Kantone in der Höhe von CHF 1,1 Mia. Dies würde dem Bund mehr Zeit geben, die umstritteneren Punkte wie die Gegenfinanzierung der Steuerreform und neue Steuerprivilegien auszuhandeln.
Unklar bleibt der konkrete Zeitplan: Die Abstimmungssieger verlangen vom Bundesrat, bis zum Sommer 2017 eine neue Botschaft auszuarbeiten. Dies wäre jedoch nur möglich, wenn keine neue Vernehmlassung durchgeführt und entsprechend auch entgegen deren Forderungen, die Städte und Gemeinden nicht stärker in die Reform einbezogen würden. Entsprechend sprach Bundesrat Maurer nach der Abstimmung davon, dass eine Botschaft des Bundesrates nicht vor Ende 2017 zu erwarten sei. Nach seiner Sitzung vom 22. Februar 2017 kündigte der Bundesrat hingegen an, dass das EFD bis Mitte 2017 unter Beteiligung von Kantonen, Städten, Gemeinden, politischen Parteien und Verbänden „Eckwerte für eine neue Vorlage und Vorschläge für das weitere Vorgehen“ ausarbeiten werde.


Abstimmung vom 12. Februar 2017

Beteiligung: 45,2%
Ja: 989'306 (40,9%) / Stände: 3 1/2
Nein: 1'427'946 (59,1%) / Stände: 17 5/2

Parolen:
- Ja: SVP, FDP, CVP, BDP, GLP, EDU, Economiesuisse, Gewerbeverband, Finanzdirektorenkonferenz
- Nein: SP, Grüne, EVP, PdA, Gewerkschaftsbund, Travail Suisse
- Stimmfreigabe: Städteverband

Die Voto-Analyse zur Abstimmung vom 12. Februar 2017 über die Unternehmenssteuerreform III verdeutlichte insbesondere, dass die Vorlage den Befragten grosse Schwierigkeiten bereitet hatte. So gaben 74 Prozent der an der Umfrage Teilnehmenden an, dass es ihnen eher schwer gefallen sei, zu verstehen, um was es bei der Vorlage ging. Entsprechend nutzten auch viele Befragte Entscheidungshilfen: 39 Prozent der Ja-Stimmenden und 20 Prozent der Nein-Stimmenden gaben an, bei der Entscheidungsfindung Empfehlungen von Bekannten, Parteien oder dem Bundesrat gefolgt zu sein. Das Vertrauen der Befragten in Bundesrat und Parlament sowie in die Wirtschaft erwies sich als relativ hoch, doch während Ersteres kaum Einfluss auf den Stimmentscheid hatte, zeigte sich das Vertrauen in die Wirtschaft als sehr relevant für das individuelle Stimmverhalten: Wer der Wirtschaft misstraute, lehnte die Vorlage mit grosser Wahrscheinlichkeit ab.
Sowohl Ja- als auch Nein-Stimmende nahmen die Notwendigkeit sowie den Nutzen der Unternehmenssteuerreform wahr – die entsprechenden Argumente wurden von beiden Lagern mehrheitlich akzeptiert. Entscheidend waren aber die Einschätzungen der Befragten bezüglich Nutzniessern und Folgen der Vorlage. So befürchteten 36 Prozent der Nein-Stimmenden, dass nur die Reichen oder grosse, internationale Firmen von der Änderung profitieren würden, während der Mittelstand die Kosten trage. Folglich rechneten 35 Prozent der Befragten mit tieferen Steuereinnahmen, 78 Prozent von ihnen lehnten die USR III ab. Kritisiert wurden gemäss den Autoren der Voto-Studie folglich nicht einzelne, konkrete Instrumente der Vorlage; vielmehr erwies sich das Gesamtpaket der Steuerinstrumente sowie dessen Vermittlung als nicht mehrheitsfähig.

Étant donné que le projet fiscal 17 a été traité, le projet de modification de la loi sur les droits de timbre, qui fait partie de l’objet du Conseil fédéral sur la réforme d’imposition des entreprise (RIE III), a pu être discuté à la Commission de l’économie et des redevances du Conseil national (CER-CN). Par 17 voix contre 3 et 3 abstentions, la CER-CN a décidé de demander à la CER-CE de traiter le projet 2 de la RIE III et de le soumettre à sa chambre. La commission souhaite donc avancer dans ce dossier alors que le Conseil national a déjà voté sur le projet 1 de l’objet 09.503 qui traite de la même thématique.

En 2017, la Commission de l’économie et des redevances du Conseil National (CER-CN) avait suspendu l’analyse du projet 2 de la loi sur la réforme de l’imposition des entreprises (RIE III). Ce projet 2 visait l’abolition du droit de timbre sur les primes d’assurance et du droit de timbre de négociation. Étant donné que le projet fiscal 17 a été voté, la CER-CN a repris son analyse du dossier. Par 18 voix contre 4 et 2 abstentions, la commission demande au Département fédéral des finances (DFF) un rapport sur les conséquences financières d’une telle abolition. De plus, par 17 voix contre 3 et 3 abstentions, elle propose à sa commission sœur (CER-CE) de traiter le projet 1 de l’objet 09.503, en tout point similaire au projet 2 de l’objet 15.049, car cet objet a déjà été adopté par le Conseil national.

In der Herbstsession 2021 schrieb der Nationalrat den Entwurf des Bundesgesetzes über die Stempelabgaben auf Antrag der zuständigen WAK-NR stillschweigend ab. Das Geschäft sei inzwischen im Rahmen der Revision des Verrechnungssteuergesetzes diskutiert worden, erklärte Ratspräsident Andreas Aebi (svp, BE). Die Kommission begründete ihren Antrag damit, dass der Entwurf damit gegenstandslos geworden sei.

Nachdem das Parlament die Steuererleichterungen für Schifffahrtsunternehmen (Tonnage-Tax) im Rahmen der Debatte zur USR lll Frühling 2016 in eine eigene Vorlage überführt und an den Bundesrat zur Prüfung zurückgewiesen hatte, beantragte die WAK-SR im Frühling 2024 die Abschreibung der Vorlage. Dem Antrag seiner Kommission kam der Ständerat in der Frühlingssession 2024 schliesslich stillschweigend nach. Das Anliegen sei inzwischen in einer entsprechenden bundesrätlichen Botschaft zu einem neuen Gesetz für eine Tonnagesteuer für Hochseeschiffe umgesetzt worden, hatte Tiana Angelina Moser (glp, ZH) für die Kommission während der Eintretensdebatte zu besagtem Entwurf erklärt.

Im Mai 2022 verabschiedete der Bundesrat die Botschaft zum Bundesgesetz über die Tonnagesteuer auf Seeschiffen. Bei der Methode der sogenannten Tonnagesteuer wird die Gewinnsteuer eines Schifffahrtsunternehmens nicht wie üblich anhand der tatsächlich erwirtschafteten Gewinne oder Verluste berechnet; es wird vielmehr die Ladekapazität der Seeschiffe pauschal mit einem gestaffelten Tarif multipliziert. Dieser Betrag wird wiederum mit der Anzahl Betriebstage multipliziert und zum ordentlichen Gewinnsteuersatz besteuert.
Der Gesetzesentwurf des Bundesrats ging auf das Anliegen der beiden Räte zurück, die Tonnagesteuer nicht im Rahmen der USR III, sondern in einer separaten Vorlage zu regeln. Wie der Bundesrat ausführte, sei die Tonnagesteuer international und insbesondere im EU-Raum weit verbreitet; die Vorlage lehne sich denn auch weitgehend an die Tonnagesteuerregelungen in der EU an. Die Anwendung der Tonnagesteuer führe zu einer relativ tiefen Steuerbelastung, jedenfalls für profitable Unternehmen. Mit der freiwilligen Einführung dieser Berechnungsmethode solle der Standort Schweiz für Seeschifffahrtsunternehmen attraktiver werden. Dabei könnte es in geringem Masse zu Steuermindereinahmen kommen. Der Bundesrat führte weiter aus, die Vorlage sei in der Vernehmlassung «bis auf wenige Ausnahmen» positiv aufgenommen worden. Gefordert worden sei hingegen eine noch stärkere Anlehnung an die EU-Regelungen.

In der Wintersession 2022 begann der Nationalrat die Beratung des neuen Gesetzes für eine Tonnagesteuer für Hochseeschiffe. Kommissionssprecherin Amaudruz (svp, GE) betonte, dass die Mehrheit der WAK-NR mit diesem Gesetz ein klares Signal an die Wirtschaft senden wolle und dass man davon ausgehe, dass die Einführung einer Tonnagesteuer zu höheren Steuereinnahmen und neuen Arbeitsplätzen führe. Die Tonnagesteuer diene dazu, Hochseetransportunternehmen in der Schweiz zu halten, nachdem deren Sonderregelungen zur Besteuerung mit dem STAF abgeschafft worden waren. Diese neue Regelung sei OECD-konform und werde auch in der EU angewendet. Finanzminister Maurer betonte, dass die Vorarbeiten zu dieser Vorlage aus einer Zeit stammten, in der es der Hochseeschifffahrt überaus schlecht ging, und erinnerte an die entsprechenden Bürgschaften des Bundes. Zwar gebe es verfassungsrechtliche Gründe für und wider eine Tonnagesteuer, jedoch sei es volkswirtschaftlich wichtig, die Hochseeschifffahrt in der Schweiz mit derjenigen im Ausland gleichzustellen. «Zum Standort Schweiz, einem zuverlässigen Standort mit hohem Know-how, gehören eben auch diese Schiffe», betonte der Finanzminister.

Im Nationalrat lagen ein Antrag Bertschy (glp, BE) auf Nichteintreten sowie ein Antrag Wermuth (sp, AG) auf Rückweisung des Entwurfs an den Bundesrat vor, wobei dieser die «ökologische und soziale Verantwortung der Schifffahrtsbranche» im Entwurf hätte stärken sollen. Zudem hatte auch die FK-NR in einem Mitbericht aus finanziellen Gründen den Verzicht auf das neue Gesetz gefordert. Kathrin Bertschy brachte verschiedene Gründe für ihren Nichteintretensantrag an: Einerseits halte man die Verfassungsmässigkeit der Vorlage, insbesondere den Grundsatz der Besteuerung nach wirtschaftlicher Leistungsfähigkeit und der rechtsgleichen Besteuerung, nicht für gegeben. Zwei Gutachten seien diesbezüglich zu unterschiedlichen Schlüssen gekommen, was insbesondere an ihrer unterschiedlichen Einschätzung der Frage, ob die Hochseeschifffahrt in der Schweiz ohne diese Vorlage in ihrer Existenz gefährdet sei, gelegen habe. Aufgrund der guten aktuellen wirtschaftlichen Lage der entsprechenden Branche verneine die Minderheit diese existenzielle Bedrohung, die eine Voraussetzung für die Verfassungsmässigkeit darstelle. Zudem hätten sowohl der Bundesrat als auch die FK-NR in ihrem Mitbericht erklärt, die Auswirkungen der Vorlage auf den Bundeshaushalt seien unklar. Mit diesem Entwurf könnten Rohstoffunternehmen die OECD-Mindestbesteuerung unterwandern, zumal sie den Schifffahrtsunternehmen gemäss Schätzungen von Expertinnen und Experten eine Besteuerung von 6 bis 7 Prozent erlaube. Schliesslich verlangte Bertschy, dass nur Unternehmen von der Steuer profitieren dürften, die mindestens unter EU- oder EWR-Flagge fahren, damit sie auch die entsprechenden Arbeits- und Umwelterfordernisse erfüllen müssten. Eine entsprechende Regelung sei jedoch nach der Vernehmlassung aus dem Entwurf gestrichen worden. Ähnlich argumentierte auch Cédric Wermuth, der überdies auch die Besteuerung nach Tonnage als unsinnig hervorstrich. Wenn man aber eine Tonnagesteuer wolle, müsse diese so ausgestaltet sein, dass die ökologische und soziale Verantwortung der Branche gestärkt werde.
In der Folge lehnte der Nationalrat beide Minderheitsanträge ab (mit 107 zu 83 Stimmen bei 4 Enthaltungen respektive mit 103 zu 90 Stimmen bei 1 Enthaltung), wobei SP und Grüne sowie eine Minderheit der Mitte-Fraktion beide Minderheitsanträge annahmen, während die GLP geschlossen den Rückweisungsantrag, aber nur zur Hälfte den Nichteintretensantrag unterstützte.

In der Detailberatung vertrat die Kommissionsmehrheit zwei Änderungsanträge: Einerseits wollte sie auch die Kreuzfahrtschiffe ausdrücklich der Tonnagesteuer unterstellen, obwohl der Bundesrat diese in der Botschaft bereits als Teil des Personentransports erachtet hatte. Eine Minderheit Bertschy sprach sich gegen den Einbezug der Kreuzfahrtschiffe aus, zumal Kreuzfahrten einen «unsinnigen» Tourismuszweig darstellten, den man gegenüber dem Tourismus in der Schweiz nicht einseitig subventionieren solle. Der Nationalrat folgte jedoch seiner Kommissionsmehrheit.
Als zweite Änderung verlangte die Kommission, dass nur diejenigen Schiffe zur Tonnagesteuer zugelassen werden, deren «strategische[s] und kommerzielle[s] Management [...] in der Schweiz ausgeübt wird». Damit wollte man die Problematik lösen, dass die im Vernehmlassungsentwurf vom Bundesrat vorgeschlagene Beschränkung auf in der EU und im EWR zugelassene Schiffe gegen WTO-Recht verstossen würde. Dies war folglich auch die Kritik an einem Minderheitsantrag Badran (sp, ZH), welcher ebendiese Einschränkung forderte. WTO-konform wäre gemäss den Kommissionssprechenden auch der Antrag der Minderheit Ryser (gp, SG), nur Flotten zuzulassen, die zu 60 Prozent im Schweizer Schifffahrtsregister eingetragen sind. Diese Lösung erachtete Finanzminister Maurer jedoch als zu restriktiv und als «Schmälerung der Attraktivität der Schweizer Tonnagesteuer». Die Kommissionsmehrheit setzte sich in der Folge mit ihrem Alternativvorschlag gegen die Minderheitsanträge durch.

Darüber hinaus versuchten verschiedene Minderheiten die vorgeschlagenen Regelungen zu ver- oder entschärfen. So erachtete eine Minderheit Amaudruz den Vorschlag von Bundesrat und Kommissionsmehrheit als zu einschränkend und schlug mehrere Änderungen vor: Erstens sollte die Liste der mittels Tonnagesteuer besteuerten Zwecke nicht abschliessend genannt werden, was der Nationalrat jedoch ablehnte, weil es gemäss Kommissionssprecher Müller (mitte, LU) gegen das Legalitätsprinzip verstossen würde. Zweitens sollte die Regelung für Schiffe zur Errichtung und zum Unterhalt von Offshore-Bauwerken auf alle Seeschiffe mit maritimen Dienstleistungen für die Offshore-Industrie ausgedehnt werden. Zudem wollte Amaudruz die Regelung zu den Gewinnen aus Nebentätigkeiten, die ebenfalls via Tonnagesteuer besteuert werden können, ausweiten. Der Nationalrat lehnte jedoch sämtliche Anträge ab.
Eine Minderheit Wermuth schlug hingegen vor, die weitere, 30-prozentige Ermässigung des steuerbaren Reingewinns bei Erfüllung von ökologischen Anforderungen zu streichen. Beispiele aus anderen Staaten mit deutlich restriktiveren Regelungen hätten gezeigt, dass solche Belohnungen keine Wirkung auf die ökologischen Massnahmen auf den Schiffen hätten. Auch hier setzte sich die Kommissionsmehrheit jedoch durch und behielt die Ermässigung bei.

In der Gesamtabstimmung hiess der Nationalrat den Entwurf mit 99 zu 85 Stimmen (bei 3 Enthaltungen) gut, wobei die ablehnenden Stimmen von der SP-, der Grünen-, fast der gesamten GLP- und einer Minderheit der Mitte-Fraktion stammten.

In der Frühjahrssession 2024 führte der Ständerat als Zweitrat die Eintretensdebatte über die Gesetzesgrundlage für die Einführung der Tonnagesteuer auf Seeschiffen. Die WAK-SR empfahl mit 7 zu 4 Stimmen (bei 2 Enthaltungen) nicht auf die Vorlage einzutreten. Für die Mehrheit der Kommission würden die aufgrund fehlender statistischer Daten unklaren finanzpolitischen Konsequenzen, insbesondere angesichts der angespannten Lage des Bundeshaushaltes, gegen die Vorlage sprechen, führte Kommissionssprecherin Tiana Angelina Moser (glp, ZH) aus. Zudem fügte die Kommissionsmehrheit die widersprüchlichen Gutachten zur Rechtsgleichheit an, die zuvor bereits im Nationalrat von einigen Voten hervorgehoben worden waren. Eines dieser Gutachten hatte festgestellt, dass durch eine Tonnagesteuer auf Seeschiffe die Rechtsgleichheit verletzt werde, da nur ein bestimmter Transportsektor nach Gewicht und nicht wie alle anderen Transportsektoren nach Gewinn besteuert würde. Ein zweites Gutachten hatte hingegen festgehalten, dass die Tonnagesteuer aufgrund ausserfiskalischer Ziele gerechtfertigt sei. Die Kommissionsmehrheit fasste die Beurteilung des zweiten Gutachtens so auf, dass dies nur zutreffen würde, wenn die Branche gefährdet wäre, was hier nicht der Fall sei. Die Kommissionsmehrheit hielt es zudem für ungerechtfertigt, ein isoliertes Steuerprivileg für eine Branche einzuführen. Eine Minderheit Ettlin (mitte, OW) argumentierte für Eintreten, indem sie darauf hinwies, dass die Tonnagesteuer einem internationalen Standard entspräche und bei der Diskussion zur Einführung der OECD-Mindeststeuer versprochen worden sei, dass die Schweiz internationalen Standards folge. Zudem würden ausländische Tochtergesellschaften aufgrund der Nichteinhaltung internationaler Standards in der Schweiz ihre Schiffe in andere Tochtergesellschaften in anderen Ländern verlegen, bei denen die Tonnagesteuer, und somit eine tiefere Steuer, bestehe. Erich Ettlin (mitte, OW) argumentierte weiter, dass die Debatte über potenzielle Steuerausfälle spekulativ sei, da die genauen Auswirkungen nie genau beziffert werden könnten. Auf die Ausnahmeregelung für eine einzige Branche erwiderte er, dass es sich um eine Branche handle, die eigentlich nicht in der Schweiz ansässig sei, und daher eine Ausnahmeregelung gerechtfertigt sei. Bundesrätin Karin Keller-Sutter verwies anschliessend darauf, dass die Einführung der Tonnagesteuer zu einer erhöhten Wettbewerbsfähigkeit der Hochseeschifffahrtsgesellschaften und zu vermehrten Ansiedlungen von Unternehmen in der Schweiz führen könnte. Die Finanzministerin räumte jedoch ein, dass aufgrund unzureichender Daten keine zuverlässigen Schätzungen zu den finanziellen Auswirkungen möglich seien. Dennoch beantragte sie dem Ständerat auf die Vorlage einzutreten, mit dem Hinweis, dass sie damit einen Auftrag des Parlamentes erfülle. Der Ständerat folgte hingegen seiner Kommissionsmehrheit und stimmte mit 29 zu 15 Stimmen (bei 0 Enthaltungen) für Nichteintreten, womit das Geschäft zurück an den Nationalrat ging. Die 15 Stimmen, die für Eintreten votiert hatten, setzen sich aus jeweils 5 Mitgliedern der Mitte- und der SVP, 4 Mitgliedern der FDP sowie einem Mitglied des Mouvement Citoyens Genevois (MCG) zusammen.

Der Nationalrat befasste sich in der Sommersession 2024 erneut mit dem Bundesgesetz zur Einführung der Tonnagesteuer, nachdem der Ständerat in der vorangegangenen Session Nichteintreten beschlossen hatte. Die WAK-NR habe die Vorlage erneut beraten und die Kommissionsmehrheit empfehle nun, dem ständerätlichen Entscheid zu folgen und ebenfalls nicht auf die Vorlage einzutreten, erläuterte die Kommissionssprecherin Sophie Michaud Gigon (gp, VD). Sie argumentierte, dass das Risiko von Steuerausfällen infolge der Tonnagesteuer in Anbetracht der angespannten Bundesfinanzen zu hoch sei. Zudem sei die Verfassungskonformität der Steuer aufgrund der Ungleichbehandlung gegenüber anderen Verkehrssektoren zweifelhaft, was bereits im Ständerat ausschlaggebend für den abschlägigen Entscheid gewesen sei. Gigon wies ebenfalls darauf hin, dass die Vorlage bereits bei der ersten Debatte im Nationalrat umstritten gewesen und nur knapp angenommen worden war. Der Minderheitsantrag Amaudruz (svp, GE) auf Eintreten begründete die Minderheitssprecherin damit, dass die Tonnagesteuer wirtschaftlich vorteilhaft für die Schweiz sei, von zahlreichen Ländern bereits angewendet werde und dort keine nennenswerten Steuerausfälle beobachtet wurden. Amaudruz argumentierte, dass die Einführung der Steuer, entgegen den Vermutungen der Mehrheit, zu einem Zuwachs an Unternehmen und somit zu Mehreinnahmen führen könnte. Schliesslich stimmte der Nationalrat mit 108 zu 75 Stimmen (bei 2 Enthaltungen) für Nichteintreten. Während SP, Grüne und GLP bei ihrer ursprünglichen ablehnenden Haltungen blieben, schlossen sich fast die gesamte Mitte-Fraktion sowie rund die Hälfte der FDP-Fraktion dieser Haltung an. Einzig die SVP hielt an ihrer Unterstützung für die Vorlage fest. Die Fraktionen der Mitte und der FDP begründeten ihren Meinungsumschwung primär mit den kritischen Bundesfinanzen und der Notwendigkeit, Prioritäten angesichts der geschätzten Steuerausfälle durch die Tonnagesteuer von CHF 10 Mio. anders zu setzen. Mit diesem Stimmentscheid war das Geschäft erledigt und somit wird keine Tonnagesteuer auf Hochseeschiffe in der Schweiz eingeführt. Gleichzeitig mit der Beratung des Geschäfts wurde die Vorlage 3 der Unternehmenssteuerreform III (BRG 15.049) (Bundesgesetz über die Tonnage Tax) abgeschrieben, da der Bundesrat den darin enthaltenen Auftrag zur Ausarbeitung eines Projekts für eine Tonnagesteuer erfüllt hatte.