Lors de la discussion article par article, la chambre haute s’est ralliée à la CER-CN et a décidé de supprimer l’obligation faite aux exploitations de se convertir entièrement à l’agriculture biologique pour se prévaloir du label bio. Celles-ci pourront en effet obtenir cette appelation pour certaines branches d’activités, proposition à laquelle la conseillère fédérale Doris Leuthard s’est dite favorable, à la seule condition qu’elle ne s’applique qu’aux unités d’exploitation distinctes dont les flux de marchandises seront physiquement séparés. Le Conseil des Etats, par 26 voix contre 7, et contre la proposition du Conseil fédéral, a également décidé de renoncer à la mise aux enchères de contingents tarifaires pour les pommes de terre. S’écartant de la position du Conseil fédéral, la commission s’est prononcée en faveur de l’autorisation des importations parallèles pour les moyens de production et les biens d’investissement agricoles protégés par un brevet. Elle a été suivie par le plénum sur ce point (par 25 voix contre 13). En ce qui concerne le marché laitier, le Conseil fédéral s’est déclaré favorable au maintien du supplément pour le lait transformé en fromage à 15 centimes par kilogramme en 2008, puis à une baisse à 10 centimes dès 2009, en augmentant toutefois en contrepartie les paiements directs octroyés aux paysans. En commission, cette question avait suscité deux propositions. La majorité de celle-ci voulait reporter au 1er janvier 2011 la baisse de 10 centimes prônée par le Conseil fédéral, tandis que la minorité, emmenée par le démocrate-chrétien Eugen David (SG), était favorable au maintien jusqu’en 2011 du supplément, ce qui équivalait à conserver le système actuel. Par 24 voix contre 15, le Conseil des Etats s’est finalement rallié à la proposition de la minorité et opté ainsi pour le statu quo. Le plénum n’a en outre pas suivi la proposition du gouvernement d’abolition de la prime de non-ensilage dès 2009. Par 27 voix contre 13, il s’est prononcé en faveur d’un maintien de la prime à 3 centimes par kilogramme de lait. Le Conseil des Etats s’est également écarté de la position du Conseil fédéral sur la question de la mise en valeur de la laine de mouton, ce dernier réclamant la suppression des contributions. Par 18 voix contre 14, les députés aux Etats ont approuvé le maintien du statu quo défendu par la minorité de la commission. Au sujet du sucre, la chambre haute a suivi, par 21 voix contre 15, l’avis de la majorité de la commission, qui exigeait le versement de contributions tant pour la production que pour la transformation des betteraves sucrières. Le Conseil fédéral et une minorité de la commission étaient, quant à eux, favorables à la suppression pure et simple de l’indemnité versée aux sucreries. S’agissant de la viticulture, le gouvernement et la commission souhaitaient fixer des exigences minimales uniformes pour toutes les catégories de vins. Le Conseil des Etats a cependant opté, par 17 voix contre 12, pour laisser l’attribution de cette compétence aux cantons, la Confédération se contentant de définir les critères des cahiers des charges. La voix du président a été nécessaire pour approuver, contre l’avis du Conseil fédéral, le maintien de la mise aux enchères des contingents d’importation de beurre. Au vote sur l’ensemble, le Conseil des Etats a adopté le projet par 24 voix contre 1.