2005 durchquerten 1,2 Mio Lastwagen die Alpen – 51'000 (oder 4%) weniger als im Vorjahr. Das auf dem Alpenschutzartikel basierende, bis 2010 befristete Güterverkehrsgesetz verlangt, die Zahl dieser Lastwagenfahrten bis 2009 auf maximal 650'000 zu reduzieren. Der Bundesrat erachtete die Erreichung dieses Ziels als unrealistisch und schickte im Sommer einen Entwurf für ein neues Gesetz über die Verlagerung des alpenquerenden Güterverkehrs von der Strasse auf die Schiene in drei Varianten in die Vernehmlassung: 1.) Verringerung der alpenquerenden Lastwagenfahrten auf 650'000 erst bis 2017 (zwei Jahre nach der Eröffnung des Gotthard-Basistunnels) und Subventionierung des Güterschienenverkehrs mit weiterhin jährlich CHF 285 Mio.; damit sollen der unbegleitete kombinierte Verkehr und die „Rollende Landstrasse“ (Rola) bis 2017 etwa verdoppelt werden. 2.) Reduktion der Fahrten auf eine Mio. bis 2017 unter Beschränkung der Subventionen 2011-2017 auf CHF 140 Mio. pro Jahr. 3.) Substanzieller Ausbau der Rola, was die Einrichtung eines eigenwirtschaftlich zu betreibenden hochwertigen Angebots im Huckepackverkehr von Grenze zu Grenze bedingt, bspw. 400'000 Stellplätze (Lastwagen auf Bahnwagons) und Stundentakt. Alle drei Varianten sehen die Einführung einer Alpentransitbörse vor, welche vor wenigen Jahren noch auf Ablehnung gestossen war.

Parteien und Verbände äusserten sich kritisch zur Vorlage zur Verlagerung des alpenquerenden Güterverkehrs von der Strasse auf die Schiene: Die Vertreter der Alpeninitiative beharrten auf dem Reduktionsziel 2009 und unterstrichen dies mit einer Petition mit 40'000 Unterschriften. Der Schweizerische Nutzfahrzeugverband ASTAG stellte sich hinter den Verfassungsauftrag, lehnte aber eine Kontingentierung über eine Alpentransitbörse ab, da diese den Binnenverkehr diskriminiere; zudem entspreche der massive Ausbau der Rola nicht den Bedürfnissen der Wirtschaft. Bei den Parteien sprachen sich SP und Grüne gegen alle drei Varianten aus und verlangten die Einhaltung des Ziels bis 2009. Die CVP bevorzugte die erste Variante, allerdings ohne Alpentransitbörse. Die SVP verwarf ebenfalls alle drei Modelle und forderte eine auf Rentabilität ausgerichtete neue Vorlage. Die FDP wünschte eine vertiefte Problem- und Lösungsanalyse und Vorschläge zur Verbesserung der Zusammenarbeit mit den Nachbarstaaten.

Début juin, le Conseil fédéral a adopté le message sur le projet de législation concernant le trafic des marchandises appelée à remplacer dès 2011 l’actuelle loi sur le trafic des marchandises. Le projet conserve plusieurs éléments critiqués lors de la consultation de l’année précédente. Malgré l’opposition du PS, des Verts, de l’Initiative des Alpes (IA) et des associations écologistes, le Conseil fédéral a révisé le calendrier de la réalisation de la réduction du nombre de courses de camions à travers les Alpes à 650'000/an. Estimant irréaliste le délai fixé à 2009, il préconise de repousser l’échéance à 2019, soit deux ans après la mise en service du tunnel de base du Gothard, lorsque les gains de productivité seront pleinement disponibles. En dépit des vives critiques des partis bourgeois et de l’Association suisse des transporteurs routiers (ASTAG), le gouvernement a décidé de maintenir la principale innovation du projet, à savoir la création d’une Bourse du transit alpin. Ce nouvel instrument doit permettre de contingenter les courses à travers les Alpes en mettant aux enchères un nombre restreint de droits de passages. En incitant au transfert du trafic des marchandises vers le rail, cette bourse contribuera à la réduction du trafic routier alpin. L’efficacité de ce dispositif dépendra toutefois de l’issue des négociations avec la Communauté européenne et les autres pays alpins concernant la coordination nécessaire à la mise en place de la bourse. L’association Initiative des Alpes a déposé un recours auprès de l’Assemblée fédérale arguant que la prolongation du délai pour la réduction du trafic routier alpin était contraire à la Constitution. La commission de gestion du Conseil national l’a rejeté au motif que l’objet contesté figurait à l’ordre du jour du parlement.

Lors de la session d’automne, le Conseil des Etats a décidé d’entrer en matière sur le projet concernant le trafic des marchandises. Suivant le Conseil fédéral et la majorité de sa commission des transports (CTT-CE), il a approuvé l’objectif du transfert de la route vers le rail et décidé de retarder la réalisation de la réduction du transit alpin. Par 26 voix contre 10, il a refusé de fixer la nouvelle échéance à 2012, comme le proposait une minorité de la commission emmenée par les socialistes Leuenberger (SO) et Gentil (JU). Toutefois, sur proposition de sa commission, la Chambre haute a supprimé, par 25 voix contre 7, l’art. 4 du projet de loi sur le transfert du transport de marchandises, lequel octroyait au Conseil fédéral le droit de prélever une taxe d’utilisation des infrastructures routières alpines par le trafic lourd (redevance sur le transit alpin). S’agissant de la bourse du transit alpin, si elle n’en a pas rejeté l’idée, elle a néanmoins décidé, sur proposition de sa commission, par 21 voix contre 18, de restreindre la compétence du gouvernement. Ce dernier pourra ainsi conclure des traités internationaux en vue de la création de la bourse, à condition qu’il obtienne l’approbation de l’Assemblée fédérale, mais il devra soumettre au parlement un projet de loi réglant sa mise en œuvre. Les conseillers Inderkum (pdc, UR) et Gentil (ps, JU) se sont vainement opposés à l’introduction de ce double obstacle, qui non seulement retardera la mise en place de la bourse mais surtout met en péril le projet lui-même, puisque tant les traités internationaux que la loi de mise en œuvre seront soumis au référendum. À l’initiative de la CTT-CE, le Conseil des Etats a également décidé de faire un geste en faveur du trafic interne en allouant, pour la période 2011-2015, CHF 100 millions au transport combiné de marchandises ne traversant pas les Alpes et CHF 30 millions à la promotion du transport de marchandises sur des chemins de fer à voie étroite.

Après le Conseil des Etats l’année précédente, le Conseil national s’est à son tour saisi du projet de législation concernant le trafic des marchandises. Le plénum a décidé d’entrer en matière par 124 voix contre 62, rejetant une proposition de renvoi du groupe UDC, hostile à l’instauration d’une bourse du transit alpin et à l’édiction d’objectifs chiffrés en matière de réduction du trafic routier transalpin. Lors de la discussion sur le projet de loi sur le transfert de la route vers le rail du transport lourd de marchandises à travers les Alpes (LTTM), la chambre basse a rejeté de justesse, par 91 voix contre 89, une proposition Loepfe (pdc, AI) visant à reprendre la formulation de l’article constitutionnel pour la protection des Alpes, soit « à travers la Suisse » au lieu de « à travers les Alpes ». Soutenu par le groupe UDC, par une majorité du groupe radical-libéral et un tiers du groupe PDC, cet amendement visait à restreindre la portée de l’objectif de transfert au seul trafic international, c’est-à-dire à en exclure le trafic interne. La majorité de la commission des transports (CTT-CN) et le chef du DETEC, Moritz Leuenberger, y ont opposé que la discrimination ainsi faite entre transporteurs suisses et internationaux serait contraire aux Accords bilatéraux conclus par la Confédération avec l’UE dans ce domaine. Le groupe UDC est revenu à la charge en proposant de supprimer purement et simplement l’objectif de réduire le nombre de courses transalpines de camions à 650'000 par an d’ici à 2019. Le plénum a balayé cet amendement et approuvé le projet du Conseil fédéral par 111 voix contre 68. Comme à la chambre haute l’année précédente, la gauche et les Verts ont tenté de ramener le délai à 2012, mais leur amendement en ce sens a été rejeté par 89 voix contre 83. Concernant la LTTM, le Conseil national ne s’est écarté du Conseil des Etats que s’agissant de la bourse du transit alpin, innovation la plus controversée du projet. Suivant sa commission, le plénum a refusé d’imposer au Conseil fédéral d’obtenir l’aval des chambres tant pour négocier la mise en place de la bourse avec les autres pays concernés que pour mettre en œuvre concrètement le dispositif retenu. Selon la formulation adoptée par 110 voix contre 82, le gouvernement sera compétent pour conclure les traités internationaux nécessaires à la création de la bourse, mais devra soumettre à l’Assemblée fédérale un projet législatif de mise en œuvre. Le plénum a en outre refusé d’obliger le Conseil fédéral à créer ladite bourse dans un délai de deux ans à compter de l’adoption de la loi, comme le souhaitait le camp rose-vert. Par 110 voix contre 80, le Conseil national n’a pas voulu autoriser le gouvernement à octroyer des droits de passage gratuits, afin d’inciter au transfert de la route vers le rail. Au vote sur l’ensemble, le projet a été approuvé par 109 voix contre 68, la totalité du groupe UDC ainsi que des députés radicaux et démocrates-chrétiens le rejetant. Concernant les autres projets d’actes du paquet, la chambre du peuple s’est distinguée de son homologue des cantons en se montrant plus généreuse dans son soutien au transport combiné de plaine. Elle a ainsi alloué un plafond de dépenses de CHF 200 millions jusqu’en 2015 pour le trafic interne, soit le double du montant approuvé par le Conseil des Etats l’année précédente.

Lors de l’examen des divergences, ce dernier s’est rallié au Conseil national sur l’ensemble des points litigieux et a approuvé unanimement tous les actes du paquet. À la chambre basse, la LTTM a été adoptée par 127 voix contre 65 et les autres projets par des majorités plus confortables encore. En votation finale, le groupe UDC et un quart du groupe radical-libéral ont rejeté la LTTM.

Le Conseil des Etats a de justesse décidé de donner suite à deux initiatives cantonales émanant des cantons du Tessin (14 contre 12) et de Uri (08.305) (14 contre 13) et demandant d’inscrire dans la loi sur le transfert du transport transalpin de marchandises (LTTM) que le transfert de la route au rail doit être réalisé d’ici fin 2012 et d’éliminer les goulets d’étranglement sur les lignes d’accès aux tunnels de base. L’initiative tessinoise vise en outre à charger le Conseil fédéral de créer une bourse du transit alpin. Ce faisant, les sénateurs sont allés à l’encontre de leur commission des transports (CTT-CE) qui jugeait que les objectifs ainsi visés avaient déjà été intégrés dans la législation concernant le trafic de marchandises adoptée par les chambres l’année précédente.