Au mois de février, le Conseil fédéral a présenté son message relatif à la modification de la loi sur I'agriculture. Ce message intervient dans le cadre des négociations entamées fin 2008 avec l’UE au sujet d’un accord de libre-échange agroalimentaire (ALEA) et dans le domaine de la santé publique. Dans la perspective d’un tel accord et d’un éventuel aboutissement du cycle de Doha de l’OMC, il est prévu de constituer le plus tôt possible une réserve inscrite au bilan du Compte d’Etat, destinée au financement de mesures d’accompagnement (financement spécial). Le message propose d’affecter les recettes douanières provenant des produits agricoles et des denrées alimentaires importés au financement de mesures d’accompagnement, dont l’affectation – limitée à huit ans – doit intervenir en 2009 déjà et se prolonger jusqu’à la mise en oeuvre de l’ALEA et/ou d’un accord à l’OMC.
Au Conseil national, une faible majorité de la commission – composée en grande majorité de députés UDC et de la gauche – a proposé de ne pas entrer en matière sur le projet. L’UDC, estimait qu’en l’acceptant, le parlement se serait déjà engagé sur la voie de la conclusion d’un accord de libre-échange avec l’UE. De son côté, le groupe socialiste refusait majoritairement de signer un chèque en blanc en acceptant l’inscription de cette réserve au bilan sans avoir d’informations précises sur l’accord lui-même et sur ses mesures d’accompagnement. A l’opposé, une forte minorité de la commission a plaidé pour l’entrée en matière, en faisant valoir que l’approbation de cette réserve ne reviendrait pas à dire oui à l’accord lui-même. Selon son rapporteur, Markus Zemp (pdc, AG), cette réserve ne représenterait qu’une précaution prise pour parer au pire. Le président de l’USP, Hansjörg Walter (udc, TG), qui s’était prononcé en commission en faveur de l’entrée en matière, contrairement à son groupe, a proposé d’entrer en matière, puis de renvoyer le projet au Conseil fédéral avec mandat de préciser les mesures d’accompagnement prévues. Enfin, le groupe des Verts préconisait, quant à lui, dans l’hypothèse où l’entrée en matière serait votée, le renvoi du projet au Conseil fédéral, en chargeant ce dernier de soumettre aux chambres un message qui garantisse le financement d’une stratégie visant à la création de valeur ajoutée en cas de conclusion d’un accord de libre-échange agricole avec l’UE ou d’aboutissement du cycle de Doha à l’OMC. Suite à un long débat opposant dans les grandes lignes partisans et les adversaires du libre-échange agricole, le Conseil national a finalement refusé, par 111 voix contre 60, d’entrer en matière sur ce projet.
Au Conseil des Etats, la commission a proposé d’entrer en matière sur le projet. Au nom de celle-ci, Simonetta Sommaruga (ps, BE) a signalé que, depuis la décision de non-entrée en matière prise au Conseil national, plusieurs objections n’avaient plus lieu d’être, certains points avaient été réglés entre-temps, et que les rapports des groupes de travail sur les mesures d’accompagnement étaient désormais disponibles. Sur cette base, les députés ont voté l’entrée en matière à l’unanimité. Lors de la discussion par article, les députés ont rejeté une proposition Savary (ps, VD), qui visait à préciser dans le texte de loi que les réserves au bilan seraient utilisées pour financer les mesures d’accompagnement destinées à l’agriculture, ainsi qu’aux entreprises de premier échelon de la transformation utilisant à titre prépondérant des matières premières suisses. Au vote sur l’ensemble, les députés ont adopté le projet modifié par 28 voix contre 4.

Au printemps de l’année sous revue, le Conseil national a traité de la modification de la loi sur l’agriculture modifiée par le Conseil des Etats l’année précédente. Cette dernière met en place une réserve au bilan destinée au financement des mesures d’accompagnements dans le cas d’un accord de libre-échange agricole. La commission de l’économie et des redevances (CER-CN) a estimé que le rapport sur les mesures d’accompagnement répond aux questions soulevées lors de la précédente discussion. Après son refus d’entrer en matière l’année précédente, la chambre du peuple a accepté de discuter du message par 110 voix contre 68. Seuls l’UDC et un tiers du groupe socialiste se sont opposés à l’entrée en matière. Au terme d’une discussion très animée, la chambre basse a adopté par 96 voix contre 79 une proposition Schelbert (pe, LU) de renvoyer le projet au Conseil fédéral avec le mandat de garantir le financement d’une stratégie de création de valeur ajoutée. La gauche et l’UDC ont soutenu cette proposition. Le Conseil des Etats a rejeté cette proposition de renvoi considérant que le Conseil fédéral est déjà en charge d’élaborer une stratégie de qualité. Il a également estimé que le financement de cette stratégie doit être discutée dans le cadre de la réforme agricole et non pas seulement dans le cas d’un accord de libre-échange.
Lors du retour au Conseil national, la CER-CN a souligné que le projet ne traite pas du principe même d’un accord de libre-échange agricole aux contours inconnus. Elle a estimé toutefois que les négociations en cours exigent de prévoir un financement dans le cas de leur aboutissement. Par ailleurs, elle a rappelé que cette réserve deviendrait caduque en cas d’absence d’accord de libre-échange. Une forte minorité de la commission a cependant souhaité maintenir la proposition de renvoi pour diverses raisons : opposition au libre-échange, préférence pour la concentration des moyens sur une stratégie de qualité et volonté de connaître les détails des mesures d’accompagnement avant la finalisation d’un accord. Au vu des controverses, la commission a recommandé par 13 voix contre 12 de rejeter le projet lors du vote d’ensemble afin de permettre au gouvernement d’entamer les négociations sur le plan international en position de force. Finalement, le Conseil national a rejeté par 153 voix contre 27 le renvoi au gouvernement. Ce dernier n’a été soutenu que par les écologistes et une partie des socialistes. Lors de la discussion par article, la chambre basse a adopté par 123 voix contre 51 une disposition visant à cibler prioritairement la réserve sur la mise en œuvre de ces mesures d’accompagnement. La gauche a proposé de permettre la libération de cette réserve dans un délai donné ou si les négociations n’aboutissent pas. Au vote d’ensemble, la chambre a adopté le projet modifié par 90 voix contre 87 et 8 abstentions. La grande majorité des écologistes et de l’UDC, ainsi qu’un tiers du groupe socialiste ont rejeté le texte sans succès. Par la suite, la chambre des cantons a adhéré à la proposition de celle du peuple. Au vote final, le Conseil national a adopté le projet modifié par 94 voix contre 73, et le Conseil des Etats par 39 voix contre 3.