Im Ständerat, der sich in der Frühjahrssession 2022 als Zweitrat mit der Übernahme der EU-Verordnung 2020/493 über das System FADO (False and Authentic Documents Online) auseinandersetzte, war Eintreten unbestritten. Wie der Nationalrat war auch die ständerätliche Rechtskommission der Ansicht, dass der Bundesrat nicht selbstständig neue Staatsverträge mit Änderungen der Zugriffsrechte auf FADO abschliessen können soll. Der vollständige Kompetenzentzug, den der Nationalrat vorgenommen hatte, ging der RK-SR allerdings zu weit. Sie beantragte ihrem Rat eine Kompromisslösung, wonach der Bundesrat geringfügige Änderungen der Zugangsrechte auf dem Verordnungsweg umsetzen kann, dem Parlament aber gleichzeitig eine Botschaft zur Gesetzesänderung vorlegen muss. Bundesrätin Karin Keller-Sutter begrüsste diesen Vorschlag und erklärte, der Bundesrat halte nicht an seiner Version fest. Der Ständerat stimmte dieser Änderung stillschweigend zu und nahm den Entwurf einstimmig an.
Die Mehrheit der RK-NR präzisierte daraufhin, dass der Bundesrat auf dem beschriebenen Weg nicht nur geringfügige Änderungen der Zugriffsrechte vornehmen, sondern auch ein begrenztes Zugriffsrecht für Unternehmen, die in der Luftfahrt tätig sind, festlegen können soll. Eine SVP-Minderheit war jedoch der Ansicht, dass letzteres eine substanzielle Änderung sei, die nicht über den Verordnungsweg vorgenommen werden dürfe, und beantragte Zustimmung zur ständerätlichen Fassung. Der Nationalrat stimmte mit 112 zu 37 Stimmen für den Mehrheitsvorschlag, der auch im Sinne des Bundesrates sei, wie die Justizministerin versicherte. Nachdem auch der Ständerat diesem Vorschlag stillschweigend zugestimmt hatte, kam der Entwurf noch in der Frühjahrssession 2022 in die Schlussabstimmungen. Während ihn die kleine Kammer einstimmig (bei einer Enthaltung) verabschiedete, hiess ihn der Nationalrat mit 147 zu 12 Stimmen bei 32 Enthaltungen gut. Die ablehnenden Stimmen stammten aus der SVP-Fraktion, die in der Differenzbereinigung mit ihrer Position zu den bundesrätlichen Kompetenzen unterlegen war. Demgegenüber war es die Grüne Fraktion, die sich geschlossen der Stimme enthielt, ebenso wie drei Mitglieder der SP-Fraktion. Das links-grüne Lager hatte in der Eintretensdebatte harsche Kritik daran geäussert, dass die EU-Verordnung das System FADO in die Verantwortlichkeit der umstrittenen Grenzschutz-Agentur Frontex überträgt.