Im Zusammenhang mit dem EP 04 behandelte das Parlament eine Reihe von Vorstössen: Überwiesen wurden zwei Motionen der Spezialkommission des Nationalrats: Die erste (Mo. 05.3223; siehe dazu auch hier) ermöglichte es dem Schweizerischen Nationalfonds (SNF) wieder, einen jährlichen Reservebetrag von 50 Mio Fr. für langjährige Projekte mit starker ausländischer Forscherbeteiligung vorzusehen; die Massnahmen des EP 04 hatten eine Änderung der bisherigen Verbuchungspraxis verlangt, die es dem SNF nicht mehr erlaubten, Rückstellungen in dieser Grössenordnung zu tätigen. Das zweite Begehren (Mo. 05.3228; siehe dazu auch hier) verlangte von der Regierung, im Rahmen der bevorstehenden Verwaltungsreform eine Zusammenführung der Bundesämter für wirtschaftliche Landesversorgung, für Landwirtschaft, für Veterinärwesen sowie der Eidg. Forstdirektion zu prüfen mit dem Ziel, die Verwaltungskosten um mindestens 25% zu senken. Gegen die Stimmen der Linken billigte der Nationalrat auch eine dritte Motion seiner Spezialkommission, welche die Einnahmen aus der für den Strassenverkehr zweckgebundenen Mineralölsteuer ab sofort ausschliesslich und nur gemäss den geltenden Bestimmungen verwenden will. Da das EP 04 eine Etappierung vorsieht, lehnten beide Räte eine Standesinitiative des Kantons Jura (St. Iv. 05.303) zur raschen Fertigstellung des Nationalstrassennetzes ab.