Die vorberatende Kommission für Wirtschaft und Abgaben (WAK) des Nationalrates begrüsste das vom Bundesrat vorgelegte Steuerpaket, kritisierte aber mehrere Punkte in der Holdingbesteuerung, so etwa jenen, dass generell Kapitalverluste aus Beteiligungen nicht berücksichtigt werden sollen. Ausserdem beschränkte sie den Stempel auf die vorab der Kapitalanlage dienenden Versicherungen mit Einmalprämie und beschloss, den Stempelbeschluss von der Unternehmenssteuerreform abzukoppeln. In der April-Sondersession folgte der Nationalrat seiner Kommission und hiess die vom Bundesrat vorgeschlagenen Steuererleichterungen für Unternehmen von insgesamt CHF 420 Mio. gut. Ein Antrag Blocher (svp, ZH), der einen proportionalen Gewinnsteuersatz von lediglich 8% verlangte, wurde ebenso deutlich abgelehnt wie ein Antrag der Ratslinken, den Satz auf 9,8% anzuheben. Bei der Holdingbesteuerung schuf eine bürgerliche Mehrheit aber eine Asymmetrie, indem die Kapital- und Aufwertungsgewinne auf Beteiligungen steuerfrei erklärt werden, entsprechende Verluste indes steuerlich abzugsfähig sein sollen. Mit 94 zu 81 Stimmen stimmte eine bürgerliche Mehrheit zudem der Entkoppelung des Stempels vom übrigen Steuerpaket zu, um bei einem Referendum der Versicherungsbranche, die eine Neubesteuerung heftig bekämpfte, wenigstens die dringliche Reform der Unternehmensbesteuerung zu retten. Die SP kritisierte dieses Vorgehen als Versuch, die Besteuerung der Lebensversicherungen zum Abschuss freizugeben. Mit 99 zu 64 Stimmen folgte eine bürgerliche Mehrheit zudem der WAK und stimmte einer Stempelabgabe von 2,5% nur für Lebensversicherungen mit Einmalprämien zu. Damit reduzierten sich die Kompensationseinnahmen auf rund CHF 100 Mio. Ein Antrag Blocher, auf eine Stempelabgabe für Lebensversicherungen ganz zu verzichten, wurde mit 99 zu 64 Stimmen verworfen. Die SP drohte mit dem Referendum gegen die Unternehmenssteuerreform, während die Versicherungsgesellschaften ihrerseits ein Referendum gegen den Stempel nicht ausschliessen wollten.