Le programme d’armement 2005 a été examiné en fin d’année par les chambres fédérales. Lors du passage de cet objet en commission – et malgré les critiques émises par une sous-commission de la commission des finances –, seule la gauche a contesté celui-ci. Malgré cela, la CPS-CN lui a donné son aval par 15 voix contre 5, et n’a rien retranché au devis de CHF 1.02 milliards. Parmi les achats prévus dans le programme, les deux les plus contreversés ont été les vingt nouveaux hélicoptères légers destinés au transport et à l’instruction de type Eurocopter (CHF 310 millions), ainsi que le nouveau système intégré d’exploration et d’émission radio IFASS (CHF 395 millions). Alors que, dans le cadre du premier achat, la procédure d’évaluation inhabituellement courte et des surcoûts onéreux ont été mis en cause, c’est l’origine israélienne d’une partie du matériel qui a suscité la polémique au niveau du second. Les choses n’en sont cependant pas restées là, puisque la Commission des finances du Conseil des Etats (CdF-CE) a contesté peu après l’achat des hélicoptères en question. Elle a proposé de réduire l’enveloppe en question de CHF 50 millions, jugeant l’offre d’Eurocopter trop élevée (notamment par rapport à celle de la firme américano-italienne concurrente Augusta).

En tant que premier conseil, le Conseil national a adopté le principe de l’achat des 20 hélicoptères après de longs débats. Malgré l’opposition du PS et des écologistes, le programme d’armement 2005 a facilement passé le cap, en recueillant 114 voix contre 61. De nombreuses propositions de minorité, qui réclamaient la suppression de certains équipements ou la réduction des montants affectés, ont toutes été rejetées dans des rapports de deux voix contre une. Les députés ont cependant accepté une proposition de l’UDC qui demandait que certaines questions soient encore éclaircies avant que le crédit de CHF 310 millions nécessaire à cette acquisition soit débloqué. Cela impliquait que le programme d’armement 2005 refasse un passage devant le Conseil national, quelle que soit la décision prise par le Conseil des Etats. Malgré les réserves exprimées dans un premier temps, la CPS-CE a finalement recommandé au plénum d’accepter le crédit de CHF 310 millions pour l’achat des 20 nouveaux hélicoptères. Par 21 voix contre 4, la CPS-CN a suivi cet avis peu de temps après. Début décembre, le Conseil des Etats a finalement accepté, sans retouche, l’acquisition des hélicoptères militaires, par 34 voix contre 8. Il a pour cela refusé la proposition du vaudois Michel Béguelin (ps), qui prévoyait de renvoyer l’objet au Conseil fédéral, en le chargeant de revenir avec un projet devisé à seulement 210 millions de francs, et assorti d’un concept global de gestion de toute la flotte d’hélicoptères. Les conseillers aux Etats ont en outre repoussé, par 35 voix contre 8, la proposition du député socialiste Pierre-Alain Gentil (JU) de biffer du programme d’armement 2005 l’achat de matériel israélien.

Le Conseil national n’a pas tout à fait suivi la position de la chambre haute. En effet, malgré le fait que celui-ci ait accepté, par 100 voix contre 81, de débloquer les CHF 310 millions nécessaires à l’achat des 20 hélicoptères de type Eurocopter, il a toutefois décidé que le crédit en question devait également servir à l’acquisition ou à la modification du simulateur pour hélicoptères Super Puma, prévue initialement au programme d’armement 2006. Le Conseil des Etats, qui avait accepté ledit crédit sans y intégrer le simulateur pour Super Puma, devait donc se prononcer à nouveau. Les conseillers nationaux ont refusé plusieurs propositions, dont celle du démocrate du centre Theophil Pfister (SG), qui réclamait une enquête du Contrôle fédéral des finances pour confirmer que la procédure suivie dans le choix des Eurocopter allemands (au lieu de ceux de la société Augusta) avait été pertinente, notamment en matière de prix (93 voix contre 86). Celle du zougois Josef Lang (pe), qui demandait de renoncer purement et simplement à l’acquisition d’hélicoptères militaires, a subi le même sort (106 voix contre 62). Suivant l’avis du Conseil des Etats, les députés de la chambre du peuple ont en outre accepté l’achat de matériel israélien. En toute fin d’année, le Conseil des Etats a éliminé la dernière divergence de la liste d’achat du programme d’armement 2005, en adoptant le principe que l’enveloppe de CHF 310 millions prévue pour l’achat des hélicoptères devait également servir à acquérir un simulateur pour le Super Puma.